论文笔记Dual Cross-Attention for Medical Image Segmentation

文章提出了一种名为DCA的双交叉注意力模块,用于增强基于U-Net的医学图像分割模型。DCA通过通道交叉注意(CCA)和空间交叉注意(SCA)捕获编码器和解码器特征之间的语义联系,解决了多尺度特征的空间和通道依赖性问题。实验表明,DCA能有效提升模型性能,适用于医学图像分析任务。

用于医学图像分割的双交叉注意力

        我们提出了双交叉注意力(DCA),一个简单而有效的注意力模块,能够增强基于U-Net的skip-connections架构,用于医学图像分割。DCA通过顺序捕获跨多尺度编码器特征的通道和空间依赖性来解决编码器和解码器特征之间的语义差距。

        首先,通道交叉注意(CCA)通过利用多尺度编码器特征的跨信道标记的交叉注意来提取全局信道依赖性。然后,空间交叉注意(SCA)模块执行交叉注意以捕获跨空间令牌的空间依赖性。最后,这些细粒度编码器特征被上采样并连接到它们对应的解码器部分以形成跳过连接方案。

        上图说明了提出的DCA块集成到一个通用的FCN架构skipconnections。DCA块的架构是不变的编码器阶段的数量(给定n+1个多尺度编码器级,DCA块将来自前n个级的多尺度特征作为输入,产生增强表示,并将它们连接到它们对应的n个解码器级)

        如下图a所示,DCA块分为两个主要阶段:第一阶段由多尺度补丁嵌入模块组成,以获得编码器令牌;在第二阶段,我们使用通道交叉注意(CCA)和空间交叉注意(SCA)模块对这些编码器令牌执行我们提出的DCA机制,以捕获长距离依赖性。最后,我们应用层归一化和GeLU序列并对这些令牌进行上采样,以将它们连接到它们的解码器对应物。

        论文对DCA块的有效性进行广泛的实验,使用六个基于U-Net的模型和五个基准的医学图像分割数据集。为了公平比较,对普通模型和DCA集成模型使用相同的训练设置,总体结果见下表:

 

 

<think>好的,我现在要帮助用户了解或实现Medical Transformer模型中的Gated Axial-Attention机制,特别是用于医学图像分割的部分。首先,我需要回忆一下用户提供的引用内容。用户引用了两篇资料,其中引用[1]是关于Medical Transformer的论文和代码库,而引用[2]列出了其他相关的分割模型,但用户主要关注的是Medical Transformer。 用户的问题具体是关于Gated Axial-Attention的实现,所以需要深入理解这个机制的工作原理。根据论文,Gated Axial-Attention结合了轴向注意力和门控机制,轴向注意力指的是在图像的两个轴上(比如行和列)分别应用自注意力,这样可以减少计算量,同时捕捉长程依赖。门控机制则可能用于调整注意力权重,增强重要特征,抑制不相关的部分。 接下来,我需要考虑如何将这个机制转化为代码实现。可能需要参考论文中的结构图和公式。例如,轴向注意力可能分为行注意力和列注意力两个部分,然后通过门控机制进行融合。门控可能使用sigmoid函数来生成0到1之间的权重,然后将这两个注意力输出加权相加。 然后,我需要检查用户提供的代码链接,确保代码结构正确。用户给出的GitHub仓库是jeya-maria-jose/Medical-Transformer,所以应该参考其中的实现。例如,可能在axial_attention.py或者类似的文件中找到Gated Axial-Attention的代码。 此外,需要注意医学图像的特点,比如高分辨率和局部细节的重要性,这可能影响模型的设计。例如,轴向注意力可以处理二维结构,而门控机制帮助模型专注于关键区域,这对分割任务很重要。 用户可能需要具体的代码示例,所以需要提供PyTorch的实现片段,包括轴向注意力的分解、位置编码的添加,以及门控机制的应用。同时,要解释每个部分的作用,比如如何计算查询、键、值,如何应用位置编码,如何生成门控权重,并融合行和列的注意力结果。 还需要考虑实现中的细节,比如如何将二维图像转换为序列以适应Transformer结构,如何处理位置信息,以及如何将轴向注意力模块集成到UNet等分割网络中。可能还需要讨论数据预处理、训练策略和损失函数的选择,比如结合Dice损失和交叉熵损失。 最后,用户可能对如何应用该模型到自己的医学图像数据感兴趣,所以需要给出训练和推理的步骤,比如加载数据、构建模型、设置优化器和训练循环等。同时,提供相关的参考文献和代码库链接,方便用户进一步查阅。</think>以下是为您整理的Medical Transformer中Gated Axial-Attention实现详解: ### 一、Gated Axial-Attention机制解析 1. **轴向注意力分解**:将2D自注意力分解为行、列两个1D注意力操作 $$ \text{Attention}(Q,K,V) = \text{Softmax}(\frac{QK^T}{\sqrt{d_k}} + P)V $$ 其中位置编码$P$分解为$P_{row}$和$P_{col}$[^1] 2. **门控机制实现**: ```python class GatedAxialAttention(nn.Module): def __init__(self, dim, heads): super().__init__() self.row_att = AxialAttention(dim, heads, axis=0) # 行注意力 self.col_att = AxialAttention(dim, heads, axis=1) # 列注意力 self.gate = nn.Parameter(torch.ones(2)) # 可学习门控参数 def forward(self, x): row_out = self.row_att(x) col_out = self.col_att(x) # 门控融合 return torch.sigmoid(self.gate[0])*row_out + torch.sigmoid(self.gate[1])*col_out ``` ### 二、完整实现步骤 1. **特征序列化**:将2D医学图像转换为序列 ```python b, c, h, w = x.shape x_seq = x.view(b, c, h*w).permute(0, 2, 1) # [b, h*w, c] ``` 2. **位置编码注入**: ```python class AxialPositionalEmbedding(nn.Module): def __init__(self, dim, shape): super().__init__() self.row_emb = nn.Parameter(torch.randn(shape[0], dim//2)) self.col_emb = nn.Parameter(torch.randn(shape[1], dim//2)) def forward(self, x): return x + torch.cat([self.row_emb.unsqueeze(1), self.col_emb.unsqueeze(0)], dim=-1).flatten(0,1) ``` 3. **完整网络架构**(基于UNet框架): ```python class MedicalTransformer(nn.Module): def __init__(self, in_ch=3, classes=2): super().__init__() self.encoder = nn.Sequential( ConvBlock(in_ch, 64), GatedAxialAttention(64, heads=4), Downsample(64, 128), GatedAxialAttention(128, heads=8), Downsample(128, 256) ) self.decoder = ... # 对称上采样结构 ``` ### 三、训练实践要点 1. **数据预处理**: - 医学图像标准化(CT值截断+归一化) - 随机旋转/翻转增强 - 器官特定ROI裁剪 2. **损失函数组合**: ```python loss = 0.5*DiceLoss()(pred, mask) + 0.5*CrossEntropyLoss()(pred, mask) ``` 3. **训练策略**: ```python optimizer = AdamW(model.parameters(), lr=1e-4, weight_decay=1e-5) scheduler = CosineAnnealingLR(optimizer, T_max=100) ```
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