结合clusterProfiler进行GO富集分析可视化

最新推荐文章于 2024-09-08 15:10:26 发布
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#r语言 #数据分析

org.Hs.eg.db进行基因id转换

clusterProfiler进行GO可视化

#GO可视化

BiocManager::install("clusterProfiler")BiocManager::install("org.Hs.eg.db")
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("org.Hs.eg.db",force = TRUE)
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("clusterProfiler",force = TRUE)



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GO富集分析可视化：R语言GOplot包
CodeSpark的博客
08-19 1204
GO富集分析是一种常用的生物信息学方法，用于分析基因集合中富集的功能注释信息。在进行GO富集分析后，可视化结果是帮助研究人员直观理解和解释分析结果的重要工具。R语言中的GOplot包提供了丰富的功能，使得GO富集分析结果的可视化变得简单而强大。本文将介绍如何使用R语言中的GOplot包进行GO富集分析结果的可视化，并提供相应的源代码。通过以上步骤，我们可以使用R语言中的GOplot包轻松地进行GO富集分析结果的可视化。接下来，我们可以使用GOplot包来可视化GO富集分析结果。希望本文对您有所帮助！
clusterProfiler功能富集分析和通路富集分析
Mrrunsen的博客
08-05 1622
它提供了一种方便的方式来对基因集（如差异表达基因、共表达模块等）进行功能和通路富集分析，从而帮助研究者更好地理解基因集在生物学过程中的功能和调控机制。例如，您可以尝试使用其他数据库进行富集分析，调整参数以获得更丰富的结果，并将结果进行更详细的可视化展示。如果您对特定分析或数据有进一步的问题，或者需要更详细的教程，请告诉我，我会尽力帮助您。：首先，导入您的基因集和相应的基因注释数据，通常是Ensembl或其他数据库的基因ID和注释信息。：最后，对富集分析的结果进行解释和可视化，以获得对生物学过程的理解。
GOplot富集分析可视化
医学和生信笔记的博客
09-05 1860
包进行富集分析可视化，这个R包的图形有一些独到之处，经常在文献中出现，有人说这个R包数据准备很难，如果你能耐心跟着教程走一遍，我觉得这个事情会变得简单。的演示，使用起来还是蛮简单的，准备数据的过程也并不是非常复杂，大家可以按照我的示例试一试，无非就是改几个列名，挑选几个自己感兴趣的条目。不过也需要提前整理好数据。但是这个函数封装的很过度，只要term一多，就会很难看，而且没有给出限制的函数，所以我们提前筛选一下。包，1行代码即可，基因芯片数据也是支持的，并且它会自动检测需不需要进行log2转换，如果是。
GO富集分析可视化——柱形图和棒棒糖图
weixin_55372631的博客
02-18 3627
GO富集分析可视化时，柱形图和棒棒糖图如何设置factor
GO富集分析及可视化
leroylee7的博客
12-10 5154
GO是Gene Ontology的简称，是基因功能国际标准分类体系。它旨在建立一个适用于各种物种的，对基因和蛋白质功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准。GO分为分子功能（Molecular Function）、生物过程（Biological Process）、和细胞组成（Cellular Component）三个部分。 富集分析主要用于差异基因在GO term的富集程度。 GO term分为三大类，每一类从不同的层面解释基因的生物学功能，我们可以结合生物学问题的特殊性，有针对性
【R语言】——基因GO/KEGG功能富集结果可视化（保姆级教程）
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weixin_54004950的博客
12-30 4万+
上期“原来基因功能富集分析这么简单”介绍如何使用DAVID在线分析工具对基因进行GO/KEGG功能富集分析。注：DAVID导出来的“%”这列为“Gene ratio”；上面只展示“BP”的数据，其余“CC”和“MF”也是类似格式，故不一一列举。好了本次分享就到这里，下期将分享使用R clusterProfiler包对基因进行GO/KEGG功能富集分析，敬请期待。关注“在打豆豆的小潘学长”公众号，发送“富集分析1”获得完整代码包和演示数据。图5 KEGG富集分析柱状图。图6 KEGG富集分析气泡图。
在线绘制clusterprofiler KEGG，GO富集分析结果自定义条目cnet图
微生信
07-27 1942
使用clusterprofiler R包做完富集分析后，可以使用cnetplot绘制一个cnet图，默认是top5的条目作图。本文展示了如何使用微生信平台绘制自定义条目的cnet网络图。
基于clusterProfiler的多分组富集分析与可视化
该主题依托R语言中的clusterProfiler软件包，实现对多个实验分组之间差异表达基因进行系统性功能富集分析，并通过可视化手段直观呈现结果。本文所介绍的项目代码完整展示了从原始数据处理到最终图形输出的全流程，...
GOplot | 更美观的富集分析可视化
weixin_45822007的博客
01-19 9885
GOplot | 更美观的富集分析可视化 数据准备 #下载 install.packages('GOplot') library(GOplot) #载入示例数据 data(EC) #...
GO和KEGG富集分析结果的可视化
2302_80012625的博客
08-29 2119
**Gene_Ontology**：查看GO分析的富集结果，包括BB（生物过程）、MF（分子功能）和BP（细胞成分）三个富集分析。- **Step 3: List Type: Gene List**：确认列表类型为基因列表。- **Pathways**：查看通路分析的富集结果，特别是KEGG通路分析。- **Step 1: Enter Gene List**：输入基因列表。- **Step 4: Submit List**：提交基因列表。- **Start Analysis**：开始分析。
Go-pprof是一个用于可视化和分析分析数据的工具
08-14
pprof是一个用于可视化和分析分析数据的工具
二、差异基因富集GO\KEGG–超全可视化！
最新发布
qq_40995864的博客
09-08 4463
主要是对差异基因进行富集可视化！本文没有过多的话语，直接上代码教程！
GO富集可视化-气泡图
qq_43337286的博客
05-13 1422
GO富集可视化-气泡图 GeneClear -vgo
赠你一只金色的眼 - 富集分析和表达数据可视化
悟道西方
07-08 1402
GOplot包用于生物数据的可视化。更确切地说，该包将表达数据与功能分析的结果整合并进行可视化。但是要注意该包不能用于执行这些分析，只能把分析结果进行可视化。在所有科学领域，由于空间限制和结果所需的简洁性，切实地去描述事物很难，所以需要将信息进行可视化，使用图片来传达信息。精心设计的图形能在更小的空间提供更多的信息。该包的设想就是能让用户快速检查大量数据，揭示数据的趋势和找出数据中的模式和相关性。数据可视化可以帮助我们去寻找生物问题的答案，也可以对某一假设进行判断，甚至可能发现不同的角度来调查不同的问题。
R语言中进行GO富集分析的超几何检验和可视化
TechBurst的博客
08-19 954
GO（Gene Ontology）富集分析是一种常用的生物信息学方法，用于揭示基因集合中富集的生物学功能和相关的代谢途径。在R语言中，我们可以使用超几何检验（hypergeometric test）来评估基因集合与特定GO术语之间的富集程度，并通过可视化展现结果。在本文中，我们将介绍如何使用R语言进行GO富集分析的超几何检验和可视化。综上所述，我们介绍了如何使用R语言进行GO富集分析的超几何检验和可视化。通过这些步骤，我们可以评估基因集合与特定GO术语之间的富集程度，并将结果以直观的方式呈现出来。
Clusterprofiler-多分组富集分析及可视化
qq_42090739的博客
10-13 7186
clusterprofile中自带可视化函数---dotplot，这里我们选择可视化5个term，当然了，默认的图可能不太好修改，我们可以导出数据，在ggplot2中可视化！一般富集分析都是单个组基因集，但是当有多个数据集的时候，一个一个分析比较麻烦，clusterprofile包可以实现多组分析，这里演示一下。更多精彩内容请至我的公众号---KS科研分享与服务。这里利用单细胞构建了一个数据，其他数据构建成如此即可！构建分组，转化genesymbol-gene ID。富集分析，去除冗杂terms！
go kegg_KEGG分析及可视化
weixin_33304613的博客
12-30 6406
上一篇推文中我们解释了GO富集分析及可视化（GO富集分析及可视化），除了GO富集分析，我们经常在paper中看到KEGG分析，KEGG是什么呢，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因组百科全书，是系统分析基因功能，联系基因组信息和功能信息的知识库，其中包含有大量的通路图。我们今天来介绍如何绘制KEGG的barplot和dotplot。libr...
3. R语言——基于clusterProfiler的可视化过程
codyliu_bo的博客
10-31 1003
在上一步已经做好了GO分析和KEGG分析，记下来要对分析结果进行可视化。加载GO分析和KEGG分析的结果。
GO、KEGG（批量分组）分析及可视化
qq_42090739的博客
06-29 3734
第二个问题是有小伙伴发来图让复现，是富集结果的展示，乍一看很复杂，既是网络图，又是多组的，其实很简单，clusterProfiler多组富集分析和enrichplot早就解决了这个问题。我们演示的时候都是直接提供了富集的结果文件，一般演示为了图方便，也是利用在线工具cytoscape做的。是网络的形式，GO、KEGG结果都可以展示，还是可以。首先我们做一下单独的GO、KEGG分析，这里我们使用的是引用很高的，基本上人人都在用的余老师的R包-clusterProfiler，相信大家都很熟悉了。
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