分子动力学模拟——MMPBSA使用

        接shan老师@shanshandeisu的分子动力学模拟文章最后的mmpbsa部分：网络药理学之薛定谔Schrödinge Maestro：8、分子对接和分子动力学模拟速通版总结（前置处理、后续分析和可视化）_薛定谔如何显示对接结果-优快云博客

        使用wsl子系统的玩家可以从头开始看，组内同学可以直接跳到运行MMPBSA部分

MMPBSA脚本获取       

        mmpbsa用的是李继存老师的脚本，网址：https://github.com/Jerkwin/gmxtools/tree/master/gmx_mmpbsa
        除了需要MMPBSA脚本外，还需要安装gromcas（相信大家都有）以及安装apbs，可以通过一下命令安装：sudo apt install apbs。组内的同学已经在服务器中配备好了环境，不过感兴趣可以看一下。
        gmx_mmpbsa.bsh部分参数解读，原代码如下：

trj=