【Python医学影像从超详细入门】2.NII NII.GZ NRRD DICOM JPG文件格式转换

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已于 2023-10-22 13:40:12 修改 · 4.1k 阅读

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#python #计算机视觉 #opencv

于 2023-10-22 13:27:35 首次发布

本文详细介绍如何使用Python进行医学影像的NIINII.GZNRRD与DICOM格式转换，以及如何将原始影像和勾画文件转换为JPG格式，涉及SimpleITK、nibabel等库的使用实例。

【Python医学影像从超详细入门】2.NII NII.GZ NRRD DICOM文件格式转换

NII NII.GZ NRRD DICOM是医学影像常用的四种存储格式。
为了实现可视化，通常还需要将其转换为JPG格式。

其之间的相互转换需要使用到以下库：
SimpleITK
nibabel
cv2
numpy

首先您需要在控制台安装缺少的库(只需要安装提示缺少的库)

#SimpleITK:
pip install --user -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple SimpleITK
#nibabel:
pip install --user -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple nibabel
#cv2:
pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple opencv-python
#numpy:
pip install numpy

dicom转nii nii.gz nrrd方法：

#dicom即文件夹存储的dcm后缀文件转为nii或nii.gz或nrrd格式
#dicom文件夹目录  niipath:要保存的文件名
def dcm2niigz(dcmpath, niipath):
    reader = sitk.ImageSeriesReader()
    dicom_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(dcmpath)
    reader.SetFileNames(dicom_names)
    image2 = reader.Execute() 

    image_array = sitk.GetArrayFromImage(image2)
    origin = image2.GetOrigin()
    spacing = image2.GetSpacing()
    direction = image2.GetDirection()
    image3 = sitk.GetImageFromArray(image_array)
    
    image3.SetSpacing(spacing)
    image3.SetDirection(direction