机器学习-->sklearn数据预处理

这篇博文将详细讲下sklearn.preprocessing包是如何对数据进行预处理的,全文翻译自sklearn.preprocessing,并且加上了我自己的一些见解。
sklearn.preprocessing包提供了几个常见的实用函数和变换器类,以将原始特征向量转换为更适合分类器或者回归器的表示。

标准化,去均值和方差缩放
scikit-learn中的许多学习器都需要将数据集进行标准化处理。数据集的标准化:当个体特征太过或明显不遵从高斯正态分布时,标准化表现的效果较差。实际操作中,经常忽略特征数据的分布形状,移除每个特征均值,划分离散特征的标准差,从而等级化,进而实现数据中心化。

例如,用于学习算法(例如支持向量机的RBF内核或线性模型的l1和l2正则化器)的目标函数中,假设所有特征都以零为中心并且具有相同量级的方差。如果某一个特征的方差大于其他数量级,则可能会对目标函数影响较大,使学习器无法按预期正确地学习其他特征。

函数scale提供了一种快速简单的方法来在单个阵列数据集上执行此操作:
公式为:(X-mean)/std 计算时对每个属性/每列分别进行。
将数据按期属性(按列进行)减去其均值,并处以其方差。得到的结果是,对于每个属性/每列来说所有数据都聚集在0附近,方差为1。

>>> from sklearn import preprocessing
>>> import numpy as np
>>> X = np.array([[ 1., -1.,  2.],
...               [ 2.,  0.,  0.],
...               [ 0.,  1., -1.]])
>>> X_scaled = preprocessing.scale(X)
>>> X_scaled                                          
array([[ 0.  ..., -1.22...,  1.33...],
       [ 1.22...,  0.  ..., -0.26...],
       [-1.22...,  1.22..., -1.06...]])

缩放后的数据均值为0,方差为单位1

>>> X_scaled.mean(axis=0)
array([ 0.,  0.,  0.])
>>> X_scaled.std(axis=0)
array([ 1.,  1.,  1.])

preprocessing模块还提供了一个实用程序类StandardScaler,它实现了Transformer API来计算训练集上的平均值和标准偏差,使用该类的好处在于可以保存训练集中的参数(均值、方差)直接使用其对象转换测试集数据。

>>> scaler = preprocessing.StandardScaler().fit(X)
>>> scaler
StandardScaler(copy=True, with_mean=True, with_std=True)
>>> scaler.mean_  ##训练集上每个特征的均值                           
array([ 1. ...,  0. ...,  0.33...])
>>> scaler.scale_  ##训练集上每个特征相对缩放的程度                            
array([ 0.81...,  0.81...,  1.24...])
>>> scaler.transform(X)                               
array([[ 0.  ..., -1.22...,  1.33...],
       [ 1.22...,  0.  ..., -0.26...],
       [-1.22...,  1.22..., -1.06...]])

这个scaler能在新的数据集上做和训练集上同样的缩放转换

>>> scaler.transform([[-1.,  1., 0.]])                
array([[-2.44...,  1.22..., -0.26...]])

注 :
1)若设置with_mean=False 或者 with_std=False,则不做centering 或者scaling处理。
2)scale和StandardScaler可以用于回归模型中的目标值处理。

将特征缩放到某一个指定的范围
另一种标准化是将特征缩放到给定的最小值和最大值之间,通常在0到1之间,或者使得每个特征的最大绝对值被缩放到单位大小。这可以分别使用MinMaxScaler或MaxAbsScaler来实现。
使用这种标准化方法的原因是,有时数据集的标准差非常非常小,有时数据中有很多很多零(稀疏数据)需要保存住0元素。

>>> X_train = np.array([[ 1., -1.,  2.],
...                     [ 2.,  0.,  0.],
...                     [ 0.,  1., -1.]])
>>> min_max_scaler = preprocessing.MinMaxScaler()
>>> X_train_minmax = min_max_scaler.fit_transform(X_train)
>>> X_train_minmax
array([[ 0.5       ,  0.        ,  1.        ],
       [ 1.        ,  0.5       ,  0.33333333],
       [ 0.        ,  1.        ,  0.        ]])
>>> X_test = np.array([[ -3., -1.,  4.]])
>>> X_test_minmax = min_max_scaler.transform(X_test)
>>> X_test_minmax
array([[-1.5       ,  0.        ,  1.66666667]])
>>> min_max_scaler.scale_                             
array([ 0.5       ,  0.5       ,  0.33...])
>>> min_max_scaler.min_                               
array([ 0.        ,  0.5       ,  0.33...])

当然,在构造类对象的时候也可以直接指定最大最小值的范围:feature_range=(min, max),此时应用的公式变为:
X_std=(X-X.min(axis=0))/(X.max(axis=0)-X.min(axis=0))
X_scaled=X_std/(max-min)+min

MaxAbsScaler(绝对值最大标准化)
与上述标准化方法相似,但是它通过除以最大值将训练集数据缩放至[-1,1]。这意味着数据已经以0为中心或者是含有非常非常多0的稀疏数据

>>> X_train = np.array([[ 1., -1.,  2.],
...                     [ 2.,  0.,  0.],
...                     [ 0.,  1., -1.]])
>>> max_abs_scaler = preprocessing.MaxAbsScaler()
>>> X_train_maxabs = max_abs_scaler.fit_transform(X_train)
>>> X_train_maxabs                # doctest +NORMALIZE_WHITESPACE^
array([[ 0.5, -1. ,  1. ],
       [ 1. ,  0. ,  0. ],
       [ 0. ,  1. , -0.5]])
>>> X_test = np.array([[ -3., -1.,  4.]])
>>> X_test_maxabs = max_abs_scaler.transform(X_test)
>>> X_test_maxabs                 
array([[-1.5, -1. ,  2. ]])
>>> max_abs_scaler.scale_         
array([ 2.,  1.,  2.])

就像scale,如果你不想创建一个类对象来进行标准化处理,你可以直接使用函数 minmax_scale 和maxabs_scale。

对稀疏数据的缩放
对稀疏数据进行中心化处理将破坏其稀疏结构,因此这并不是一件明智的事情。然而,缩放稀疏投入是有意义的,特别是如果特征在不同的尺度上。
MaxAbsScaler和maxabs_scale专门用于缩放稀疏数据。scale和StandardScaler也可以接受scipy.sparse矩阵作为输入,只要将__an = False显式传递给构造函数即可。否则将破坏数据稀疏性,抛出ValueError异常,并且经常会因为分配过多的内存而使执行崩溃。 RobustScaler不能被调用为稀疏输入,但是可以使用transform方法输入稀疏数据。

缩放带有离群点的数据
如果数据包含许多异常值,则使用数据的均值和方差进行缩放可能无法起到很好的效果。在这些情况下,可以使用robust_scale和RobustScaler替代。他们对数据的中心和范围使用更强大的估计。

正则化
正则化的过程是将每个样本缩放到单位范数(每个样本的范数为1),如果后面要使用如二次型(点积)或者其它核方法计算两个样本之间的相似性这个方法会很有用。
Normalization主要思想是对每个样本计算其p-范数,然后对该样本中每个元素除以该范数,这样处理的结果是使得每个处理后样本的p-范数(l1-norm,l2-norm)等于1。
Sklearn里常用l1,l2范数。
数学表达式:
令x=(x1,x2,x3,…,Xn)T
L1范数:||x||1=|x1|+|x2|+…+|Xn|
L2范数:||x||2=(|x1|^2+|x2|^2+…+|xn|^2)^1/2
可以使用preprocessing.normalize()函数对指定数据进行转换:

>>> X = [[ 1., -1.,  2.],
...      [ 2.,  0.,  0.],
...      [ 0.,  1., -1.]]
>>> X_normalized = preprocessing.normalize(X, norm='l2')

>>> X_normalized                                      
array([[ 0.40..., -0.40...,  0.81...],
       [ 1.  ...,  0.  ...,  0.  ...],
       [ 0.  ...,  0.70..., -0.70...]])

可以使用processing.Normalizer()实现对训练集和测试集的拟合和转换:

>>> normalizer = preprocessing.Normalizer().fit(X)  # fit does nothing
>>> normalizer
Normalizer(copy=True, norm='l2')
>>> normalizer.transform(X)                            
array([[ 0.40..., -0.40...,  0.81...],
       [ 1.  ...,  0.  ...,  0.  ...],
       [ 0.  ...,  0.70..., -0.70...]])

>>> normalizer.transform([[-1.,  1., 0.]])             
array([[-0.70...,  0.70...,  0.  ...]])

二值化
特征二值化
特征二值化是对数值特征进行阈值处理以获取布尔值的过程。这对于概率学习器来说是有用的,它们假设输入数据符合多变量伯努利分布分布。例如,这是sklearn.neural_network.BernoulliRBM的情况。
就像上面说到的Normalizer类一样,同样有一个Binarizer类用来对数据进行二值化。

>>> X = [[ 1., -1.,  2.],
...      [ 2.,  0.,  0.],
...      [ 0.,  1., -1.]]

>>> binarizer = preprocessing.Binarizer().fit(X)  # fit does nothing
>>> binarizer
Binarizer(copy=True, threshold=0.0)
>>> binarizer.transform(X)
array([[ 1.,  0.,  1.],
       [ 1.,  0.,  0.],
       [ 0.,  1.,  0.]])

也可以调整阈值进行二值化

>>> binarizer = preprocessing.Binarizer(threshold=1.1)
>>> binarizer.transform(X)
array([[ 0.,  0.,  1.],
       [ 1.,  0.,  0.],
       [ 0.,  0.,  0.]])

同样的,也可以不用创建类对象Binarizer,这里提供了方法binarize方法进行二值化。

缺失值填充
Imputer类提供了使用缺失值所在的行或列的均值,中值或最常用值来估算缺失值的基本策略。该类也允许不同的缺失值编码。

以下代码段演示了如何使用包含缺失值的列(轴0)的平均值来替换编码为np.nan的缺失值:

>>> import numpy as np
>>> from sklearn.preprocessing import Imputer
>>> imp = Imputer(missing_values='NaN', strategy='mean', axis=0)
>>> imp.fit([[1, 2], [np.nan, 3], [7, 6]])
Imputer(axis=0, copy=True, missing_values='NaN', strategy='mean', verbose=0)
>>> X = [[np.nan, 2], [6, np.nan], [7, 6]]
>>> print(imp.transform(X))                           
[[ 4.          2.        ]
 [ 6.          3.666...]
 [ 7.          6.        ]]

Imputer类同样支持稀疏矩阵

>>> import scipy.sparse as sp
>>> X = sp.csc_matrix([[1, 2], [0, 3], [7, 6]])
>>> imp = Imputer(missing_values=0, strategy='mean', axis=0)
>>> imp.fit(X)
Imputer(axis=0, copy=True, missing_values=0, strategy='mean', verbose=0)
>>> X_test = sp.csc_matrix([[0, 2], [6, 0], [7, 6]])
>>> print(imp.transform(X_test))                      
[[ 4.          2.        ]
 [ 6.          3.666...]
 [ 7.          6.        ]]

请注意,在这里,缺失值由0编码,因此隐式存储在矩阵中。因此,当比观察值更多的缺失值时,此格式是合适的。

生成多项式的特征
通过输入数据的非线性特征,常常增加模型的复杂性。一个简单而常用的方法是多项式特征,可以获得特征的高阶和交互项。它在PolynomialFeatures中实现:

>>> import numpy as np
>>> from sklearn.preprocessing import PolynomialFeatures
>>> X = np.arange(6).reshape(3, 2)
>>> X                                                 
array([[0, 1],
       [2, 3],
       [4, 5]])
>>> poly = PolynomialFeatures(2)
>>> poly.fit_transform(X)                             
array([[  1.,   0.,   1.,   0.,   0.,   1.],
       [  1.,   2.,   3.,   4.,   6.,   9.],
       [  1.,   4.,   5.,  16.,  20.,  25.]])

这些特征都是从(x1,x2)转换成(1,x1,x2,x1^2,x1*x2,x2^2)
有时候,只需要特征之间的交互项,可以设置interaction_only=True

注意:多项式有时会提高分类器的分类效果,但是如果阶数过高容易过拟合。一般多项式都是几个特征之间的二阶以上的关系,所以并不会产生冗余信息,冗余只是对特征之间一阶线性关系(例如ax1+bx2)而言。

>>> X = np.arange(9).reshape(3, 3)
>>> X                                                 
array([[0, 1, 2],
       [3, 4, 5],
       [6, 7, 8]])
>>> poly = PolynomialFeatures(degree=3, interaction_only=True)
>>> poly.fit_transform(X)                             
array([[   1.,    0.,    1.,    2.,    0.,    0.,    2.,    0.],
       [   1.,    3.,    4.,    5.,   12.,   15.,   20.,   60.],
       [   1.,    6.,    7.,    8.,   42.,   48.,   56.,  336.]])

这些特征都是从(x1,x2,x3)组合成(1,x1,x2,x3,x1*x2,x2*x3,x1*x3,x1*x2*x3)

自定义转换函数
通常,将需要将现有的Python函数转换为数据预处理函数,以协助数据清理或处理。可以使用FunctionTransformer从任意函数实现数据预处理函数。

>>> import numpy as np
>>> from sklearn.preprocessing import FunctionTransformer
>>> transformer = FunctionTransformer(np.log1p)
>>> X = np.array([[0, 1], [2, 3]])
>>> transformer.transform(X)
array([[ 0.        ,  0.69314718],
       [ 1.09861229,  1.38629436]])
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