R语言课程练习记录

Cccrush

于 2019-10-10 19:08:50 发布

阅读量1.5k

点赞数 1

CC 4.0 BY-SA版权

分类专栏： R 生信

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/Cccrush/article/details/101440400

这篇博客记录了R语言中tibble与data frame的区别及操作，包括读取数据、筛选行、自定义图表x轴顺序。通过dplyr包进行数据处理，使用which、filter和subset函数筛选数据，并讨论了如何解决factor在图表排序中的问题。同时，介绍了长数据和宽数据的转换以及结果保存和饼图绘制。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

例1.

数据大概是这个样子：
例1.小鼠的基因信息
1）用 readr 包中的函数读取 mouse genes 文件
2）选取常染色体的基因
3）画以下两个基因长度 boxplot :
按染色体序号排列，从 1 开始
按基因长度中值排列，从短 -> 长 …

遇到的问题：

tibble和data frame的区别？

tibble不会自动针对每列生成因子

分别读入tibble和data frame数据？

mouse.tibble <- read_delim( file = "mouse_genes_biomart_sep2018.txt", delim = "\t", quote = "" )
mouse_gene<-read_tsv("data/talk04/mouse_genes_biomart_sep2018.txt")

如何按照条件筛选指定的行？

1. 用which读取指定行（tibble和data frame都可以，这里以data frame为例）

mouse_gene_MT<-mouse_gene[which(mouse_gene$`Chromosome/scaffold name` == “MT”),] #选取线粒体上的染色体
mouse_gene_MT<-mouse_gene[which(mouse_gene$`Chromosome/sc