[Python教程] Python SimpleITK软件包常用参数与使用方法分析

最新推荐文章于 2025-03-27 16:44:02 发布

gogogo！

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分类专栏： Python教程文章标签： python 医学图像处理常用模块

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/qweqwrqw/article/details/88427971

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目前在使用深度学习进行医学图像处理，主要进行肺部结节检测，在预处理时经常会使用到SimpleITK软件包，它是一个很好用的读取医学图像信息软件包。

内容列表

- SimpleITK

SimpleITK

Insight Segmentation and Registration Toolkit (ITK)是一个开源、跨平台的框架，可以提供给开发者增强功能的图像分析和处理套件。其中最为著名的就是SimpleITK，是一个简化版的、构建于ITK最顶层的模块。SimpleITK旨在易化图像处理流程和方法。

目前常用的代码有如下几种：

    itk_img = SimpleITK.ReadImage(path)
    img_array = SimpleITK.GetArrayFromImage(itk_img)
    print("Img array: ", img

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python中“SimpleITK”模块完美快速安装

未来可期

11-14

1万+

写在这里的初衷，一是备忘，二是希望得到高人指点，三是希望能遇到志同道合的朋友。目录1.SimpleITK简介2.通过cmd命令窗口安装3.通过Anaconda Prompt命令窗口安装 1.SimpleITK简介 SimpleITK是ITK的简化接口，使用起来更加方便，有多种语言接口。SimpleITK是专门处理医学影像的软件，在SimpleITK中，图像的概念与我们在计算机视觉中常用的RGB图像差异很大，后者只是一个多维矩阵，是一个数学上的概念，而在SimpleITK中，图像是一种物理实体，图像中.

【SimpleITK】医疗影像分割结果评价指标计算

m0_37477175的博客

01-16

3854

文章目录Overlap MeasuresSurface Distance Measuressome API Overlap Measures jaccard dice volume_similarity false_negative false_positive 其中： Volume measures: volumeSimilarity2∗(v1−v2)v1+v2 volumeSimilari...

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SimpleITK：SimpleITK：建立在Insight Toolkit（ITK）之上的一层，旨在简化和促进ITK在快速原型，教育和解释语言中的使用

02-02

SimpleITK CircleCI 阅读文档 AzurePipelines 释放主 SimpleITK是一种图像分析工具包，其中包含大量组件，这些组件支持常规的过滤操作，图像分割和配准。它基于Insight细分和注册工具包构建，旨在为提供简化的界面。 SimpleITK本身是用C ++编写的，但可用于多种编程语言。当前这些包括： C ++代码的包装是通过完成的，原则上，SWIG包装的任何语言都应适用于SimpleITK。与ITK对n维时空图像的支持不同，SimpleITK支持2D，3D和4D图像。维度是指时空维度，体素可以是n维向量。 SimpleITK已根据获得。致谢 SimpleITK开发得到了以下方面的支持：美国国立卫生研究院，美国过敏与传染病研究所的校内研究计划。根据美国复苏与再投资法案（ARRA）和美国国立卫生研究院的校内研究计划，根据美国国立医学图书馆。 Insight软件联盟以及ITK用户和开发人员社区。许可和版权 SimpleITK项目是非营利性教育联盟（ISC）的一部分，该联盟致力于促进和维护开源的，可免费获得的用于生物医学图

SimpleITK使用

juluwangriyue的博客

08-05

747

参考：https://simpleitk.org/ 参考：https://github.com/SimpleITK/TUTORIAL/blob/master/02_images_and_resampling.ipynb

simpleITK - Setup - Results Visualization

最新发布

yuxing55555的博客

03-27

735

在此笔记本中，我们说明了显示分割和配准算法结果的各种方法，以便可以轻松地将它们合并到手稿或演示文稿中。对于交互式数据探索，我们建议使用专用程序（例如 3D 切片机）。03d。

Li‘s 影像组学视频学习笔记(27)-SimpleITK包介绍

weixin_38594676的博客

01-03

695

本笔记来源于B站Up主: 有Li 的影像组学的系列教学视频本节(27)主要讲解: 功能强大的图像处理工具SimpleITK包视频中李博士演示了SimpleITK的两个基本功能：图像格式转换以及图像镜像翻转 1、导入SimipleITK包 import SimpleITK as sitk 2、从.dcm格式转换为.nii格式 folderPath = 'C:/Users/RONG/Desktop/SimpleITK/' reader = sitk.ImageSeriesReader() dicom_

在anaconda指定虚拟环境下安装simpleitk包

weixin_52721706的博客

10-07

1800

anaconda所有包都在anaconda3\pkgs文件夹下，可以在里面看到新安装的包。在开始菜单里找到anaconda prompt，打开。刚开始是在base环境，切换到要用的虚拟环境。

医学图像处理-SimpleITK图像读取及相关参数获取

weixin_45132409的博客

04-26

3269

医学图像处理-SimpleITK图像读取及相关参数获取 Python中用SimpleITK进行医学图像读取时，转换成array后读取出来的维度顺序是depth, width, height，spacing获取到的顺序却与之相反，因此可以按照下面的方法按需转换。 import SimpleITK as sitk mhd_filename = 'F:/1reinforce-learning/Data...

SimpleITK-1.2.4-cp37-cp37m-win_amd64.whl.zip

03-16

SimpleITK的目标是降低使用ITK进行算法开发的入门难度，同时保持与C++核心库的兼容性。在压缩包内，"SimpleITK-1.2.4-cp37-cp37m-win_amd64.whl"是实际的Python包文件。这个.whl文件是Python Wheel格式，它包含了...

PyPI 官网下载 | SimpleITK-1.2.0-cp27-cp27m-manylinux1_i686.whl

02-05

标题中的"PyPI 官网下载 | SimpleITK-1.2.0-cp27-cp27m-manylinux1_i686.whl"表明这是一个从Python Package Index (PyPI)官方源下载的软件包，名为SimpleITK。版本号是1.2.0，它针对的是Python 2.7版本，且具有cp27m...

SimpleITK-1.2.4-cp39-cp39-win_amd64.whl.rar

11-25

SimpleITK（Simple ...而“SimpleITK-1.2.4-cp39-cp39-win_amd64.whl”作为一个特定的软件包，代表了SimpleITK生态系统中的一个具体实现和版本，能够帮助开发者和用户在Windows平台上快速部署和使用SimpleITK。

医学图像包——DCMTK、VTK、ITK、RTK、SimpleITK

Joker 007的博客

12-28

3922

医学图像包——DCMTK、VTK、ITK、RTK、SimpleITK

python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)

12-23

1. 用SimpleITK读取dicom序列： import SimpleITK as sitk import numpy as np img_path='F:\\\\dataset\\\\pancreas\\\\Output\\\\thick\\\\original\\\\1' mask_path='F:\\\\dataset\\\\pancreas\\\\Output\\\\thick\\\\groundtruth\\\\1' reader = sitk.ImageSeriesReader() img_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(img_path) reader.SetFileNames

【Python】import SimpleITK as sitk

lingchen1906的博客

02-04

1434

origin就是原点的坐标，direction大概是轴的方向，spacing就是每个像素间所代表的真实世界的距离。对这些有一个大概的认识后，实际使用中，我们只需要以原图为基准，将不同网络输出预测结果的元数据属性设置成和原图一样就可以了，这样用3D Slicer打开时位置就能对应起来，需要注意的是保存前的numpy轴的顺序必须得是[z, y, x]，否则需要先交换再设置元数据属性，这样才是正确的！

SimpleITK的部分介绍及使用代码（python）

2301_78358640的博客

05-19

2824

简单介绍了学习中SimplelTK的部分使用方法，包括读取数据，重采样，图像分割，图像形态学操作，连通域分析等

python---之sitk中的Getspacing,origin,direction

zxyhhjs2017的博客

06-18

8750

itk_img = sitk.ReadImage(img_file) img_array = sitk.GetArrayFromImage(itk_img) # indexes are z,y,x (notice the ordering) center = np.array([node_x,node_y,node_z]) # nodule center origin = np.arra...

[10]simpleITK读取dcm格式维度变化

qq_33612665的博客

08-13

1192

simpleitk在读取dcm格式时存储是xyz形式的，转换为数组后则为zyx. Simpleitk中图像形式：使用GetSize()的输出为：(Width, Height, Depth)，也即原始SimpleITK数据的存储形式转换为数组的形式：使用GetArrayFromImage()方法后，X轴与Z轴发生了对调，输出形状为：(Depth, Height, Width) Width: 宽度，X轴，矢状面（Sagittal） Height: 高度，Y轴，冠状面（Coronal） Depth

SimpleITK学习

Kint的博客

03-22

1473

SimpleITK工具包入门学习

图像处理（ITK）

qq_51039912的博客

07-18

380

ITK图像处理，Dice损失，HD损失的计算

Python SimpleITK dcm转换成jpg

02-16

### 使用 Python 和 SimpleITK 将 DICOM 文件转换为 JPEG 图像为了实现从 DICOM 到 JPEG 的转换，可以利用 `SimpleITK` 库读取 DICOM 文件并将其转换成 NumPy 数组形式。之后借助于 Pillow 或 OpenCV 这样的图像处理库来保存数组为 JPEG 格式的图片。 #### 安装必要的包确保安装了所需的软件包： ```bash pip install simpleitk pillow opencv-python ``` #### 转换代码示例下面是一个完整的例子，展示了如何使用上述方法完成这一过程[^1]： ```python import SimpleITK as sitk from PIL import Image import os def dicom_to_jpg(dicom_file, jpg_file): # 读取DICOM文件 reader = sitk.ImageFileReader() reader.SetFileName(dicom_file) image = reader.Execute() # 获取像素数据作为numpy array img_array = sitk.GetArrayFromImage(image) # 如果有多个切片，则只取第一个切片 if len(img_array.shape) > 2: img_array = img_array[0] # 归一化到8位灰度图范围(0-255)，以便能正确显示颜色 min_intensity = img_array.min() max_intensity = img_array.max() normalized_img_array = ((img_array - min_intensity) / (max_intensity - min_intensity) * 255).astype(np.uint8) # 创建PIL图像对象并保存为JPEG格式 pil_image = Image.fromarray(normalized_img_array) # 确定输出目录存在 output_dir = os.path.dirname(jpg_file) if not os.path.exists(output_dir): os.makedirs(output_dir) pil_image.save(jpg_file, format='JPEG') if __name__ == "__main__": input_dicom = "path/to/input.dcm" output_jpeg = "path/to/output.jpg" dicom_to_jpg(input_dicom, output_jpeg) ``` 这段脚本定义了一个名为 `dicom_to_jpg()` 函数，该函数接收两个参数：一个是输入的 DICOM 文件路径；另一个是要生成的目标 JPEG 文件名。此过程中会先通过 SimpleITK 加载 DICOM 数据，并对其进行适当预处理（比如调整大小、归一化强度值），最后再转存为标准的 JPEG 文件格式[^3]。