【SimpleITK教程】GetSize()方法和GetArrayFromImage()方法

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于 2019-08-14 11:22:34 首次发布

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本文介绍如何使用SimpleITK库的GetSize()方法获取图像的三维尺寸，并通过GetArrayFromImage()方法将图像转换为ndarray格式。详细解释了在转换过程中各维度的变化及对应关系。

GetSize()方法可用于获取SimpleITK对象的三个维度大小
GetArrayFromImage()可用于将SimpleITK对象转换为ndarray

测试用例如下图，大小为：矢状面（512）*冠状面（372）*横断面（50）
下载链接：https://www.jianguoyun.com/p/Dcwwx1wQ45bOBxig29EEIAA

在这里插入图片描述

import SimpleITK as sitk

path = 'sample.nrrd'
image = sitk.ReadImage(path)

shape_img = image.GetSize()
print(f'shape of image: {shape_img}')

# convert to ndarry
data = sitk.GetArrayFromImage(image)
shape_data = data.shape
print(f'shape of data: {shape_data}')

输出：

shape of image: (512, 372, 50)
shape of data: (50, 372, 512)

在SimpleITK中，各术语对应如下：

Width: 宽度，矢状面（Sagittal）
Height: 高度，冠状面（Coronal）
Depth: 深度，横断面（Axial）

使用GetSize()的输出为：(矢状面Width, 冠状面Height, 横断面Depth)，也即原始SimpleITK数据的存储形式
使用GetArrayFromImage()方法后，X轴与Z轴发生了对调，输出形状为：(横断面Depth, 冠状面Height, 矢状面Width)