生物信息文件处理中常见格式

最新推荐文章于 2024-02-23 12:06:21 发布
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博客提及参考基因组文件.fna /.fa ，并给出了使用 gzip -cd ref.fa.gz > a.fa 进行处理的示例，后续内容待补充。
  • 参考基因组文件 .fna / .fa  (gzip -cd ref.fa.gz > a.fa
  • 待 补。。。
Yaoxinzhi_hzau
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生信常见的4种文件格式
小山羊的学习日志
05-06 3148
学习笔记，仅供参考 参考自：生信分析必须了解的4种文件格式 侵删 [hr] 生信必须了解的4种文件格式 在做生物信息的过程中，经常需要进行各种文件格式。每一种生物软件都有固定的文件格式要求。因此，需要非常每一种数据的文件格式，从某种意义上来说，生物信息分析的过程就是进行各种文件格式的转换过程。例如当前很多分析都可以概括为从fastq到bam，从bam到vcf的过程。 fasta文件格式 FASTA文件主要用于存储生物的序列文件，例如基因组，基因的核酸序列以及氨基酸等，是最常见的生物序列格式，一般扩展名为
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qq_35696312的博客
11-02 566
参考网址： http://www.ensembl.org/info/website/upload/index.html#formats http://gmod.org/wiki/GFF3 bed文件： bed文件由3~12列内容构成，分为可选和必选列，如下图所示，必须列包括染色体号，起始位置，终止位置 其他列的展示如下： GTF(General Transfer Format)文件...
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cling5899的博客
04-17 1459
common file formats in bioinformatics
环境变量PATH设置 No such file or directory
qq_42119386的博客
10-21 6768
在使用脚本提交任务时，出现错误提示，导致下面的命令无法执行。  错误如下：  没有找到这个文件或文件夹，换句话说就是给的路径是错误的，电脑识别不了。   回头去查看自己提交的命令，如果是文件路径错误的话，就有了针对性，缩小范围了。 提交的命令如下： 这是我的变量设置，出现错误。  这里的解决办法是：    将cz2.sam更改为cz2sam   将ref.fa更改为ref   ...
生物信息学中两种常用的文本文件
ElliotoHK的博客
05-06 1411
通过自学《碱基矿工》 [http://mp.weixin.qq.com/mp/homepage?__biz=MzAxOTUxOTM0Nw==&hid=1&sn=d945cf61bd86e85724e146df42af5bcc&scene=18#wechat_redirect] 下面分别介绍这两种格式 FASTA FASTA常作为存储有顺序的序列数据的文件后缀，包括我们常用的...
生物信息神奇网站系列（五）：文件格式解析
xxxie_的博客
07-08 536
生物信息本质上是利用生物软件处理生物数据，不过在执行的过程中就变成了各种文件格式的相互转换。有生物信息学家开玩笑说自己每天的工作就是文本格式转换，其实是这样的，例如常见的从qseq到fastq，从fastq到bam，从bam到vcf等。所以，了解生物数据的文件格式很重要，这里UCSC给出了一个页面，里面包含了常见各种生物数据格式解析。 五：文件格式解析 https://genome.ucsc.ed...
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FASTX.jl是一个基于Julia语言的库，专门设计用于解析和操作生物信息学中的FASTA和FASTQ格式的文件。这两个格式在基因组学研究中极为常见，用于存储单个或多个核酸序列（DNA或RNA）及其相应的质量信息。 **FASTA格式...
操纵的龙生物 多格式模型文件
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在本压缩包中，包含了“操纵的龙生物”的多格式模型文件。这些模型文件能够让设计师和开发者在如Unity 3D这样的游戏引擎中轻松地导入和操作3D模型。在Unity中，fbx和obj格式是比较常用的选择，因为它们能够很好地...
Python生物信息学编程
最新发布
11-04
作者不仅深入解析了FASTA、GENBANK等常见生物信息学文件格式，还通过实例演示了如何利用Python对这些文件进行读取、分析和数据提取。更进一步，书中还探讨了如何使用Python进行网页数据挖掘，为生物信息学的研究人员...
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05-24
从提供的文件信息可以看出，Perl编程在生物信息学中的应用涉及多个方面，包括模块化编程、面向对象编程、数据结构、字符串算法、序列格式处理、限制酶类分析等等。书籍《Perl Programming for Bioinformatics》由...
FNA：处理FNA文件的某些功能（Fasta和Newick）
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06-16 1946
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lillianqdzpw
06-08 1万+
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12.简化的短序列匹配程序 (map.py) 把short.fa中的序列比对到ref.fa, 输出短序列匹配到ref.fa文件中哪些序列的哪些位置
Eva042的博客
05-02 179
要求： * 输出格式 (输出格式为bed格式，第一列为匹配到的染色体，第二列和第三列为匹配到染色体序列的起始终止位置（位置标记以0为起始，代表第一个位置；终止位置不包含在内，第一个例子中所示序列的位置是(199,208](前闭后开，实际是chr1染色体第199-206的序列，0起始). 第4列为短序列自身的序列.)。* 附加要求：可以只匹配到给定的模板链，也可以考虑匹配到模板链的互补链。这时第5列可以为短序列的名字，第六列为链的信息，匹配到模板链为'+'，匹配到互补链为'-'。
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sunchengquan的博客
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witto_sdy的专栏
02-17 1336
今天用到文件比对，记录下。 当需要对两个相似的文件，或是execl表中某一列属性一样，需要查看不同的行时，就要用到文件比对。 在windows下，可以用ue办到。打开两个文件，然后Alt+F11 如图，很直观。 在linux下，首先将要比对的文件转成txt格式的（都支持什么格式没试过），然后上传至服务器（用winscp上传就可以，很好用的工具），在当前目录下（插一句，文件内容的顺序
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BioPython支持许多常见的生物信息学文件格式，如FASTA、GENBANK、PDB等，并提供了处理序列、搜索序列数据库、构建序列比对和建模蛋白质结构等常用的生物信息学功能。 2. 中文学习资料的意义 对于中文使用者来说，...
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