[笔记]python对FASTA文件的处理

生信Python实践
最新推荐文章于 2025-10-17 10:55:57 发布
原创 最新推荐文章于 2025-10-17 10:55:57 发布 · 2.8w 阅读 · 148 ·
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#py #生信

这学期选了生信的选修课—perl/python在生物信息学中的应用
把结课作业的代码整理出来主要是python对FASTA文件的读取和数据处理

FASTA文件数据处理

FASTA文件读取：
只含一个基因序列<
最低0.47元/天 解锁文章
python处理fasta文件_Python脚本：fasta文件单序列信息提取
weixin_39810901的博客
12-14 2168
使用Python对fasta格式的序列进行基本信息统计预期设计输出文件中包括fasta文件名，序列长度，GC含量以及ATCG各自的含量。Python脚本编辑使用的文件test.fastastat.py输入 sys模块#!/usr/bin/env pythonimport sys从命令行获得文件名称file_fasta = sys.argv[1]#获得文件名file_name = file_fast...
《生物信息学》FASTA文件处理——Python
weixin_44036955的博客
09-09 2445
最近帮朋友做有关生物学的编程题，由于第一次接触有关FASTA文件的有关操作，用了不少时间才实现了如下功能：
分割fasta文件的python脚本
08-21
文件脚本可将大的fasta文件中的序列，按照个数均分，分割成多个fasta文件，便于对各个小文件中的序列进行后续操作
零基础也能学会！2024最全Python入门教程（图文详解）
最新发布
qq_48379015的博客
10-17 4516
本文是一篇Python编程入门指南，主要包含三部分内容：1）软件安装（Python解释器和PyCharm编辑器的安装配置）；2）新建Python项目文件的基本操作；3）Python基础语法详解，涵盖print/input指令、变量、数据类型、运算、流程控制、数据结构、循环等核心概念。文章采用分章节结构，逐步引导读者从环境搭建到基础编程实践，适合Python初学者系统学习。
python处理fasta文件_使用生成器解析fasta文件(python)
weixin_39615956的博客
12-14 373
这种格式的pyparsing解析器只有几行。请参阅以下代码中的注释：data = """>1 (PB2)AATATATTCAATATGGAGAGAATAAAAGAACTAAGAGATCTAATGTCACAGTCTCGCACTCGCGAGATACTCACCAAAACCACTGTGGACCACATGGCCATAATCAAAAAGTACACATCAGGAAGGCAAGAGAAGAACCCTGCAC...
python常见的文本处理-fasta文件格式处理
weixin_43949246的博客
11-13 5701
1、需要将下面的fasta文件进行一个整理，将序列单行输出 方法一 f1 = open('test1.fa','r').readlines()#需要整理的文件 f2 = open('2.fasta','w')#整理之后的文件 for i in f1: if i.startswith('>'): f2.write('\n'+i) else: f2.write(i.strip("\...
5.修改fasta文件成规范文件
weixin_44282754的博客
03-13 547
其中reference.fas是原来的参考库，formatted-reference.fas是规范后的参考库。碱基是小写的，并且还空行了，碱基序列不连续，那怎么变成正常的呢？在服务器里我们创建一个py脚本。然后把下面代码复制进去。
《全基因组测序WGS数据分析——2.FASTA和FASTQ》学习笔记
milkorwine
06-16 3538
在WGS数据的分析过程中，我们会接触到许多生物信息学/基因组学领域所特有的数据文件和它们特殊的格式，在这一节中将要介绍的FASTA和FASTQ便是其中之一二。这是我们存储核苷酸序列信息（就是DNA序列）或者蛋白质序列信息最常使用的两种 文本文件，虽然看起来名字有些古怪，但它们完全是纯文本文件（如同.txt）！名字的发音分别是fast-A和fast-Q。这一篇文章内容虽然比较简单，但还是比较长，我在这里详细介绍了这两类文件的格式特点和一些在分析的时候需要考虑的地方。 FASTA FASTA这个文件的来源为一
生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记：005 GC含量计算
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
12-08 2923
DNA 序列的 GC 含量是指序列中'G'和'C'所占的百分比。一条 DNA 序列很容易表示，但是如果有多条 DNA 序列放在一起，则每条序列必须被标记，...
生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记：010 DNA一致性序列计算
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
12-13 1317
经常碰到需要计算一组 DNA 序列的一致性序列，比如去除测序数据中的 PCR 错误，最简单的方法就是通过计算它们之间的一致性序列。图源：rosalind.info计算一致性序列，通常借助...
python处理fasta文件，ID和序列放在一行
weixin_30266885的博客
12-11 668
#!/usr/bin/python #-*- coding:utf-8 -*- "处理fasta文件，将ID号和序列放在一行" import sys with open(sys.argv[1]) as f: fw=open('out.fasta', 'w') line=f.read() line=line.replace('\n', '').replace...
Python导入fasta格式的数据，并把多行碱基变为一行
04-16
以前导入数据时都是一行行的导入，有时需要根据数据指定特定的分隔符，比如以>开头的fasta数据，在处理过程中顺便把多行的碱基序列变成了一行，自己摸索的写出来的
fasta文件与fastq文件相互转化Python脚本
青笋的博客
03-07 2598
使用的方法也很简单，把这个脚本保存为xx.py，然后运行并添加三个参数，第一个是原始fasta文件名，第二个是输出文件名，第三个参数是数字，表示每条序列的最大长度，超过该长度的序列将会被切分成多条。刚刚这段Python脚本的功能是将fasta格式的序列文件转换为fastq格式的序列文件，并且可以对序列进行分割，使得每条序列的长度不超过指定的最大长度。对比一下可以看出，fa文件主要是两部分，大于号开头的是序列的ID，下一行是序列，相比于fq文件，少了质量信息。
Python制作 .fasta文件的解析器
weixin_55372631的博客
01-17 1397
用Python读取FASTA文件
fasta数据处理
GeekFocus
07-14 916
文档
如何使用Python将fastq文件转化成fasta文件
Snail_helix的博客
05-24 1234
如何使用Python将fastq文件转化成fasta文件
利用Python读取fasta文件并进行一系列操作（二）
yhlhhhhh的博客
06-20 2193
利用Python读取fasta文件并进行一系列操作（二） 概览： 本节目标：通过上一节所输出的txt输出ABO蛋白以及ABO基因的外显子fasta文件 语言： python3.8 模块：biopython ssl 可选：jupyter 整体思路：通过ncbi获取ABO基因外显子位置（爬虫），并读取txt，根据位置信息获取外显子序列，再通过外显子 序列输出mRNA序列以及蛋白序列 前排提示：本教程不管生物，有知识盲区自己补 步骤： 设置ssl，要不debug后总会有bug 从这步开始调用biopyt
python处理序列文件
Bio大恐龙
01-02 1253
基因组学、python处理fasta格式文件、os库
.fasta文件的相关处理
小飞猪的博客
04-08 3031
在生物信息学中，FASTA格式是一种用于记录核酸序列或肽序列的文本格式，其中的核酸或氨基酸均以单个字母编码呈现。该格式同时还允许在序列之前定义名称和编写注释。这一格式最初由FASTA软件包定义，但现今已是生物信息学领域的一项标准。FASTA格式也是是BLAST组织数据的基本格式，无论是数据库还是查询序列，大多数情况都使用FASTA格式。 FASTA简明的格式降低了序列操纵和分析的难度，令序列可被文本处理工具和诸如Python、Ruby和Perl等脚本语言处理。 例如： >ADAM_0007 AAFR
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