在KeyarchOS系统下Namd安装和使用说明

1 概述

浪潮信息KOS是浪潮信息基于Linux Kernel、OpenAnolis等开源技术自主研发的一款服务器操作系统，支持x86、ARM等主流架构处理器，性能和稳定性居于行业领先地位，具备成熟的 CentOS 迁移和替换能力，可满足云计算、大数据、分布式存储、人工智能、边缘计算等应用场景需求。详细介绍见官网链接浪潮信息云峦服务器操作系统KeyarchOS_KOS服务器操作系统-浪潮信息

NAMD是一个用于生物大分子大规模分子动力学的并行软件，支持Charmm、Namd和 Amber等多种力场，由美国 Illinois 大学生物物理系和计算机系联合开发，旨在开发出高效的分子动力学并行程序，可支持 Charm++并行。目前 NAMD 还支持在 GPU加速器上的运算。NAMD 具有非常强的大规模并行计算能力，已经实现了在上千个处理器上的并行计算，对包含超过三十万个原子的大分子系统进行模拟。详细介绍见官网链接http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/。

2 安装环境

2.1 操作系统环境

版本信息：KeyarchOS 5.9

硬件平台：X86_64

2.2 工具版本

NAMD_2.13_Linux-x86_64-multicore-CUDA

简书

3 安装与测试

3.1 安装namd

安装fftw：在http://www.fftw.org/download.html下载fftw安装包

将下载文件上传到服务器,解压。

进入fftw目录

执行./configure配置

执行make install编译安装

安装TCL/TK：在官网https://www.activestate.com/products/tcl/下载安装包

注册登录后下载

ActiveTcl-8.6.13.0000-x86_64-linux-glibc-2.17-3e7e97f6.tar.gz

上传至服务器并解压

进入ActiveTcl-8.6.13.0000-x86_64-linux-glibc-2.17-3e7e97f6目录

执行install.sh安装脚本

这里输入A，路径直接回车默认

 安装完成

安装charm++：下载并解压最新版的charm++，执行wget https://charm.cs.illinois.edu/distrib/charm-latest.tar.gz 

进入charm-v7.0.0目录

执行./build charm++ netlrts-linux-x86_64 --with-production -j4配置charm++

 出现built successful即为配置完成

安装NAMD：在官网

https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=NAMD下载NAMD安装包。

下载时需要接受同意协议

下载完成后将安装包上传至服务器并解压

安装完成

3.2 使用说明

在我们解压的namd包内有自带的示例，可以找一个示例测试一下，比如我们进到/opt/NAMD_3.0b6_Linux-x86_64-multicore/lib/namdcph/examples/ace目录

可以看到ace.namd，这个就是我们可以用来测试的示例文件

执行/opt/NAMD_3.0b6_Linux-x86_64-multicore/namd3 ace.namd运行示例

需要等待一会，期间会进行大量运算

执行完成后会返回执行的结果，结果文件可在同级目录查看。