ceRNA调控网络的可视化：桑基图（Sankey diagram）在R语言中的应用-优快云博客

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本文介绍如何使用R语言生成ceRNA调控网络的桑基图，展示lncRNA、miRNA和mRNA的相互作用。通过数据准备、加载`networkD3`和`ggplot2`包，利用函数创建桑基图，理解ceRNA网络的复杂性。

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ceRNA调控网络的可视化：桑基图（Sankey diagram）在R语言中的应用

桑基图是一种流程图，用于可视化多个因素之间的关系和流动。在生物信息学领域，桑基图常被用来表示ceRNA（竞争性内源性RNA）调控网络，该网络描述了非编码RNA（lncRNA和miRNA）与mRNA之间的相互作用。本文将介绍如何使用R语言生成ceRNA关系网络的桑基图，并提供相应的源代码。

首先，我们需要准备数据。假设我们已经从实验或计算预测中获得了一组与ceRNA调控网络相关的数据，包括lncRNA、miRNA和mRNA的互作关系。这些数据可以以表格形式存储，例如CSV文件，其中每列代表一个节点（lncRNA、miRNA或mRNA），每行代表两个节点之间的关系。以下是一个示例数据集：

# 读取数据集
data <- read.csv("ceRNA_network.csv", header = TRUE)

# 查看数据集结构
str(data)

接下来，我们需要安装并加载所需的R包，以便进行桑基图的绘制。在本文中，我们将使用networkD3和dplyr这两个包。

# 安装所需的R包
install.packages("networkD3")
install.packages("dplyr")

# 加载R包
library(networkD3)
library(dplyr)