【CellCall】将细胞间L-R通讯与细胞内TF信号转导相结合

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已于 2022-04-14 11:48:38 修改 · 1.3k 阅读

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于 2022-04-14 11:48:06 首次发布

CellCall是一个独特的工具，它整合了细胞间ligand-receptor通讯与细胞内transcriptional factor（TF）表达，创建L-R-TF轴。该工具有通路活性分析功能，可分析细胞间的通讯对受体细胞通路的影响。使用步骤包括安装、细胞间通讯分析、计算通讯得分、通路活性分析以及各种可视化选项，如热图、圈图、桑基图和富集图。CellCall提供了一种全面理解scRNA-seq数据中细胞通讯和信号转导的方法。

CellCall功能特点：

1，将细胞间ligand-receptor通讯与细胞内transcriptional factor表达相结合，形成一个L-R-TF轴。

2，包含通路活性分析，可以分析某两种细胞之间通讯导致的受体细胞通路变化。

1-安装

library(devtools)
devtools::install_github("ShellyCoder/cellcall")

2-细胞间通讯分析

2.1-载入数据

数据格式为：行为gene symbol，列为index_celltype的表达矩阵。注意，列名不能用逗号句号横线，只能用“_”来连接两个部分。下划线之前为细胞编号，之后部分为细胞类型（注释所得）。在CreateNichConObject()函数中的names.field=2 and names.delim="_"即意为以下划线分割，分割后的第几部分为细胞类型。表达量可以是raw count也可以是TPM。

###示例数据

f.tmp <- system.file("extdata", "example_Data.Rdata", package="cellcall")
load(f.tmp)

## gene expression stored in the variable in.content
dim(in.content)
in.content[1:4, 1:4]
table(str_split(colnames(in.content), "_", simplify = T)[,2])

2.2-创建对象

 mt <- CreateNichConObject(data=in.content, min.feature = 3,
                            names.field = 2,
                            names.delim = "_",
                            source = "TPM",
                            scale.factor = 10^6,
                            Org = "Homo sapiens",
                            project = "Microenvironment")

参数解释：