Linux下安装R-4后安装Bioconductor的edgeR包

本文详细介绍了如何在R-4.0以上版本中安装BiocManager 3.11,并通过BiocManager安装edgeR包。首先确保已安装R-4.0以上版本,然后进入R环境,使用特定命令安装BiocManager并选择合适的镜像源,最后通过BiocManager安装edgeR。此过程适用于生物信息学研究者。

安装R-4下BiocManager (3.11)的edgeR包

实质是:edgeR属于Bioconductor的包,要先安装这个,然后再在Bioconductor下安装edgeR。由于R升级到4,因此,Bioconductor也变成了BiocManager。

步骤

  1. 需要预先安装R-4.0以上 (目前是R-4.0.2)
  2. 进入R环境: R
  3. 输入:> if (!requireNamespace(“BiocManager”, quietly = TRUE)) # TRUE or FALSE 均可。
    install.packages(“BiocManager”)
  4. 此时会让选择镜像以安装BiocManager,根据个人偏好选择,国内镜像可能快点。
  5. 选择后等待安装结束。
  6. BiocManager::install(version = “3.11”) # 指定3.11版本。
  7. 加载BiocManager:library(“BiocManager”)
  8. 安装edgeR:install(“edgeR”) #此时使用的是BiocManager的命令,因此不能用install.packages(“edgeR”)。
  9. 安装结束。
> # 安装BiocManager > if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) { + install.packages("BiocManager", ask = F, update = F) + } > # 安装limma > if (!requireNamespace("limma", quietly = TRUE)) { + install.packages("limma", ask = F, update = F) + } > BiocManager::install("GEOquery") 'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see 'help("repositories", package = "BiocManager")' for details. Replacement repositories: CRAN: https://cran.rstudio.com/ Bioconductor version 3.21 (BiocManager 1.30.26), R 4.5.0 (2025-04-11 ucrt) Installation paths not writeable, unable to update packages path: C:/Program Files/R/R-4.5.0/library packages: boot, lattice, Matrix, mgcv Old packages: 'BiocGenerics', 'curl', 'data.table', 'generics', 'ggpubr', 'hms', 'igraph', 'limma', 'magrittr', 'progressr', 'promises', 'purrr', 'rstatix', 'rversions', 'S4Arrays', 'SparseArray', 'spatstat.data', 'statmod', 'stringr', 'svglite', 'textshaping', 'tibble', 'units', 'XML', 'xml2' Update all/some/none? [a/s/n]: n 警告信息: package(s) not installed when version(s) same as or greater than current; use `force = TRUE` to re-install: 'GEOquery' > if (!requireNamespace("DEGSeq2", quietly = TRUE)) { + install.packages("DEGSeq2", ask = F, update = F) + } 将程序安装入‘C:/Users/xjh/AppData/Local/R/win-library/4.5’ (因为‘lib’没有被指定) Warning in install.packages : package ‘DEGSeq2’ is not available for this version of R A version of this package for your version of R might be available elsewhere, see the ideas at https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages > if (!requireNamespace("edgeR", quietly = TRUE)) { + install.packages("edgeR", ask = F, update = F) + } 将程序安装入‘C:/Users/xjh/AppData/Local/R/win-library/4.5’ (因为‘lib’没有被指定) Warning in install.packages : package ‘edgeR’ is not available for this version of R A version of this package for your version of R might be available elsewhere, see the ideas at https://cran.r-pr
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