SimpleITK使用——4. 奇怪的问题

已于 2023-02-27 13:25:47 修改
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分类专栏： 医学影像 # ITK 文章标签： numpy python 开发语言
于 2022-06-30 22:52:04 首次发布
本文为博主原创文章，未经博主允许不得转载。
本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/Castlehe/article/details/125549223
本文探讨了在SimpleITK中遇到的图像数据类型问题，特别是在Windows和Linux环境下，numpy处理Nifti图像后数据类型变为int64，导致ITK-Snap无法打开。通过分析numpy的dtype特性，发现在不同环境下，默认的int数据类型可能不同。通过将数据类型转换为int32，解决了在ITK-Snap中打开图像的问题。同时提到，3D Slicer可以正常打开int64图像，暗示可能是个别软件的兼容性问题。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

文章目录

1. 数据dtype类型问题

1.1 确定原因

现象描述

  • windows下使用numpy处理Nifti图像并保存，
    • 得到的图像是49KB
    • ITK-Snap可以打开
  • linux下使用相同代码用numpy处理Nifti图像并保存
    • 得到图像时85KB
    • ITK-Snap打开报错：itk::ERROR: NiftiImageIO(000001CB27E1CD80): Unknown component type: 0
      在这里插入图片描述
    • 但是3D Slicer可以打开

寻找原因

  • 由于代码相同，测试过保存的numpy数据也相同，但是最终文件大小不同。
  • 因此考虑数据类型，dtype的问题

实验

由于代码中有一句是：

skull_stri
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SimpleITK使用——2. 进行crop操作
啷个哩个啷
05-06 4265
参考： Stack Oveflow：SimpleItk crop image ITK forum：Simple ITK Crop Image ITK forum：How to crop a 3D image with a specified size? Github issue：SimpleITK/SimpleITK SimpleITK document：Image Grid Manipulation
simpleITK读取nii遇到ITK only supports orthonormal direction cosines的错误
sdhdsf132452的博客
06-26 1467
有些niinii.gz的文件在使用simpleITK读取时会遇到的错误，这个时候就需要进行修复。
C#环境下使用simpleITK
zzusqh的博客
11-09 882
C#使用simpleITK
pip或者conda安装SimpleITK报错
weixin_41945339的博客
11-28 7503
环境使用的是python3.7。使用pip install和conda install安装SImple ITK一直安装不上。后来去pypi看了一眼。发现最新版本的Simple ITK已经不支持py3.7。使用pip install SimpleITK会默认安装最新版本（最新版2.3.0）所以又加了版本控制，使用pip install SimpleITK==2.0.0 即可成功安装。
关于SimpleITK 使用函数sitk.WriteImage报错‘ERROR (nifti_image_write_hdr_img2): cannot open output file ‘
qq_36401512的博客
01-22 5237
报错** ERROR (nifti_image_write_hdr_img2): cannot open output file './result17/HGG/Brats17_CBICA_AXN_1.nii.gz' 1.首先判断路径是否存在，发现没问题。 2.其次查看磁盘空间是否不足，发现已经不够用了。
ERROR: Could not build wheels for SimpleITK, which is required to install pyproject.toml-based proje
qq_39551256的博客
01-27 4191
今天安装simpleITK的时候出了问题，装一个低版本1.2.4的即可。看了这位大佬的教程，没有用。
【`pip install simpleitk `失败， No matching distribution found for simpleitk】
weixin_45914748的博客
11-23 959
pip install simpleitk 时，出现 ERROR: No matching distribution found for simpleitk;
基于超分辨率重建算法的环境搭建
時々雨
03-17 2528
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在了解深度学习和openseespy的过程中发现Jupyter这种使用方便但是安装及其麻烦的东西，当你有一点东西安装不仔细就会爆出一堆奇怪的错误出来。目录里面的目录文件，如果不希望今后编写的 Jupyter Notebook 文件都直接放在该目录下，就需要修改 Jupyter Notebook 的存放路径。对于 openseespy 有限元计算而言，jupyter可以更加直接直观的输出对应的结构响应曲线等，通过合适的代码可以直接绘制出对应的结构形象来。是基于网页的用于交互计算的应用程序。...
对安装GDCM后同时使用pydicom和SimpleITK报错的说明
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在安装完GDCM后，我发现在同时使用pydicom和SimpleITK时，如果import顺序不对，在程序运行结束时可能会报错。 提示： *** Error in `python': double free or corruption (!prev): 0x0000000002321ef0 *** 如下： 经过尝试，发现应该是由gdcm带来的隐藏问题，在程序结束时，pydicom由于需要用到g...
介绍一种医学影像配准的方法（使用itk-snap)
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配准
将numpy array保存为nii格式 itk-snap打不开
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01-02 3979
将.nii文件读取成numpy array是很常见的，但将分割好的结果numpy array保存为nii格式却也是必须的。 现在介绍两种将numpy array保存为nii格式的方法。 1. simpleITK ## using simpleITK to load and save data. import SimpleITK as sitk itk_img = sitk.ReadImage('....
Python itk笔记--读取NIFTI图像
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01-22 3868
这里使用的是 itk-5.2.1 版本 Python的itk函数库使用 imread() 函数读取文件，可以根据文件名自动选择相关的类。例如： import itk nii_path = 'test.nii.gz' nii_img = itk.imread(filename=nii_path) imread() 函数存在于itk安装包的 support/extras.py 文件内，函数API为： def imread( filename: fileioType, pixel_type: Opt.
ITK读写图像有关问题解决办法
那个谁上山的专栏
06-09 2068
参考官网上 ItkSoftwareGuide-ITK4.7.1 读写图像等基本操作时出现的问题： 需要指定读写图像的类型，否则程序出错，两种解决办法。
Exception occurred during ITK-SNAP startup
啷个哩个啷
05-04 3594
文章目录1. 报错内容2. 原因3. 解决 1. 报错内容 报错：Exception occurred during ITK-SNAP startup 2. 原因 按照上面提示的信息，找到对应的UserPreferences.xml文件，其实可以发现，与这个文件一起产生的还有另两个文件 查看UserPreferences.xml文件内容， 其中记录了上一次打开ITK-SNAP浏览的图像 一般直接打开ITK-SNAP会显示之前打开过的图像列表 而我上一次使用ITK-SNAP时，有个文件打开错误 因此
ITK-SNAP 打不开 报错 Exception occurred during ITK-SNAP startup
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05-14 1388
ITK-SNAP 打不开 报错 Exception occurred during ITK-SNAP startup
【图像分割】ITK-SNAP分割标注教程
qq_44747572的博客
10-17 5375
选择保存的标注文件点击打开，并点击finish跳过，即可得到上次分割标注。出现以下弹窗说明没有体素更新，意思是你勾画的区域的标签与原标签相同，所以这时可以点击Close，然后检查红色框处的标签有没有选错。对于画多了的区域可以先在红色框中选择Clear Label，再在红色箭头处将多余的区域画出来，按两下回车即可消除。点击1框后，可以在2框处看到当前所在的图像位置，如图显示，当前图像在整个视频的第150帧图像。点击图中1号红色框，在2号红色框中选择你所需要的标签，即可开始勾画。如下红色箭头处所指。
ITK使用例子
05-24
ITK（Insight Segmentation and Registration Toolkit）是一个开源的图像分割和配准工具包，可以用于医学图像处理、计算机视觉等领域。下面是一个使用ITK进行图像处理的例子： ```python import itk # 读取图像 reader = itk.ImageFileReader.New(FileName='input_image.nii.gz') reader.Update() # 对图像进行高斯平滑 gaussian_filter = itk.DiscreteGaussianImageFilter.New(Input=reader.GetOutput()) gaussian_filter.SetVariance(2.0) gaussian_filter.Update() # 对图像进行二值化 threshold_filter = itk.BinaryThresholdImageFilter.New( Input=gaussian_filter.GetOutput(), LowerThreshold=100, UpperThreshold=200, InsideValue=255, OutsideValue=0 ) threshold_filter.Update() # 保存图像 writer = itk.ImageFileWriter.New(Input=threshold_filter.GetOutput(), FileName='output_image.nii.gz') writer.Update() ``` 这个例子中，我们首先读取了一个Nifti格式的图像，并使用高斯平滑和二值化操作对它进行了处理，最后将结果保存到了一个新的Nifti文件中。ITK提供了丰富的图像处理算法和数据结构，可以满足许多图像处理任务的需求。
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