wayenkdd的博客

原创 《Nature Medicine》：利用AI从组织病理学中生成虚拟空间蛋白组数据

空间多模态的人工智能时代已经到来！

原创 Cancer Cell｜空间组学揭示神经胶质瘤治疗困境的潜在机制

空间多组学绘制胶质瘤全景图谱，破解治疗抵抗机制

原创 Cell｜人类骨髓空间单细胞图谱揭示造血干细胞栖息脂肪周围

其中，稀有的非造血细胞对造血过程的调控至关重要，它们构成了所谓的“造血微环境”（niche）。最后研究者将健康的PCF空间单细胞图谱作为参考，通过计算映射方法，自动注释了3个诊断期（Dx）和2个治疗后（PostTx）的急性髓系急性髓系白血病（AML）患者活检样本，以及3个作为对照的阴性淋巴瘤分期骨髓（NSM）样本。除了完整的三系造血细胞（髓系、淋系、巨核/红系）和HSPC亚群，该研究鉴定出3大类非造血细胞：血管平滑肌细胞（VSMCs）、内皮细胞（ECs）和间充质细胞（MSCs和成骨细胞）。

原创 Eur Respir J（IF: 21）｜空间组学解析COVID-19肺组织的免疫微环境及细胞外基质特征

因为肺部巨噬细胞在胶原沉积中起到重要作用，研究发现了COVID-19肺内出现明显的纤维化，晚期病例肺泡壁增厚，胶原沉积显著。空间解析病毒感染和非感染上皮细胞的邻近细胞类型，结果发现了HLA-DR+ 巨噬细胞显著富集在病毒感染的上皮细胞附近，而CD4+和CD8+ T细胞在组织原位上逐渐远离病毒感染的上皮细胞。为了解释这种空间互作关系，研究者利用空间转录组分析了病毒RNA表达高和低的肺泡区域，结果发现了病毒RNA表达高的区域高表达很多趋化因子。空间转录组发现了病毒RNA主要富集于肺泡区，血管区极少。

原创 J Clin Invest｜空间单细胞蛋白组原位解析狼疮性肾炎的炎症机制

这项研究通过PCF空间单细胞蛋白组将狼疮肾炎分为不同免疫机制亚型。

原创 Cell｜PCF空间单细胞蛋白组协助中山医院樊嘉院士团队在肿瘤神经免疫领域获重大突破！

近日，复旦大学附属中山医院樊嘉院士、季彤教授、周俭教授、孙云帆教授及上海交通大学医学院附属第九人民医院张陈平教授合作在《Cell》上发表了题为“Cancer cells co-opt an inter-organ neuroimmune circuit to escape immune surveillance”的研究论文。该研究对临床样本开展了多种组学的分析，包括Phencycler-Fusion（PCF）空间单细胞蛋白组（CODEX）、转录组、单细胞转录组测序、空间转录组，以及血浆蛋白组和质谱流式（Cy

原创 狼疮性肾炎的PCF空间单细胞蛋白组（CODEX）研究

在这篇文章中，作者使用PhenoCycler-Fusion空间单细胞蛋白组（原CODEX）和空间转录组等技术系统捕捉了LuN患者肾脏免疫细胞的原位频率及空间分布异质性，并将其与肾移植排斥反应（RAR）进行对比。结果发现，LuN与RAR的异质性可通过量化有限数量的共有及独特免疫细胞状态来描述。此外，研究还发现每个免疫状态都沿着部分互斥的发育轨迹形成，这些轨迹的构成要素与肾炎炎症及损伤的特定特征密切相关。

原创 肺组织如何适应环境暴露应对病原菌入侵

以上实验结果表明β-葡聚糖通过CCR2依赖的机制，促使骨髓来源的Ly6c+单核细胞迁移至肺泡，并分化为ApoE⁺CD11b⁺ AMs。众所周知，肺部暴露于外界各种免疫刺激中，驻留在肺泡间隙的免疫细胞是人体呼吸的第一道防线，单核吞噬细胞大量表达的Dectin-1能够识别β-葡聚糖（环境致病性和非致病性真菌的重要组成部分），再通过先天免疫记忆对全身免疫反应进行调节，对有效诱导细菌清除至关重要，然而目前β-葡聚糖在肺部的特异性机制，以及肺部如何适应这些环境所致免疫刺激的具体细胞和分子机制的研究尚不深入。

原创 肿瘤相关巨噬细胞到底怎么分化而来的

PCF分析显示，TAM2s更靠近肿瘤的坏死核心，而TAM3s则分布在离肿瘤核心更远的地方，这与空间转录组分析结果一致。这些结果均说明过渡期单核细胞亚群（IntTAMs）的存在，并最终分化产生两种稳定的TAM亚群，在细胞表型、空间分布、功能和基因表达等展现出显著异质性。TAM2亚群类似缺氧巨噬细胞；Visium空间转录组技术分析了已发表的PDAC肿瘤切片数据，空间转录组结果共识别出七个肿瘤微环境空间簇，并对IntTAMs、TAM2s和TAM3s的特征进行投影，观察到TAM2s与TAM3s之间存在互斥关系。

原创 从新冠肺炎肺组织的空间组学数据中发现新的生物标志物

该文章以空间单细胞蛋白组（PhenoCylcer-Fusion，PCF）技术为基础、结合GeoMx DSP空间转录组学，BulkR NA测序等多组学方法，系统性地解析了COVID-19呼吸道感染的免疫病理特征，并揭示了COVID-19感染肺组织中，其微环境之间的相互作用以及细胞外基质的致病作用。

原创 Nature Genetics｜空间蛋白组联合空间转录组发现非小细胞肺癌免疫治疗响应的预测标志物

近期，一项发表在《Nature Genetics》的研究通过整合PhenoCycler-Fusion（PCF）空间单细胞蛋白组和DSP空间转录组数据，开发了一个稳健的机器学习框架，构建了能够预测NSCLC患者对一线免疫治疗（主要是PD-1抑制剂）反应的生物标志物。

原创 肿瘤相关巨噬细胞到底怎么分化而来的

研究结合了小鼠PDAC模型、单细胞测序、高维流式细胞术以空间转录组和PhenoCycler-Fusion （PCF）空间单细胞蛋白组技术（CODEX），系统解析了单核细胞向TAMs的转化过程，发现单核细胞首先分化为一个短暂存在的中间态TAMs群体，随后形成两个寿命更长的终末分化TAMs谱系，这两个谱系具有独特的基因表达特征、表型及瘤内定位。这些发现将为设计针对PDAC患者中TAMs的新型治疗策略提供重要依据。

原创 肺组织如何适应环境暴露应对病原菌入侵

以上实验结果表明β-葡聚糖通过CCR2依赖的机制，促使骨髓来源的Ly6c+单核细胞迁移至肺泡，并分化为ApoE⁺CD11b⁺ AMs。众所周知，肺部暴露于外界各种免疫刺激中，驻留在肺泡间隙的免疫细胞是人体呼吸的第一道防线，单核吞噬细胞大量表达的Dectin-1能够识别β-葡聚糖（环境致病性和非致病性真菌的重要组成部分），再通过先天免疫记忆对全身免疫反应进行调节，对有效诱导细菌清除至关重要，然而目前β-葡聚糖在肺部的特异性机制，以及肺部如何适应这些环境所致免疫刺激的具体细胞和分子机制的研究尚不深入。

原创 Cancer Cell最新空间组学研究｜香港科技大学王吉光/天坛医院江涛院士团队合作提出IDH突变型星形细胞瘤的新分类标准

该研究通过创新性的整合多组学数据，包括Bulk多组学、scRNA-seq、病理、Visium HD空间转录组和Phenocycler-Fusion(PCF)空间单细胞蛋白组（CODEX），不仅重新定义了IDH突变型星形细胞瘤的分类标准，更为临床提供了可操作的诊断工具。

原创 经常忽略的NK细胞竟然也有很重要的抗肿瘤作用

该研究通过构建肿瘤模型，利用PCF空间单细胞蛋白组、单细胞转录组等多组学数据分析，揭示了IFN-γ-IL-12通路的靶向治疗依赖于具有组织滞留性的NK细胞群调控抗肿瘤微环境的能力。

原创 STTT（IF:52.7）｜中国医学科学院肿瘤医院周光飚团队深入解析小细胞肺癌的分子特征和治疗靶点

该研究通过对314例SCLC患者样本进行多组学分析，包括单细胞RNA测序(scRNA-seq)、bulk RNA测序、全外显子测序(WES)、16S rRNA基因测序、PhenoCycler-Fusion(PCF)空间单细胞蛋白组等，系统性地描绘了SCLC的分子特征，并发现了FAK剪接变体这一潜在治疗靶点。（华盈生物为该研究提供了PCF空间单细胞蛋白组检测服务）

原创 巨噬细胞亚型研究又登上Science：上海交通大学研究团队发现隔膜LYVE1+巨噬细胞调控脂肪干细胞的分化潜能丨华盈解析

该研究通过在小鼠和临床样本中进行mIHC和PCF空间单细胞蛋白组（CODEX）等空间组、单细胞测序、bulk转录组和功能分析，深入探讨了脂肪组织中特定巨噬细胞亚群对脂肪干细胞命运调控的机制。研究发现位于脂肪组织隔膜区的LYVE1+CD209b+巨噬细胞(sATMs)通过TGFβ1信号通路调控邻近CD26+脂肪干细胞的成脂分化，从而影响脂肪组织的可塑性和能量平衡。

原创 Nat Commun｜“铃铛病”的空间多组学揭示基质细胞在疾病发生中的核心地位丨华盈解析

《Nature Communications》期刊发表的一项研究通过Phenocycler-Fusion（PCF）空间单细胞蛋白组（CODEX）、snRNA-seq和Xenium空间转录组技术，系统解析了Castleman病的细胞和分子基础，揭示了不同CD亚型中独特的基质细胞激活模式及其与免疫细胞的相互作用网络。

原创 Cell｜空间组学发现肿瘤相关巨噬细胞在肝细胞癌侵袭边缘触发MAIT细胞功能失调丨华盈解析

《Cell》期刊上发表的一项题为"Tumor-associated macrophages trigger MAIT cell dysfunction at the HCC invasive margin"的论文，利用Phenocycler-Fusion(PCF)空间单细胞蛋白组（CODEX）深入研究了肝细胞癌（HCC）中MAIT细胞功能失调的细胞互作机制，发现了肿瘤相关巨噬细胞（TAM）通过PD-L1/PD-1相互作用对MAIT细胞的重要调控作用。

原创 Nature Genetics｜单细胞多组学联合空间单细胞蛋白组揭示高危神经母细胞瘤化疗耐药新机制丨华盈解析

PCF空间单细胞蛋白组鉴定了多种肿瘤细胞状态，例如ISL1+的ADRN-like-1、,PPP2R2C+的ADRN-like-2和PHOX2B-的ADRN-like-3。进一步，研究者发现了ERBB4高表达在ADRN-like-2肿瘤细胞亚群中，并且其配体HB-EGF在ADRN-like-2肿瘤细胞亚群邻近范围的表达强度相比其他配体的表达更高，并且化疗后HB-EGF的表达强度会显著增加，一致于单细胞测序的细胞通讯分析结果。尤其是空间组学研究较少，肿瘤-免疫细胞的空间定位与信号传递机制尚未解析。

原创 Nat Immunol｜空间组学解析肝癌免疫治疗响应的新型三级淋巴结构形态

但是T细胞区的空间结构保留，呈现持续抗原呈递，包括成熟DC细、Treg、增值T细胞和效应T细胞之间的互作关系。但是T细胞区却持续存在，富含成熟树突细胞（DC-LAMP+CCR7+HLA-DRhi），CD4+Tph细胞（CXCR5⁻CXCR3⁺）与CD8+T细胞紧密接触，记忆T细胞标志（CD45RO+CD25+）高表达。研究者也进行了显微切割后的免疫组库测序，发现了B细胞在退化TLS中经历了更大的抗原驱动的阳性选择，而克隆扩增的CD8+T细胞以效应记忆表型（GZMK⁺/GZMB⁺）为主可能介导长期免疫监视。

原创 Cancer Cell｜张泽民院士团队整合单细胞+空间多组学揭示胰腺癌神经侵袭的空间机制

比较低NI（n=8）和高NI（n=17）组之间的细胞类型组成差异，结果发现了恶性细胞亚群Ductal-APOA2（神经内分泌样）富集于低NI组，特征为脂代谢通路激活。③Ductal-CEACAM5亚群（经典型），腺管状形态，中度侵袭性。在免疫细胞组成差异上，低NI组富集很多三级淋巴结构（TLS）相关的细胞亚型，而高NI组富集很多免疫抑制性的细胞亚型，例如Treg、NLRP3+巨噬细胞亚型等。研究解析了神经束内的细胞组成，发现了神经束内存在不同的成纤维细胞亚型、髓系细胞亚型和Schwann Cell亚型。

原创 Cell｜PCF空间单细胞蛋白组填补空间转录组分辨率的局限性，实现胶质瘤空间真单细胞精度！

传统病理学已经描绘了胶质母细胞瘤（GBM）的空间异质性，尤其是假栅栏结构对应的坏死灶/缺氧区被认为是局部组织的关键调控者，但其长程的空间调控机制未知，缺氧如何协调不同细胞类型的空间分布规律。这些问题一直悬而未决。恶性细胞类型的定义上，Visium的spot代表的类型和PCF定义的单细胞类型基本相符，包括神经发育状态（NPC-like、OPC-like、AC-like）、间充质状态（MES-like、MES-Hyp）和增殖代谢（Prolif-Metab）、染色质调控（Chromatin-Reg）等状态。

原创 Cell｜全球首例 海军军医大学上海长征医院徐沪济团队应用新型CAR-NK细胞疗法治疗难治性系统性硬化症患者

尤其是针对B细胞亚群分析，研究者发现了记忆性B细胞显著减少，而初始B细胞在灌输后得到了显著增加。BCR测序揭示了增加的B细胞是新克隆产生。虽然B细胞靶向的CAR-T疗法近来在难治性硬皮病患者中展现了非常好的效果，但是自体CAR-T细胞治疗需要个体化制备费用昂贵，异体CAR-T细胞来源受限，加之CAR-T细胞治疗可能引起诸如细胞因子释放综合征等不良事件。临床评分也得到了显著改善，皮肤厚度评分mRSS下降、EUSTAR-AI从3.68降低至第6个月的1.33、ACR-CRISS持续上升，在第3个月改善50%。

原创 Science子刊：空间单细胞蛋白组驱动的多模态研究揭示肺癌免疫治疗响应相关的肿瘤微环境特征

DC细胞作为抗原呈递细胞可以激活Tc细胞，为了解释Tc细胞和DC细胞间互作的原因以及互作导致的微环境的分子变化，研究者基于Tc和DC间的距离长短，分为了短距离互作组（<80μm）和长距离组（>80μm），然后分析了配对的转录组数据。由于Tc细胞与临床结局的高度关联性，研究者通过细胞互作和细胞距离分析，重点关注了Tc细胞与其他细胞间的互作关系。结果发现了免疫治疗响应患者中Tc细胞和肿瘤细胞间的互作更强，Tc细胞和DC细胞间的距离更近，CD63-巨噬细胞和Tc细胞的互作频率更高。华盈生物空间多模态研究体系。

原创 Cancer Discovery (IF:30.6)｜空间单细胞蛋白组联合空间转录组系统描绘卵巢癌演进过程中肿瘤微环境的动态重塑

T细胞功能耗竭，包括细胞毒性标志（PRF1, GZMB）表达下调、耗竭标志（LAG3, CTLA4）增加。+ GeoMx DSP空间转录组），首次系统描绘了输卵管（FT）前驱病变（p53特征、STIC）向HGSOC演进过程中免疫微环境的动态重塑，揭示了免疫监视与免疫抑制的竞争关系是癌症进展的关键驱动因素。分泌细胞获得致癌突变（持续存在于所有后续阶段），输卵管伞端上皮出现DNA修复压力，早期免疫被激活，包括MHC-I（HLA-A/E）增加、IFNα/γ通路增加、 招募cDC1/NK/TRM细胞等。

原创 Cancer Cell｜空间单细胞蛋白组发现肺腺癌前驱病变免疫逃逸关键靶点TIM-3

首先是上皮/肿瘤细胞的分析，除了同源性互作很强之外，上皮/肿瘤细胞和成纤维细胞间的互作最强，并且在后期病变中互作增加，说明了增加的基质支持肿瘤增长。Treg和上皮/肿瘤细胞间的空间关系从正常肺组织中的“避让”发展到肺腺癌中的互作，说明了后期病变中的免疫抑制微环境。该研究通过空间多组学揭示了LUAD前驱病变免疫微环境的动态演化规律，确立了TIM-3在癌前免疫逃逸中的核心地位，并证实其作为早期拦截靶点的治疗潜力，同时多个抗TIM-3药物已进入临床，安全性支持快速转化，为肺癌预防提供了新思路。

原创 Sci Immunol（IF:17.8）｜空间组学联合单细胞测序破解白血病治疗不同响应的骨髓微环境差异

整合scRNA-seq和PCF空间单细胞蛋白组，揭示了AML患者对供体淋巴细胞输注（DLI）治疗的应答机制，发现应答者的骨髓微环境中存在由ZNF683高表达的CD8+ T细胞主导的协同免疫网络。

原创 空间多组学破译生命密码：干细胞定制食管黏膜迈入临床时代

食管发育依赖上皮与基质细胞的协同作用，但基质细胞（如成纤维细胞亚群、周细胞）的异质性及其分泌的信号分子（如BMP、TGFβ）如何调控基底细胞命运尚不明确。缺乏人类发育的时空图谱阻碍了体外系统的理性设计。本研究通过整合空间多组学和深度学习模型（Manatee），首次绘制了人类食管发育的细胞动态图谱，并筛选出关键信号组合（EGF激活+BMP/TGFβ激活+WNT抑制），解决了体外分化效率低的核心问题。、空间转录组和机器学习，揭示了人类食管发育的细胞动态，并优化了hPSC分化为食管基底细胞（BC）的方案。

原创 空间解码：首个人类胸腺发育图谱揭秘性别驱动的免疫起源

​在细胞组成上，男性​中单阳性T细胞（SPs）、活化髓质上皮细胞（mTECs）、血管平滑肌细胞（VSMCs）更多。在分子通路差异​上，女性​的能量代谢、抗原呈递、干扰素信号上调（如HLA-DR、CXCL12），而男性​的炎症信号（TNF、IL-1）、氨基酸代谢、GPCR通路更活跃，可能与更高的炎症反应相关。​在皮质髓质交界（CMJ）​​区域，JAG1​由内皮细胞和血管周细胞表达，促进ETPs向CD14⁻ DC1分化，抑制T系定向。，CITE-seq​和ATAC-seq​多组学技术。

原创 Gut（IF: 23.1）｜深度多组学破局肝癌免疫联合治疗耐药的空间微环境图谱

高纬度的空间分析揭示了9种细胞邻域（CN）。无应答者中，Tregs高表达免疫抑制分子（ICOS、PD-1），富集于免疫细胞密集区域（如CN2和CN9），并与CD8+ T细胞近距离共存。近年来，免疫检查点抑制剂（ICI）联合治疗（如抗CTLA-4的tremelimumab和抗PD-L1的durvalumab）已成为晚期HCC的一线治疗方案，但仅部分患者获益。在治疗后疾病进展组中CD8+ T细胞和Treg间的距离显著缩短，与临床结果相一致，说明了Treg和CD8+ T的空间互作是联合免疫治疗无响应的关键因素。

原创 肿瘤“帮凶”自供自销！Nature子刊破解基底细胞癌髓系微环境生存密码

尽管免疫检查点阻断（ICB）疗法在部分患者中有效，但响应率有限（约30%），亟需探索肿瘤微环境（TME）的异质性机制。这项发表在《Nature Communication》上的研究通过PCF空间单细胞蛋白组（CODEX）、单细胞转录组（scRNA-seq）、质谱流式（CyTOF）等多组学技术揭示了BCC中促肿瘤的Trem2+巨噬细胞（SCAMs）的作用，为联合治疗提供了新靶点。​空间微环境的动态调控：LT区域的SCAMs与LY6D-肿瘤细胞的空间邻近性提示局部信号互作的重要性，为靶向治疗提供空间定位依据。

原创 空间组学高级分析方法介绍

SPIAT（组织空间图像分析）是一个包含数据处理、质控、可视化、空间分析的数据分析工具。Seurat主要针对PCF细胞分割完成之后的结果，常见为csv格式的文件，主要包含细胞标识（cellid）、蛋白marker在对应细胞中的信号值、每个细胞的空间坐标（X/Y坐标）信息等。IMCDataAnalysis软件支持从steinbock框架处理或者Ilastik分割产生的结果，或者直接读取包含细胞标识（cellid）、蛋白marker在对应细胞中的信号值、每个细胞的空间坐标（X/Y坐标）信息等的表达矩阵信息。

原创 Gut｜小样本深度多组学破局：肝癌联合免疫治疗耐药的空间免疫图谱

近年来，免疫检查点抑制剂（ICI）联合治疗（如抗CTLA-4的tremelimumab和抗PD-L1的durvalumab）已成为晚期HCC的一线治疗方案，但仅部分患者获益。特征集富集分析：整合860个临床和组学特征，发现应答者富集炎症相关特征（如单核细胞、PD1+CD8+ T细胞），非应答者富集免疫抑制特征（如Treg相关标志物）。：应答者肿瘤中干扰素（IFN-γ/α）通路显著激活，且抗原提呈相关基因（如HLA-DR）表达上调，提示更强的抗肿瘤免疫启动。​细胞因子/趋化因子多重检测：评估系统性炎症反应。

原创 Cancer Discov (IF:30.6)｜中山一院于君/匡铭合作解析瘤内微生物的异质性和促肿瘤机制

16种抗体检测诠释了不同的免疫和基质细胞类型，包括B cells、CD4+ T cells、CD8+ T cells、dendritic cells、myeloid-derived suppressor cells (MDSCs)、Treg、tumor-associated macrophages(TAMs)、fibroblasts、endothelial cells。近年来研究发现，肿瘤内微生物可通过诱导突变、激活致癌通路等方式影响肿瘤进展，但多灶性HCC的微生物异质性及其与宿主基因的关联尚未被研究。

原创 Nature｜空间多组学联合单细胞测序解析肺组织抗纤维化分子网络

研究人员使用PCF空间单细胞蛋白组分析了6例IPF和3例正常肺样本，成功鉴定出肺组织中多种细胞类型，包含 ATI、ATII、内皮细胞、髓细胞、平滑肌细胞、T细胞、以及3 种成纤维细胞亚群（CSMD1+、CD248+、PDGFRα+）。为了探究成纤维细胞在肺纤维化过程中的角色，研究人员运用单细胞测序技术分析了肺纤维化（损伤后14天）和纤维化修复（损伤后35天）阶段的变化。：富含ECM分泌型成纤维细胞，与ATII肺泡细胞互作，高表达促纤维化因子（如SERPINE2、Fn1）。

原创 AACR-2025-Phenocycler-Fusion空间蛋白组应用案例合集

原创 Nat Cell Biol｜单细胞联合空间解析全面揭示B细胞淋巴瘤T细胞浸润图谱

淋巴瘤T细胞图谱解密：耗竭克隆与空间互作驱动预后分层

原创 从微环境到全景图谱：PCF空间单细胞蛋白组学登顶CNS的实证案例赏析

◆ 空间单细胞分辨率的蛋白检测与定位，可精准识别细胞间的物理接触或邻近关系，以及定量分析细胞互作频率，将生物学研究从“细胞群体均值分析”推进到“单细胞空间互作网络解析”的新维度。◆ 最多同时检测100+蛋白标记物，可在单细胞水平全面解析细胞表型异质性、功能状态及信号通路活性，显著提升对复杂生物学系统的解析深度。◆ 该技术正在成为肿瘤学、免疫学、神经科学等领域的“游戏规则改变者”，推动生命科学研究进入“空间单细胞组学”的新时代。◆ 异质性定量：在全切片范围内统计细胞亚群分布，揭示区域特异的异质性特征。

原创 DeepSeek锐评｜Nature Methods发布的两次年度空间组学技术有哪些差别

蛋白质是细胞功能的直接执行者，基于蛋白质的细胞分型更直接反映功能状态（如激活/抑制的免疫细胞、代谢活跃的肿瘤细胞）。细胞类型分类（如免疫分型）广泛依赖蛋白质标记（如CD3、CD20、PD-1），这些标记在流式、质谱和临床病理中已标准化。高亲和力抗体可检测低拷贝数蛋白（如信号分子、膜受体），例如区分T细胞耗竭状态（PD-1蛋白水平）、肿瘤干细胞标记（CD44蛋白）。空间蛋白组技术（如CODEX和IMC）与空间转录组技术（如Visium HD、Xenium、CosMx）在定义细胞类型时各有侧重，其中。