HCP(human connectome project)数据集解读1

Human Connectome Project (HCP) Dataset loader网址翻译 地址: https://nbviewer.jupyter.org/github/NeuromatchAcademy/course-content/blob/master/projects/load_hcp.ipynb 人类Connectome Project(HCP)数据集 HCP数据集包括大量的被试样本,包括静息态和基于任务的功能磁共振成像。 NMA整理的数据集包括时间序列数据,这些数据已通过在360个感兴趣的区域内进行汇总而进行了预处理和空间降采样。 #导入相应的包 import os import 阅读详情
AI摘要

人脑连接组计划旨在绘制高精度人脑连接图谱,分两阶段进行。该研究介绍了HCP数据集,包括1200张原始数据和重建数据。原始数据经处理提升了切片异常值检测能力,去除噪声;重建数据可实现受试者间数据高效比较,还对不同版本重建结果进行了多方面分析。

研究简介

目录

研究简介

研究意义

主要研究部分

数据集详细介绍

一、HCP Young Adult 1200 Subjects Data Realse(1200张原始数据):

二、S1200 Extensively Processed fMRI Data(重建数据)


人脑连接组计划,旨在通过先进脑成像技术绘制活体人脑功能与结构的高精度连接图谱。主要分为两个阶段:第一阶段采集数据并进行优化,第二阶段开展大规模脑网络建模。

研究意义

目前并没能模拟出人类完整的白质纤维联络模式、局部的纤维联络模式,更不用说每个神经元及其包含的所有突触相互之间的连接模式。当前实验研究常用的动物有如果蝇、秀丽线虫、小鼠的神经系统。

主要研究部分

研究主要分为四个方面:

  1. 单一年龄段(22-35岁)的研究;
  2. 完整生命周期(四个年龄段:胎儿、0-5、6-21、36-100+)的研究;
  3. 疾病研究;
  4. 软件(数据集浏览、下载、可视化以及分析)。

数据集详细介绍

一、HCP Young Adult 1200 Subjects Data Realse(1200张原始数据):

简介:

2012-2015年间采集的1206名健康年轻成年人的行为和3TMR图像数据。其中1113名接受了结构化MR扫描,184名接受了多模态7TMRI扫描,95名具有静态脑磁图和任务脑磁图数据,45名的3TMR成像数据和行为数据可供使用。

值得关注的点:

  1. 此版本(S1200)所有3T扩散数据均使用新版v3.19.0扩散管道重新处理,显著提升了切片异常值检测能力,去除由受试者运动引起的噪声。不能与先前版本的数据混合分析。
  2. 7T dMRI数据也已使用扩散数据处理管道v3.19.0版本进行预处理。
  3. 添加了静息态统计数据,提供了不同类型“噪声”和“信号”的信息,这些信息是通过根据FIX降噪管道的不同处理阶段对方差进行划分而获得的。
  4. 添加了基于基因验证的家庭结构测量指标。36对HCP双胞胎在自我报告为异卵双胞胎的情况下,经遗传验证实为同卵双胞胎。
  5. 添加了质量控制问题指标,用于标记在 HCP 质量控制过程中发现存在显著脑解剖结构、处理或数据噪声问题的受试者。

关于扩散数据处理管道的理解:

进行预处理如去噪、信号标准化等,以及进一步的脑部结构分割、纤维追踪等步骤,最终能够提供关于大脑内部神经纤维走向和连接情况的详细信息。

fMRI技术:

fMRI(功能磁共振成像技术)是一种基于血氧水平依赖(BOLD)效应的非侵入性脑成像技术,通过检测神经元活动引发的血流与血氧变化实现大脑功能定位,空间分

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