安装R-4下BiocManager (3.11)的edgeR包
实质是:edgeR属于Bioconductor的包,要先安装这个,然后再在Bioconductor下安装edgeR。由于R升级到4,因此,Bioconductor也变成了BiocManager。
步骤
- 需要预先安装R-4.0以上 (目前是R-4.0.2)
- 进入R环境: R
- 输入:> if (!requireNamespace(“BiocManager”, quietly = TRUE)) # TRUE or FALSE 均可。
install.packages(“BiocManager”) - 此时会让选择镜像以安装BiocManager,根据个人偏好选择,国内镜像可能快点。
- 选择后等待安装结束。
- BiocManager::install(version = “3.11”) # 指定3.11版本。
- 加载BiocManager:library(“BiocManager”)
- 安装edgeR:install(“edgeR”) #此时使用的是BiocManager的命令,因此不能用install.packages(“edgeR”)。
- 安装结束。
本文详细介绍了如何在R-4.0以上版本中安装BiocManager 3.11,并通过BiocManager安装edgeR包。首先确保已安装R-4.0以上版本,然后进入R环境,使用特定命令安装BiocManager并选择合适的镜像源,最后通过BiocManager安装edgeR。此过程适用于生物信息学研究者。
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