【Methods】Accessing Ensembl annotation with biomaRt

最新推荐文章于 2024-02-21 18:42:47 发布
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CC 4.0 BY-SA版权
分类专栏： 生物信息与统计分析 文章标签： biomaRt gene chromosomal EntrezGene GO annotation
原文链接：https://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/biomaRt/inst/doc/accessing_ensembl.html#introduction
本文详细介绍了如何使用biomaRt包访问Ensembl数据库，包括选择数据库和数据集、构建查询、使用过滤器和属性，以及查询示例，如获取基因的HUGO符号、染色体位置、GO注释等。此外，还涵盖了Ensembl的镜像站点、存档版本和Ensembl Genomes的使用。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

Accessing Ensembl annotation with biomaRt


Mike L. Smith, Steffen Durinck, Wolfgang Huber

12 August 2021

Package: biomaRt 2.49.4

引言

迄今为止, 访问 Ensembl 中可用数据最常使用 biomaRt 包。 考虑到这一点，biomaRt 提供了许多专门为 Ensembl 提供的 BioMart 实例而定制的功能。 本文详细介绍了此 Ensembl 特定功能，并提供了许多示例用例，可用作指定您自己的查询的基础。

选择 Ensembl BioMart 数据库和数据集

每次使用 biomaRt 进行分析都从选择要使用的 BioMart 数据库开始。 下面的命令会将我们连接到 Ensembl 最新版本的 Human Genes BioMart。

> library(biomaRt)
> ensembl <- useEnsembl
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biomaRt访问生物数据库
Mrrunsen的博客
08-05 1243
它提供了一种方便的方式来检索和获取基因注释信息、转录本、蛋白质和基因组位置等相关生物学数据。通过biomaRt，您可以将大量的生物学信息集成到您的R分析中，从而使生物学研究更加高效和便捷。以下是一个简单的biomaRt教程示例，包括连接数据库、查询注释信息和结果可视化。：从数据库中选择感兴趣的数据集和基因。：首先，选择适合您的研究的数据库，通常是Ensembl数据库。函数查询和获取基因的注释信息，如基因功能、基因组位置、转录本信息等。：最后，对查询结果进行解释和可视化，以便于理解和展示分析结果。
Ensemble ID格式及转换
shy_321的博客
06-17 1万+
目录Ensemble IDEnsemble ID 格式Ensemble ID转换bitrselectbiomaRt 转换参考吐槽 Ensemble ID Ensemble ID 是Ensembl 数据库使用的ID标识符，用于标识不同的分子特征，如基因，转录本，外显子，蛋白。大多数据库都有一套自己的ID命名。ID 主要是为消除歧义，在特征注释或数据库更新时也能保持一致。不像人为命名的分子名字，如基因名字那样可能发生改变。就类似于我们的身份证号, 名字方便于平常的交流使用，ID是独一无二的。 Ensemble
Ensemble-BioMart:得到基因注释信息（有参考基因组的物种）
qq_44520665的博客
11-23 9374
可能的疑问 “我知道一系列基因的NCBI编号，如果我要查询ensemble编号该如何查询？” “我知道一系列基因的ensemble编号，如果要查询这些的英文简写（symbol），以及其对应的基因组坐标，该如何处理。” “非模式物种如何找到对应的GO注释，Blast2GO自己配置不了，网页又太慢” 要做的事情 我们要得到非模式物种基因的功能注释该怎么办？ 有些物种有固定的网站发布基因功能注释以及GOID，例如水稻和小麦 水稻：https://rapdb.dna.affrc.go.jp/download/
ensembl数据库BioMart使用，查找转录本ID在ensembl与refseq中的对应关系
qq_42962326的博客
04-20 5866
如何查找 转录本ID在ensembl与refseq中的对应关系 Ensembl数据库地址： http://grch37.ensembl.org/index.html 进入BioMart 选择DataSet 点击左侧 Filter 可以选择一些条件 点击Attributes 点击GENE选择特征 ，勾选 Gene name , Transcript name 点击EXTERNAL， 在 External References 中选择需要转换对应的外部数据库的种类信息，勾选 Refseq的转录本ID
ensembl数据库mysql图_MySQL数据库 | 数据库和数据表的基本操作
weixin_33648352的博客
02-01 290
第一篇博文，一个小小的纪念仪式^-^以下正文一、数据库的基本操作--数据库的操作--连接数据库mysql -uroot -p密码mysql-uroot -pmysql--退出数据库exitquitctrl+d--查看所有数据库show databases;--*显示时间selectnow();--*显示版本selectversion();--创建数据库(建库时如果不指定编码，默认使用latin)c...
人鼠同源基因列表转换
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Ensemble数据库获取人鼠对照基因进行人鼠基因列表转换
根据基因名称查看基因详细信息的网址
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如何安装SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37包
weixin_66130850的博客
08-08 4515
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03-02 4706
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基因组注释文件(GFF,GTF)下载的五种方法
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求问SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37 包下载问题
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试开URL’https://bioconductor.org/packages/3.18/data/annotation/src/contrib/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37_0.99.24.tar.gz'下载程序包‘SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37’时出了问题。安装源码包‘SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37’我在RStudio下载该包时出现以下问题代码。
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11-09 4193
查询后似乎是ensembl.org网址不可用，该包也支持换其他数据库，但我这里没有再进行尝试。希望知道方法的大神帮忙指导。此处有33%Ensembl ID未找到对应Symbol。
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[生信]基因ID的转换Bioconductor系列之biomaRt包的安装选择数据库三个主要函数getBM,getSequence,getLDS几个实用的例子一．对几个基因symbol，注释它对应的EnsembleID和ENTREZID二．对刚才的那三个探针ID号进行多个内容注释，每个探针都对应着基因名已经染色体及起始终止坐标。三．对给定的基因ID号进行GO注释四．通过染色体及起始终止坐标来挑选基...
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Accessing Data with JPA
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使用JPA（Java Persistence API）访问数据是一种在Java应用程序中进行对象关系映射（ORM）的常用方法。JPA允许开发者以面向对象的方式操作数据库，而不需要编写大量的SQL代码。以下是关于如何使用JPA访问数据的简要介绍： 1. **配置JPA环境**：首先，需要在项目中添加JPA的依赖库，如Hibernate或EclipseLink等实现。然后，在项目的配置文件（如persistence.xml）中定义持久化单元（Persistence Unit），指定使用的数据库连接信息和实体类位置等。 2. **创建实体类**：实体类是与数据库表对应的Java类，通过注解（如@Entity, @Table, @Id等）来映射数据库表和列。例如，一个简单的用户实体类可能如下所示： ```java @Entity @Table(name = "users") public class User { @Id @GeneratedValue(strategy = GenerationType.IDENTITY) private Long id; @Column(name = "username") private String username; // getters and setters } ``` 3. **创建EntityManager**：EntityManager是JPA的核心接口，用于管理实体实例的生命周期、事务和查询等。通常，EntityManager是通过EntityManagerFactory获取的，EntityManagerFactory则根据持久化单元的配置创建。 4. **执行CRUD操作**：通过EntityManager，可以执行基本的CRUD（创建、读取、更新、删除）操作。例如，要创建一个新用户，可以使用`persist()`方法；要查询所有用户，可以使用`createQuery()`方法。 5. **事务管理**：JPA中的事务管理可以通过编程方式控制，也可以由容器（如Spring）自动管理。在编程方式下，需要手动开始和结束事务。 6. **优化和高级功能**：JPA还提供了许多高级功能，如批量处理、缓存、继承映射等，可以根据需要进行配置和使用。
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