GEO数据库快速处理脚本及软件

        博主最近在做机器学习相关，需要用到大量的数据，这就需要在GEO上频繁下载数据库（被折磨得神志不清），所以就简单做了一个快速整理geo数据库的R脚本，分享给大家。

        核心思路很简单，就是利用GEOquery包中的在线下载注释的功能，随后将所有的变量名称通过文件夹名称和txt名称来进行替换，进而解放双手。

1、前置准备

        新建一个文件夹放入准备内容，文件夹的名称为该芯片的名称，准备的内容为：R脚本、GPL.txt，里面包含的是所有拥有在线注释的GPL平台名称、在GEO中下载的压缩包、以及新建一个空白文件夹，文件夹的名称为该芯片的GPL平台。

2、代码部分

2.1、包的载入

# GEO数据整理
library(GEOquery)
library(dplyr)
library(ggplot2) ##3.5.0
library(ggpubr) ##0.6.0
library(reshape2) ##1.4.4
library(here)
library(fs)


current_path <- getwd()
setwd(current_path)

current_folder <- basename(getwd())
dataname <- current_folder

subdirs <- dir_ls(type = "directory")
platfrom <- path_file(subdirs)

        这里的getwd