Python itk笔记--读取NIFTI图像

最新推荐文章于 2023-09-18 10:07:29 发布

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本文介绍如何使用ITK库的imread()函数读取医学影像文件，包括单个文件和DICOM序列，并解释了函数参数及返回值。

这里使用的是 itk-5.2.1 版本

Python的itk函数库使用 imread() 函数读取文件，可以根据文件名自动选择相关的类。例如：

import itk

nii_path = 'test.nii.gz'
nii_img = itk.imread(filename=nii_path)

imread() 函数存在于itk安装包的 support/extras.py 文件内，函数API为：

def imread(
	filename: fileioType, 
	pixel_type: Optional["itk.PixelTypes"] = None, 
	fallback_only: bool = False, 
	imageio: Optional["itkt.ImageIOBase"] = None
) -> "itk.ImageBase"

从一个文件或序列中读取一个图像，并返回一个itk.Image。

参数：

filename: 单个文件的路径、一个图像序列的文件列表或是一个DICOM图像序列的目录
pixel_type: 加载时的图像像素类型
fallback_only: 如果为 True，则首先自动推断图像像素的类型，并仅在推断失败时使用给定的 pixel_type
imageio: itk.ImageIOBase 驱动的实例，用来读取文件

返回值：

image: 得到的 itk.Image

如果没有提供 pixel_type，则读取器将根据图像文件的图像类型实例化。图像的维度是从硬盘中存储的维度自动推断的。

如果提供的 filename 是一个文件夹，则该文件夹将被假设为 DICOM 序列的路径。如果确实是一个 DICOM 序列，则读取器会使用一个 itk.ImageSeriesReader 对象来读取 DICOM 文件名。

如果给定的 filename 是文件名的列表或元组，读取器会使用一个 itk.ImageSeriesReader 对象来读取文件。