ggplot2绘图实例第一回——生物信息学物种丰度的堆叠图

使用ggplot2绘制生物信息学物种丰度堆叠图教程

最新推荐文章于 2025-04-14 14:41:08 发布

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#R #生信

这篇博客介绍了如何使用R语言的ggplot2库来绘制生物信息学中的物种丰度堆叠图。首先，通过正则表达式提取数据并进行数据整合，接着进行数据框的转化和合并。然后，详细讲解了ggplot2的geom_bar函数和其他参数设置，如facet_grid、theme和scale_fill_discrete等。最后，提到了grid和egg包在排版中的应用。

原图片链接：https://media.springernature.com/full/springer-static/image/art%3A10.1038%2Fs41467-019-11682-z/MediaObjects/41467_2019_11682_Fig1_HTML.png?as=webp

R语言绘制结果

数据链接：

data_1:https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41467-019-11682-z/MediaObjects/41467_2019_11682_MOESM4_ESM.xlsx

data_5:https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41467-019-11682-z/MediaObjects/41467_2019_11682_MOESM8_ESM.xlsx

1. 数据读取和数据整合：

library(tidyverse)
library(readxl)
data <- read_xlsx("data_1.xlsx",col_names = TRUE,range = "B3:Z1151")
data_extracted<-extract(data,`Taxonomic classification`, into=c('Domain', 'Phylum', 'Genus'),'k__([A-z]*);p__(.*);c__.*g__(.*);', convert=TRUE)
data_extracted[which(data_extracted$Phylum == "",arr.ind = TRUE),]$Phylum="Unknown"
data_extracted[which(data_extracted$Genus == "",arr.ind = TRUE),]$Genus="Unknown"
data_sum<-data_extracted %>% gather(wipe,abundant,-Domain,-Phylum,-Genus)

data的数据结构：

>str(data)&nb