非因解读 | 学术爆款“DSP空间转录组技术”，克服传统方法限制快速发文

最新推荐文章于 2024-05-08 10:06:12 发布

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#知识图谱 #数据仓库 #健康医疗

研究人员利用DSP技术分析UC患者和健康对照者的结肠镜活检样本，发现EC细胞在UC中表现出从化学感应到分泌和抗原呈递的功能转变，为理解UC病理及寻找治疗靶点提供了新视角。

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溃疡性结肠炎(UC)是炎症性肠病的主要形式。目前，UC的发病率全球范围内正在不断增加。虽然许多因素已被报道与UC相关，但对UC的病理认识仍然不足。肠嗜铬细胞(enterochromaffin, EC)作为肠内分泌系统的主要组成部分，在溃疡性结肠炎中起着关键作用，然而EC细胞的稀缺和分散分布严重限制了现有方法对其功能的研究。

为了深入研究EC细胞在UC中的确切作用，2022年4月山东大学高等医学研究院李石洋课题组联合山东大学齐鲁医院消化内科实验室，在《Frontiers in Cell and Developmental Biology》（IF=6.617）杂志上发表题为“Digital Spatial Profiling Reveals Functional Shift of Enterochromaffin Cell in Patients With Ulcerative Colitis”的研究性论文（图1）。本文应用数字空间分析技术（DSP）从8例UC患者和7例健康对照者的结肠镜活检样本中获取转录组数据，对UC患者和健康个体的EC细胞进行转录组模式分析，阐明了人类结肠中EC细胞的转录特征，为EC细胞在健康和UC条件下的生物学行为提供了新的认识。

图1

研究亮点

研究团队仅应用DSP数字空间全转录组（WTA，Whole Transcriptome Atlas）技术，在2个TMAs芯片上选取15个ROI（8例UC患者和7例健康对照者），通过差异表达分析、基因集富集分析和加权基因共表达网络分析，识别差异表达基因、通路和共表达网络，清楚地表明EC细胞在UC中的独特表达模式，加深了对EC细胞行为的理解，同时为UC治疗提供了新的靶点。

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