SMART-seq2 单细胞转录组分析workflow

最新推荐文章于 2025-03-07 16:40:13 发布

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最新推荐文章于 2025-03-07 16:40:13 发布 · 8.3k 阅读

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本文详细介绍RNA-seq数据从质控、比对到下游分析的全流程，包括使用fastqc和multiqc进行批量质控，STAR比对工具的参数设置及结果评估，利用featureCounts生成计数矩阵，以及scater包在R中的应用进行单细胞数据质控。

0. 质控

这一步主要看接头，其他由于 ERCC 等等原因，会和 fastqc 提供的正常报告有区别。

0.1 使用 fastqc 批量质控

find ./RAW/ERR*fastq.gz | xargs ./app/fastqc -t 6 -o ./fastqc_result

0.2 使用 multiqc 整合 fastqc 的结果

cd fastqc_results
multiqc .
firefox multiqc_report.html

用firefox之前的登录记得要用 ssh -X

1. 比对

如果有 spike-in，参考基因组应该加上 spike-in 的序列，同时，gtf 文件也要加上 spike-in。
spike-in fasta和gtf的下载地址

cat ERCC92.fa >> GRCh38.fa
cat ERCC92.gtf >> GRCh38.annotation.gtf

1.1 比对并查看比对质量

nohup ls *gz | while read id; do STAR --runMode alignReads --runThreadN 4 --readFilesIn ${id} --outFileNamePrefix ../alignment_result/${id%%.*} --genomeDir ../ref --readFilesCommand zcat; done > alignment.log 2>&1 &

# 整合多个文件的总reads数，比对率等等
ls *.final.out | while read id; do (cat ${id} |sed '1i ID |'${id%%.*} |