NMAD-2.14b1安装

编译使用Intel 2018和gcc 7.3

• 下载链接：https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.14b1/announce.html
• 解压

	$ tar -zxvf NAMD_2.14b1_Source.tar.gz

• 进入目录

	$ cd NAMD_2.14b1_Source

• 解压 charm-6.8.2.tar

	$ tar xvf charm-6.8.2.tar

• 将charm-6.8.2目录下包含mpicxx的文件全部修改为mpiicxx

• 进入目录

	$ cd charm-6.8.2
	$ ./build charm++ mpi-linux-x86_64 --with-production

• 进入生成的目录并进行测试

	$ cd mpi-linux-x86_64/tests/charm++/megatest/
	$ make pgm
	$ bsub -I -q q_x86_expr -n 2 ./pgm

• 返回到NAMD_2.14b1_Source

	$ cd ../../../../..

• 下载并解压软件所需的库
  fftw: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/fftw-linux-x86_64.tar.gz
  tcl: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/tcl8.5.9-linux-x86_64.tar.gz
  tcl-threaded: https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded.tar.gz

	$ tar xzf fftw-linux-x86_64.tar.gz
	$ mv linux-x86_64 fftw
	$ tar xzf tcl8.5.9-linux-x86_64.tar.gz
	$ mv tcl8.5.9-linux-x86_64 tcl
	$ tar xzf tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded.tar.gz
	$ mv tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded tcl-threaded

• 修改Make文件

	$ vim Make.charm
	
	# Set CHARMBASE to the top level charm directory.
    # The config script will override this setting if there is a directory
    # called charm-6.4.0 or charm in the NAMD base directory.

    #CHARMBASE = /Projects/namd2/charm-6.4.0
    CHARMBASE = ./charm-6.4.0/

• 进入arch目录，对以下文件进行修改

	$ vim Linux-x86_64.tcl  #修改文件
    
    #TCLDIR=/Projects/namd2/tcl/tcl8.5.9-linux-x86_64
    #TCLDIR=/Projects/namd2/tcl/tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded
    TCLDIR=../tcl
    TCLINCL=-I$(TCLDIR)/include
    #TCLLIB=-L$(TCLDIR)/lib -ltcl8.5 -ldl
    TCLLIB=-L$(TCLDIR)/lib -ltcl8.5 -ldl -lpthread
    TCLFLAGS=-DNAMD_TCL
    TCL=$(TCLINCL) $(TCLFLAGS)
    
    $ vim Linux-x86_64.fftw #修改文件
    
    #FFTDIR=/Projects/namd2/fftw/linux-x86_64
    FFTDIR=../fftw
    FFTINCL=-I$(FFTDIR)/include
    FFTLIB=-L$(FFTDIR)/lib -lsrfftw -lsfftw
    FFTFLAGS=-DNAMD_FFTW
    FFT=$(FFTINCL) $(FFTFLAGS)

	$ vim Linux-x86_64.mkl #修改文件
	
	FFTDIR=$(MKLROOT)
	FFTINCL=-I$(FFTDIR)/include/fftw
	#FFTLIB=-L$(FFTDIR)/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core
	FFTLIBDIR=$(FFTDIR)/lib/intel64
	FFTLIB=-Wl,--start-group $(FFTLIBDIR)/libmkl_intel_lp64.a $(FFTLIBDIR)/libmkl_sequential.a $(FFTLIBDIR)/libmkl_core.a -Wl,--end-group
	FFTFLAGS=-DNAMD_FFTW -DNAMD_FFTW_3
	FFT=$(FFTINCL) $(FFTFLAGS)

	$ vim Linux-x86_64.fftw3 #修改文件

	#FFTDIR=$(HOME)/fftw3
	FFTDIR=$(MKLROOT)
	#FFTINCL=-I$(FFTDIR)/include
	FFTINCL=-I$(MKLROOT)/include -I$(FFTDIR)/include/fftw
	#FFTLIB=-L$(FFTDIR)/lib -lfftw3f
	FFTLIB= -mkl
	FFTFLAGS=-DNAMD_FFTW -DNAMD_FFTW_3
	FFT=$(FFTINCL) $(FFTFLAGS)

• 返回上层目录并运行 configure

	$ cd ..
	$ ./config Linux-x86_64-icc --charm-arch mpi-linux-x86_64

• 进入 Linux-x86_64-icc 目录

	$ make
    $ ./name2
    $ ./namd2 src/alanine

• 返回上层目录，下载案例并运行
  http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/utilities/apoa1.tar.gz

	$ cd ..
	$ tar xzf apoa1.tar.gz
	$ export PATH=$HOME/namd/NAMD_CVS-2012-09-03_Source/Linux-x86_64-icc:$PATH
	$ cd apoa1/
	$ bsub -n 16 -q q_x86_expr namd2 apoa1.namd

• 参考资料:

NAMD安装.md
NAMD Custom Build for Better Performance on your Modern GPU Accelerated Workstation – Ubuntu 16.04, 18.04, CentOS 7