二代重测序运行过程中涉及到的基因组索引文件

1 基因组比对bwa 索引

bwa index At.fna

生成以下5个文件

At.fna.amb
At.fna.ann
At.fna.bwt
At.fna.pac
At.fna.sa

2 GATK call snp indel 需要的索引

GATK call 变异时不仅需要基因组bwa的索引文件，还需要一个.dict的索引文件（注意dict前没有fna 或者 fa 的后缀）

picard CreateSequenceDictionary R=At.fna O=At.dict

3 call SV delly 软件需要的索引文件

delly使用时官方文件说需要基因组的index文件，没说哪种index（我觉得可能只有我有这样的困惑），直到我看见了example的数据文件……
delly运行时需要的是fai的索引文件

samtools faidx At.fna

生成At.fna.fai索引文件

暂时总结这么多，后续遇到再增加。