[笔记]python对FASTA文件的处理

最新推荐文章于 2025-06-10 11:48:08 发布
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分类专栏： py 生信 文章标签： py 生信
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这学期选了生信的选修课—perl/python在生物信息学中的应用
把结课作业的代码整理出来主要是python对FASTA文件的读取和数据处理

FASTA文件数据处理

FASTA文件读取：
只含一个基因序列<
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python处理fasta文件_使用生成器解析fasta文件(python)
weixin_39615956的博客
12-14 349
这种格式的pyparsing解析器只有几行。请参阅以下代码中的注释：data = """>1 (PB2)AATATATTCAATATGGAGAGAATAAAAGAACTAAGAGATCTAATGTCACAGTCTCGCACTCGCGAGATACTCACCAAAACCACTGTGGACCACATGGCCATAATCAAAAAGTACACATCAGGAAGGCAAGAGAAGAACCCTGCAC...
python处理fasta文件_Python脚本：fasta文件单序列信息提取
weixin_39810901的博客
12-14 2134
使用Python对fasta格式的序列进行基本信息统计预期设计输出文件中包括fasta文件名，序列长度，GC含量以及ATCG各自的含量。Python脚本编辑使用的文件test.fastastat.py输入 sys模块#!/usr/bin/env pythonimport sys从命令行获得文件名称file_fasta = sys.argv[1]#获得文件名file_name = file_fast...
分割fasta文件的python脚本
08-21
文件脚本可将大的fasta文件中的序列，按照个数均分，分割成多个fasta文件，便于对各个小文件中的序列进行后续操作
MongoDB 入门
最新发布
2503_91100205的博客
06-10 907
MongoDB 作为现代应用开发中最流行的非关系型数据库之一，以其灵活的数据模型和强大的扩展能力，在大数据和高并发场景中展现出独特优势。本文将从基础概念出发，逐步深入到安装配置、核心操作和高级管理，为你构建完整的 MongoDB 知识体系。MongoDB 是一个基于文档存储的非关系型数据库（NoSQL），采用类似 JSON 的 BSON（Binary JSON）格式存储数据，打破了传统关系型数据库的表结构限制，提供了极高的数据灵活性。
python常见的文本处理-fasta文件格式处理
weixin_43949246的博客
11-13 5618
1、需要将下面的fasta文件进行一个整理，将序列单行输出 方法一 f1 = open('test1.fa','r').readlines()#需要整理的文件 f2 = open('2.fasta','w')#整理之后的文件 for i in f1: if i.startswith('>'): f2.write('\n'+i) else: f2.write(i.strip("\...
《生物信息学》FASTA文件处理——Python
weixin_44036955的博客
09-09 2399
最近帮朋友做有关生物学的编程题，由于第一次接触有关FASTA文件的有关操作，用了不少时间才实现了如下功能：
python处理fasta文件，ID和序列放在一行
weixin_30266885的博客
12-11 631
#!/usr/bin/python #-*- coding:utf-8 -*- "处理fasta文件，将ID号和序列放在一行" import sys with open(sys.argv[1]) as f: fw=open('out.fasta', 'w') line=f.read() line=line.replace('\n', '').replace...
fasta文件与fastq文件相互转化Python脚本
青笋的博客
03-07 2400
使用的方法也很简单，把这个脚本保存为xx.py，然后运行并添加三个参数，第一个是原始fasta文件名，第二个是输出文件名，第三个参数是数字，表示每条序列的最大长度，超过该长度的序列将会被切分成多条。刚刚这段Python脚本的功能是将fasta格式的序列文件转换为fastq格式的序列文件，并且可以对序列进行分割，使得每条序列的长度不超过指定的最大长度。对比一下可以看出，fa文件主要是两部分，大于号开头的是序列的ID，下一行是序列，相比于fq文件，少了质量信息。
怎么用python实现序列比对_生信学习笔记——Python+Mafft实现批量化多序列比对
weixin_39811386的博客
01-14 1215
Mafft介绍一提到多重序列比对，很多人禁不住就想到ClustalW(Clustalx为ClustalW的GUI版)，其实有一款多重序列比对软件－MAFFT，不论从比对速度(Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee)，还是比对准确性(MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW)来说，其相比于ClustalW(或Clustal...
生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记：005 GC含量计算
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
12-08 2875
DNA 序列的 GC 含量是指序列中'G'和'C'所占的百分比。一条 DNA 序列很容易表示，但是如果有多条 DNA 序列放在一起，则每条序列必须被标记，...
Curi生物数据处理SDK：在Python中开发与在线数据库交互
这些文件可能是标准的文件格式，比如FASTA（用于序列数据）、GFF/GTF（用于基因注释数据）等。 3. 在线数据库：在线数据库是指通过互联网提供的存储和检索服务，其中存储了大量的生物学数据。典型的生物在线数据库...
Python导入fasta格式的数据，并把多行碱基变为一行
04-16
以前导入数据时都是一行行的导入，有时需要根据数据指定特定的分隔符，比如以>开头的fasta数据，在处理过程中顺便把多行的碱基序列变成了一行，自己摸索的写出来的
Python制作 .fasta文件的解析器
weixin_55372631的博客
01-17 1335
用Python读取FASTA文件
fasta数据处理
GeekFocus
07-14 864
文档
如何使用Python将fastq文件转化成fasta文件
Snail_helix的博客
05-24 1153
如何使用Python将fastq文件转化成fasta文件
利用Python读取fasta文件并进行一系列操作（二）
yhlhhhhh的博客
06-20 2109
利用Python读取fasta文件并进行一系列操作（二） 概览： 本节目标：通过上一节所输出的txt输出ABO蛋白以及ABO基因的外显子fasta文件 语言： python3.8 模块：biopython ssl 可选：jupyter 整体思路：通过ncbi获取ABO基因外显子位置（爬虫），并读取txt，根据位置信息获取外显子序列，再通过外显子 序列输出mRNA序列以及蛋白序列 前排提示：本教程不管生物，有知识盲区自己补 步骤： 设置ssl，要不debug后总会有bug 从这步开始调用biopyt
python处理序列文件
Bio大恐龙
01-02 1190
基因组学、python处理fasta格式文件、os库
.fasta文件的相关处理
小飞猪的博客
04-08 2962
在生物信息学中，FASTA格式是一种用于记录核酸序列或肽序列的文本格式，其中的核酸或氨基酸均以单个字母编码呈现。该格式同时还允许在序列之前定义名称和编写注释。这一格式最初由FASTA软件包定义，但现今已是生物信息学领域的一项标准。FASTA格式也是是BLAST组织数据的基本格式，无论是数据库还是查询序列，大多数情况都使用FASTA格式。 FASTA简明的格式降低了序列操纵和分析的难度，令序列可被文本处理工具和诸如Python、Ruby和Perl等脚本语言处理。 例如： >ADAM_0007 AAFR
python Fasta文件格式化-每行固定数目碱基输出
niuhuihui_fei的博客
05-17 4360
python Fasta文件格式化-每行固定数目碱基输出
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