文献阅读-单细胞蛋白组+胚胎发育

最新推荐文章于 2025-04-22 21:23:03 发布
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Comparative proteomic landscapes elucidate human preimplantation development and failure

方法：

CS-UPT超敏蛋白质组技术体系：对人和小鼠的卵子和早期胚胎进行蛋白组分析

转录组和翻译组数据的整合：将蛋白组和已经发表的转录组和翻译组数据进行整合分析，以解释蛋白质累积和mRNA翻译之间的关系

单胚胎蛋白组学：对低质量胚胎进行单胚胎蛋白质组学分析，以探究人类早期胚胎发育失败的原因

结论：

物种特异性调控：强调人鼠不同

ZGA基因的重要性：该基因的转录本在囊胚阶段对蛋白质积累有重要贡献，可能决定细胞命运

PQ低质量胚胎的分子机制：发育失败可能与特定的蛋白质表达模式有关，可能涉及转录和翻译调控的失调

Wis4e
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单细胞多组学整合与对齐的计算方法
hlllllllhhhhh的博客
02-26 1183
最近发展起来的生成单细胞基因组数据的技术在生物学领域产生了革命性的影响。多组学测定提供了更大的机会来理解细胞状态和生物过程。然而，整合具有非常不同维度和统计特性的不同组学数据的问题仍然非常具有挑战性。为此任务正在开发越来越多的计算工具，利用了从机器翻译到网络理论的思想，代表着生物学和数据科学交叉口上的又一个前沿。我们在这篇综述中的目标是全面、及时地调查用于整合单细胞多组学数据的计算技术，同时使每种算法背后的概念易于理解，适用于非专业人士。
单细胞 RNA 测序分析的当前最佳实践：教程-文献精读80
weixin_44874487的博客
11-08 1635
单细胞分析最佳指南！
杨树84K品种的单细胞测序发现转录因子PagMYB31的功能-文献精读44
weixin_44874487的博客
09-03 2315
木材的形成涉及一系列连续的发育步骤，包括维管形成层的细胞分裂、木质部细胞扩展、次生细胞壁（SCW）沉积和程序性细胞死亡。在本研究中，我们鉴定了PagMYB31作为调节这些过程的协调者在银白杨（Populus alba × Populus glandulosa）中的作用，并构建了一个由PagMYB31介导的转录调控网络。
10X单细胞（10X空间转录组）多组学（RNA + ATAC）推断Velovyto（MultiVelo）
weixin_53637133的博客
05-06 1290
10X单细胞（10X空间转录组）多组学（RNA + ATAC）推断Velovyto（MultiVelo）
单细胞多组学时代的基因调控网络推理
阅读文献，记录学习笔记
12-20 2350
作为 TF 结合基序数据库由于 TF 的覆盖范围不同，并且预测算法以不同的方式对绑定进行建模，因此即使使用相似的建模策略，GRN 推理方法之间的结果也可能会有所不同。频率主义方法将事件的概率定义为该事件在大量相同实验中发生的次数的比例，而贝叶斯概率将其定义为基于观察到的数据和先前的数据对所述事件发生的置信度的度量信息。GRN 中的相互作用可以是有向的或无向的（分别表示基因之间的因果关系或缺乏因果关系）、有符号的（表示正向或负向的调节模式）和/或加权的（表示相互作用的强度）。
文献阅读 | Nature Communications | 单细胞表观基因组学和时空转录组学揭示了人的小脑发育611000
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03-05 628
单细胞表观基因组学和时空转录组学揭示了人的小脑发育吴倩（北京师范大学）、钟穗娟（北京师范大学）2023-11-2216.6（2023年）人类小脑发育由分子调节网络精心策划，以实现细胞结构并协调运动和认知功能。在这里，作者结合了单细胞转录组学，空间转录组学和单细胞染色质可及性状态，并系统地描绘了人类胎儿小脑发育的综合时空景观。作者揭示了转录因子和顺式调节元件（CREs）的组合在祖细胞分化和细胞命运沿轨迹的测定中以层次结构方式起着作用，为这些细胞提供了细胞命运和空间信息的基因表达调节图。
植物ATAC-seq文献集锦（二）——生长发育篇
Igenebook的博客
05-22 1086
因此，研究者选择L1和L3，通过整合ATAC-seq和RNA-seq，鉴定了735个差异表达基因（DEGs），这些基因的启动子区域中染色质可及性发生了变化，其中包括87个转录因子（TFs），如ABI3VP1、AP-EREBP、MYB、NAC和GRF。研究者通过对这两种细胞类型的RNA-seq、ATAC-seq、H3K4me3和H3K27me3 ChIP-seq以及BS-seq数据的整合分析，发现染色质可及性与组蛋白修饰（尤其是H3K27me3修饰和CHH甲基化）共同协调，调控细胞类型偏好性基因表达。
单细胞测序系列之二：单细胞基因组测序
mashiqing的博客
09-29 2716
在前面我们介绍了测序技术的发展历史，以及测序技术的基本原理。在这一节，我们将真正的进入到单细胞测序的领域，介绍单细胞测序的基本原理，以及单细胞测序的应用。
文献阅读：单细胞分辨率下人类前额皮层从妊娠到成年的基因调控动态
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08-28 813
文献介绍 文献题目： 单细胞分辨率下人类前额皮层从妊娠到成年的基因调控动态 研究团队： Ryan Lister（澳大利亚西澳大学） 发表时间： 2022-11-10 发表期刊： Cell 影响因子： 66.8（2022年） DOI： 10.1016/j.cell.2022.09.039 摘要 人类大脑发育的基础是细胞和分子的重新配置，一直持续到三十岁。为了揭示协调神经成熟的细胞动力学，作者以单细胞分辨率分析了从妊娠到成年的人类前额皮层基因表达和染色质可及性。综合分析定义了每种细胞类型的动态轨迹，揭示
基于微流控芯片模拟体内受精及早期胚胎发育环境的输卵管模型构建.pdf
07-26
利用角蛋白免疫荧光法对细胞进行鉴定，从而确保所得细胞为输卵管上皮细胞。 细胞培养成功后，研究人员将这些细胞种植于微流控芯片通道内壁上，以模拟输卵管内壁细胞的生化环境。这一步骤为胚胎的受精和早期培养提供...
茄科四个参考基因组-文献精读41
weixin_44874487的博客
08-31 1844
东莨菪碱和莨菪碱（HS）是两种具有重要药用价值的莨菪烷生物碱，它们存在于茄科家族中多个关系较远的谱系中。在本研究中，我们测序了来自这些谱系的三种代表性HS产生物种的基因组，以及一种不产生HS的物种。我们的分析揭示了这三种HS产生物种中共同负责HS合成的生物合成途径。我们观察到在茄科家族中两类物种中与HS合成相关的基因高度共线性。通过在关键位点引入功能获得和功能丧失突变，我们分别验证了两类物种中与HS合成相关的关键基因功能的减少/丧失或重新激活。
文献阅读：基于测序的空间转录组方法的系统比较
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07-09 623
文献介绍 文献题目： Systematic comparison of sequencing-based spatial transcriptomic methods 研究团队： 田鲁亦（广州实验室）、刘晓东（西湖大学） 发表时间： 2024-07-04 发表期刊： Nature Methods 影响因子： 36.1 DOI： 10.1038/s41592-024-02325-3 摘要 基于测序的空间转录组学（sST）的最新发展通过促进转录组规模的空间基因表达测量促进了重要进展。尽管取得了这些进展
SystemWeaver详解：从入门到精通的深度实战指南
我是 二川兄，对Web开发、GIS开发、3D模型、机器学习、面试技巧等方面都有一些涉猎~ 欢迎您加入技术交流圈！你可以在我的文章末尾找到我~
04-21 2107
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Analyzing Performance Reports with Intel VTune Profiler: A Detailed Example
weixin_42849849的博客
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【代码】Analyzing Performance Reports with Intel VTune Profiler: A Detailed Example。
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维度KG-BERTR-BERT核心任务知识图谱补全（三元组分类、链接预测）关系抽取（实体间语义关系分类）输入设计三元组序列化，融合实体描述文本显式标记实体位置，提取实体向量关键技术BERT+知识图谱融合、负样本生成实体标记符、多特征融合应用领域问答系统、推荐系统、语义搜索社交网络分析、医学文本挖掘、事件抽取性能指标在WN11、FB15K等数据集达到SOTASemEval-2010 Task 8的F1值89.25%
【架构】-- StarRocks 和 Doris 介绍与选型建议
欢迎来到我的博客，一起探索代码里的世界！
04-21 142
查询性能 | ✅ 高性能，支持向量化执行和 CBO 优化器 | ✅ 高性能，优化的查询引擎 |- **实时性要求高**：如果业务对数据的实时性要求较高，建议选择 **StarRocks**，其在实时数据处理和低延迟查询方面表现优越。- **复杂查询需求**：对于需要处理复杂多表关联查询的场景，两者均可胜任，需根据具体性能测试结果进行选择。
PyMC+AI提示词贝叶斯项目反应IRT理论Rasch分析篮球比赛官方数据：球员能力与位置层级结构研究
最新发布
拓端研究室TRL
04-22 764
最后对后验结果进行多维度分析，不仅发现了模型中部分池化的效果，还揭示了球员表现与位置之间的潜在关系，为篮球比赛的策略制定和裁判判罚研究提供了新的视角。在篮球比赛中，我们观察到的是一个二元结果，即犯规是否被吹罚，这一结果来自于两个不同角色球员（犯规球员和被侵犯球员）在一次篮球进攻中的互动。通过这种方式，我们可以对球员进行从高到低的排名，量化排名中的不确定性，并发现犯规判罚中涉及的额外层级结构。在分析过程中，我们不仅观察到了模型中部分池化的效果，还通过对后验结果的可视化，发现了球员表现与位置之间的潜在关系。
使用SystemWeaver生成SOME/IP ETS ARXML的完整实战指南
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04-21 2274
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