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RSS订阅原创 深度学习项目实操——区分癌症与正常样本
本文介绍了一个基于深度学习的癌症样本分类项目。主要内容包括： 数据准备：从TCGA/GEO获取表达矩阵和样本标签，进行数据预处理和标准化。 模型构建：使用MLP神经网络，包含两层隐藏层和Sigmoid输出层，采用BCELoss损失函数和Adam优化器。 训练流程：将数据转换为Tensor并使用DataLoader分批处理，设置训练集和验证集。 该项目适用于区分癌症与正常样本，通过构建深度学习模型实现二分类任务。文中还介绍了常见损失函数的选择建议，如MSELoss用于回归、BCELoss用于二分类等。该框架可
2025-11-09 21:36:54
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原创 GEO数据库快速处理脚本及软件
博主最近在做机器学习相关，需要用到大量的数据，这就需要在GEO上频繁下载数据库（被折磨得神志不清），所以就简单做了一个快速整理geo数据库的R脚本，分享给大家。核心思路很简单，就是新建一个文件夹放入准备内容，文件夹的名称为该芯片的名称，准备的内容为：R脚本、GPL.txt，里面包含的是所有拥有在线注释的GPL平台名称、在GEO中下载的压缩包、以及新建一个空白文件夹，文件夹的名称为该芯片的GPL平台。
2025-08-20 14:58:06
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原创 分子动力学模拟——dito命令缺失的解决方案
在租借的服务中，在使用gromacs模块的时候，服务器提供的gromacs-2022.5并没有dito命令，而dito命令为gromacs自带命令（本人自装电脑wsl子系统中的gromacs中有dito命令）。
2025-05-13 18:33:58
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原创 批量火山图及其绘图
用于手动设置颜色映射，values 参数指定了不同 Significance 级别的颜色，这里为上调基因（"Up (Tumor)"）设置为红色，下调基因（"Down (Tumor)"）设置为蓝色，非显著基因（"Not significant"）设置为灰色。包中的核心函数，用于创建一个新的图形对象，简洁的来说就是构建绘图的框架，deg_results对应输入数据，aes（）定义坐标轴，color定义颜色。如果遇到很难处理的数据，可以先让ai写出一个小代码，将数据转化为输入数据的格式，再运行代码。
2025-05-11 21:38:38
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空空如也
空空如也
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