MATLAB批量处理.nii文件：批量转换.nii为.jpg格式使用ITK

最新推荐文章于 2024-09-22 21:26:10 发布

MhgCobol

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文章标签： matlab 计算机视觉开发语言 ITK

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在科学研究和医学图像处理中，经常需要对存储为.nii格式的图像文件进行处理和分析。而有时候，我们可能需要将这些.nii文件转换为.jpg格式，以便更好地展示、共享或使用其他图像处理工具。本文将介绍如何使用MATLAB和ITK库来批量处理.nii文件，将其转换为.jpg格式。

首先，我们需要安装并配置MATLAB和ITK。确保你已经正确安装了MATLAB和ITK，并且可以在MATLAB环境中使用ITK库。如果你还没有安装ITK，可以在MATLAB的Add-Ons管理器中搜索并安装它。

一旦你准备好了环境，我们可以开始编写MATLAB代码来批量处理.nii文件了。以下是一个示例代码，它可以处理指定目录下的所有.nii文件，并将它们转换为.jpg格式：

% 设置输入和输出目录
inputDir = '输入目录';
outputDir = '输出目录';

% 获取输入目录下所有.nii文件的列表
fileList =

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SimpleITK读取医学图像 .nii 数据（2D显示）

猴毛与叫喊

10-18

2892

【环境】win10 + python3.6 + SimpleITK nii文件是NIFTI格式的文件，出现的原因是原来一种图像格式是ANALYZE 7.5 format，但是这个图像格式缺少一些信息，比如没有方向信息，病人的左右方位等，如果需要包括额外的信息，就需要一个额外的文件，比如ANALYZE7.5就需要一对<.hdr, .img>文件来保存图像的完整信息。因此，解决这个问题Da...

利用python 将 nii 文件转化为 jpg

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10-10

344

【代码】利用python 将 nii 文件转化为 jpg。

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nii格式文件转化成jpg图片

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09-22

603

请将 path/to/source/nii/files 替换为包含 .nii 文件的目录路径，将 path/to/destination/jpg/files 替换为你想要保存 .jpg 文件的目录路径。这段代码会处理源目录中的所有 .nii 和 .nii.gz 文件，并将每个文件的每个slice保存为单独的 .jpg 文件。首先确保安装了nibabel。

批量nii文件转换成jpg格式

llly333的博客

03-31

2814

批量nii文件转换成jpg格式 import nibabel as nib import numpy as np import imageio import os def read_niifile(niifile): # 读取niifile文件 img = nib.load(niifile) # 下载niifile文件（其实是提取文件） img_fdata = img.get_fdata() # 获取niifile数据 img90 = np.rot90(img_fdat

ITK 实现多张图像转成单个nii.gz或mha文件案例

09-16

在Python中，可以使用SimpleITK和Numpy进行类似的转换，通过加载PNG图片，将其转换为Numpy数组，再使用SimpleITK的`sitk.WriteImage`函数将数组写入nii.gz或mha文件。总的来说，这个案例展示了如何利用ITK的`...

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读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像操作

01-19

读取nii或者nii.gz文件中的信息，并且输出图像。 import matplotlib from matplotlib import pylab as plt import nibabel as nib from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D file = '' #你的nii或者nii.gz文件...

使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作

09-16

然而，在使用SimpleITK读取NII格式图像时需要注意其维度顺序可能与Matlab或ImageJ不同。例如，以下代码展示了如何使用SimpleITK读取NII格式的图像： ```python import SimpleITK as sitk from matplotlib import ...

项目实训(十四):如何将.nii.gz的dcm医学图像转为png？

weixin_43954810的博客

07-30

2070

在试图解析文件格式一筹莫展之后，还是开始去寻找依赖包，不出所料还真的有~~ 那就是nibabel包。下面直接贴代码： import os import numpy as np import nibabel as nib import imageio import matplotlib from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D from matplotlib import pylab as plt def read_niifile(niifilepath):

nii转jpg

mvpboy123的博客

09-02

799

nii_files = r’/media/qiao/WindowsData/u2net_test/nii_data/imagesTr_’ image_name = r’/media/qiao/WindowsData/u2net_test/nii_data/data’ filelist = os.listdir(nii_files) filelist.sort(key=lambda x: int(x[-10:-7].zfill(3))) h = 1 for f in filelist: file = os.p

ADNI数据集：.nii格式转换为.png格式

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ADNI数据集：.nii格式转换为.png格式 1、共有AD_001-AD_015共15个.nii文件分别查看每个文件的详细信息，以得到shape维度信息 import nibabel as nib file = 'D:\\图像分割\\AD\\AD_015\\AD_015.nii' #你的nii或者nii.gz文件路径 img = nib.load(file) print(img) 2、通过查看得到每个文件都为四维，只是大小不同开始进行格式转换 import os import numpy as np import nibabel as nib import imageio im

.img/.hdr格式转.nii格式的操作

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主要介绍了.img/.hdr格式转.nii格式的操作，具有很好的参考价值，希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧

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知识转化中心

09-27

4001

问题描述：有一批nii文件，需要转换成jpg格式。思路：通过nib.load读取nii文件转化为数组形式，再通过imageio.imwrite导出jpg文件。步骤： import nibabel as nib import numpy as np import imageio import os #读取nii文件 def read_niifile(niifile): # 读取niifile文件 img = nib.load(niifile) # 下载niifile文件（其实是提取文件）

【Python医学影像从超详细入门】2.NII NII.GZ NRRD DICOM JPG文件格式转换

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### 将形变场的MAT和NIfTI文件转换为MHD格式在医学图像处理领域，ITK（Insight Segmentation and Registration Toolkit）是一个强大的开源工具包，广泛用于图像配准、分割和其他任务。它支持多种文件格式之间的转换，包括从MATLAB的`.mat`文件和NIfTI的`.nii.gz`文件到MetaImage的`.mhd`文件[^1]。以下是实现这一目标的具体方法： #### 使用ITK进行文件转换 ITK提供了读取和写入不同医学图像格式的功能。可以通过以下步骤将`.mat`或`.nii.gz`文件转换为`.mhd`文件。 1. **安装ITK** 如果尚未安装ITK，请确保通过官方文档安装最新版本。此外，还需要安装Python绑定（如`itk` Python包），以便更方便地使用ITK功能[^1]。 2. **读取MAT文件** 对于`.mat`文件，需要先使用MATLAB或Python中的`scipy.io.loadmat`加载数据，然后将其转换为ITK兼容的格式。 ```python import scipy.io import numpy as np import itk # 加载.mat文件 mat_data = scipy.io.loadmat('deformation_field.mat') deformation_field = mat_data['field'] # 假设变形场存储在键名为'field'中 # 将NumPy数组转换为ITK图像 image = itk.GetImageFromArray(deformation_field.astype(np.float32)) ``` 3. **读取NIfTI文件** 对于`.nii.gz`文件，可以直接使用ITK的NIfTI读取器。 ```python nifti_image = itk.imread('deformation_field.nii.gz', itk.F) ``` 4. **保存为MHD文件** 使用ITK的写入功能将图像保存为`.mhd`格式。 ```python # 定义输出路径 output_path = 'deformation_field.mhd' # 写入MHD文件 itk.imwrite(image, output_path) ``` 5. **完整代码示例** 下面是一个完整的代码示例，涵盖了从`.mat`或`.nii.gz`文件到`.mhd`文件的转换过程。 ```python import scipy.io import numpy as np import itk def convert_mat_to_mhd(mat_file, output_mhd): # 加载.mat文件 mat_data = scipy.io.loadmat(mat_file) deformation_field = mat_data['field'] # 根据实际键名调整 # 转换为ITK图像 image = itk.GetImageFromArray(deformation_field.astype(np.float32)) # 保存为MHD文件 itk.imwrite(image, output_mhd) def convert_nifti_to_mhd(nifti_file, output_mhd): # 读取NIfTI文件 nifti_image = itk.imread(nifti_file, itk.F) # 保存为MHD文件 itk.imwrite(nifti_image, output_mhd) # 示例调用 convert_mat_to_mhd('deformation_field.mat', 'output_from_mat.mhd') # 从.mat转换 convert_nifti_to_mhd('deformation_field.nii.gz', 'output_from_nifti.mhd') # 从.nii.gz转换 ``` #### 注意事项 - 在处理变形场时，需确保输入数据的维度和方向与目标格式一致[^1]。 - `.mhd`文件通常与`.raw`文件一起使用，后者存储像素数据。如果需要生成`.raw`文件，可以在上述代码中添加相应逻辑。 ---