ensembl数据库BioMart使用，查找转录本ID在ensembl与refseq中的对应关系

最新推荐文章于 2025-01-18 21:57:12 发布
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如何查找 转录本ID在ensembl与refseq中的对应关系

Ensembl数据库地址：
http://grch37.ensembl.org/index.html

进入BioMart
在这里插入图片描述
选择DataSet
在这里插入图片描述
点击左侧 Filter 可以选择一些条件
点击Attributes
在这里插入图片描述
点击GENE选择特征 ，勾选 Gene name , Transcript name
在这里插入图片描述
点击EXTERNAL， 在 External References 中选择需要转换对应的外部数据库的种类信息，勾选 Refseq的转录本ID
在这里插入图片描述
点击左上角RESULT ，再点击GO ，就可以导出结果了，这样就找到ensembl数据库中转录本的ID与Refseq数据库中转录本ID的对应关系了
在这里插入图片描述

【Methods】Accessing Ensembl annotation with biomaRt
小哲的博客
10-09 1168
Accessing Ensembl annotation with biomaRtIntroduction Mike L. Smith, Steffen Durinck, Wolfgang Huber 12 August 2021 Package: biomaRt 2.49.4 Introduction
Ensemble-BioMart:得到基因注释信息（有参考基因组的物种）
qq_44520665的博客
11-23 9229
可能的疑问 “我知道一系列基因的NCBI编号，如果我要查询ensemble编号该如何查询？” “我知道一系列基因的ensemble编号，如果要查询这些的英文简写（symbol），以及其对应的基因组坐标，该如何处理。” “非模式物种如何找到对应的GO注释，Blast2GO自己配置不了，网页又太慢” 要做的事情 我们要得到非模式物种基因的功能注释该怎么办？ 有些物种有固定的网站发布基因功能注释以及GOID，例如水稻和小麦 水稻：https://rapdb.dna.affrc.go.jp/download/
ensembl数据库mysql图_Ensembl数据库的使用
weixin_33634886的博客
01-30 539
今天突然发现enseml数据库感觉比NCBI数据库好用。尤其对于我这种小白来说。我的任务就是找到果蝇中编码漆酶的基因序列，该序列转录之后形成的转录本，以及这些转录本翻译成的蛋白质是什么。点进去之后发现有2000多条结果，看了前面几条，有的是基因，有的是转录组，所以我选了基因那一条。如下图：这样就到达了果蝇漆酶2的基因组的界面，从这里我们可以看到果蝇漆酶2的ensembl的ID号是：FBgn0259...
生信分析，通过ensemblID检索对应protein序列
zswdhy的博客
08-17 5728
uniprot官网为我们提供了一个很好的平台，可以通过uniprot ID检索对应的protein序列，也可以通过ensembl ID检索到uniprot ID ，具体操作如下 ensembl ID可以通过uniprot官网转换为uniprot ID 注意下图中的Entry这个字段 图片中的序列，即为对应蛋白质完整序列 可以通过uniprot网站的接口直接获取对应蛋白质，但是需要获取对应的uniprot ID，图一中，Entry就是uniprot ID 图一中的Entry字段 点击即可访问到对应的蛋白质
如何在Ubuntu上使用Ensemble数据库Biomart预测目标基因可能结合的转录因子
qq_61049648的博客
07-03 1413
在Ubuntu上使用Ensemble数据库Biomart预测目标基因可能结合的转录因子
解析 Ensembl 的数据库服务器
Baimoc
09-15 8623
Ensemble 对于学习生物信息学的我们来说应该是如数家珍了，但是我们平时常用到的操作一般是去查基因，下载基因组，这些都是通过网页端来完成：http://uswest.ensembl.org/index.html 上面网页展示的就像大家进入某宝商店中的商品展示图，而真正的货物是存放在仓库的。Ensemble 则是将其“货物”是存放在数据库服务器中。 理解 Ensemble 的数据库存储结构与架构，对于我们的今后的生信研究工作大有裨益。 接下来，我们进入 Ensemble 的数据仓库世界，去看看它的货物有
ensembl数据库mysql图_MySQL数据库 | 数据库和数据表的基本操作
weixin_33648352的博客
02-01 287
第一篇博文，一个小小的纪念仪式^-^以下正文一、数据库的基本操作--数据库的操作--连接数据库mysql -uroot -p密码mysql-uroot -pmysql--退出数据库exitquitctrl+d--查看所有数据库show databases;--*显示时间selectnow();--*显示版本selectversion();--创建数据库(建库时如果不指定编码，默认使用latin)c...
Ensembl数据库简介
dingsheng56656的专栏
08-30 8247
Ensembl是一项生物信息学研究计划，旨在开发一种能够对真核生物基因组进行自动诠释（automatic annotation）并加以维护的软件。该计划由英国维康基金桑格研究院及欧洲分子生物学实验室所属分部欧洲生物信息研究所共同协作运营，这是为了回应人类基因组计划即将完而于1999年启动的 。在存在10年之后，Ensembl的目标仍然是为遗传学家，分子生物学家和其他研究人员研究我们自己...
ensembl数据库
08-14
Ensembl数据库中储存了各种来源的突变数据，包括SNP、CNV、等位基因频率和基因型等，这些数据经过质量控制后被导入到数据库中。Ensembl是几个知名的基因组浏览器之一，用于检索基因组学信息，与NCBI Map Viewer和...
[生信]biomaRt 基因ID的转换
qkrdmsghk的博客
01-12 1万+
[生信]基因ID的转换Bioconductor系列之biomaRt包的安装选择数据库三个主要函数getBM,getSequence,getLDS几个实用的例子一．对几个基因symbol，注释它对应的EnsembleID和ENTREZID二．对刚才的那三个探针ID号进行多个内容注释，每个探针都对应着基因名已经染色体及起始终止坐标。三．对给定的基因ID号进行GO注释四．通过染色体及起始终止坐标来挑选基...
Ensemble ID格式及转换
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目录Ensemble IDEnsemble ID 格式Ensemble ID转换bitrselectbiomaRt 转换参考吐槽 Ensemble ID Ensemble ID 是Ensembl 数据库使用的ID标识符，用于标识不同的分子特征，如基因，转录本，外显子，蛋白。大多数据库都有一套自己的ID命名。ID 主要是为消除歧义，在特征注释或数据库更新时也能保持一致。不像人为命名的分子名字，如基因名字那样可能发生改变。就类似于我们的身份证号, 名字方便于平常的交流使用，ID是独一无二的。 Ensemble
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专注生信领域
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转录组基因ID的自动化转换R代码
新手写python脚本提取最长转录本ID以及最长转录本序列（此代码已过时，最新代码见主页）
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原始蛋白序列长这个样子： 写脚本的具体思路： 1.创建转录本ID和序列的字典（键值对） 2.提取每个转录本的序列长度，形成三列，第一列是转录本ID，第二列是转录本长度，第三列是gene ID 3.这一步准备对上一步生成的文件按照基因ID和序列长度进行排序 4.创建新的字典（key是gene id，value是排序后的转录本ID），然后print（list_values），第一列就是最长转录本ID ...
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weixin_53682198的博客
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biomaRt访问生物数据库
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08-05 1220
它提供了一种方便的方式来检索和获取基因注释信息、转录本、蛋白质和基因组位置等相关生物学数据。通过biomaRt，您可以将大量的生物学信息集成到您的R分析中，从而使生物学研究更加高效和便捷。以下是一个简单的biomaRt教程示例，包括连接数据库、查询注释信息和结果可视化。：从数据库中选择感兴趣的数据集和基因。：首先，选择适合您的研究的数据库，通常是Ensembl数据库。函数查询和获取基因的注释信息，如基因功能、基因组位置、转录本信息等。：最后，对查询结果进行解释和可视化，以便于理解和展示分析结果。
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qq_43777616的博客
07-15 3656
【代码】Ensembl ID转Gene Symbol。
ensembl_gene_id 怎么区分物种
qq_40256654的博客
01-18 453
前缀标识 Ensembl数据库通过不同的前缀来区分不同物种的基因。以常见的几种前缀为例： ENSG：代表人类（Homo sapiens）基因。例如“ENSG00000139618”是人类的一个基因标识符。这是因为在Ensembl对人类基因组进行注释和编号时，统一使用“ENSG”作为前缀，方便用户在看到基因标识符时能快速判断是人类基因。 ENSMUSG：用于标识小鼠（Mus musculus）基因。如果一个基因标识符是“ENSMUSG00000029583”，就可以知道这个基因来自小鼠。这种前缀的设定是
biomaRt
最新发布
04-03
### biomaRt 生物信息学 R包 使用教程 #### 什么是 biomaRt？ `biomaRt` 是一个用于访问 BioMart 数据库的 R 包，BioMart 提供了一个强大的平台来查询和检索来自多个数据库系统的生物数据[^1]。它支持多种类型的基因组、转录组以及蛋白质组的数据分析操作。 #### 安装与加载 `biomaRt` 要安装并加载该包，可以按照以下方式执行： ```r if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("biomaRt") library(biomaRt) ``` 上述代码片段展示了如何利用 BiocManager 工具完成 `biomaRt` 的安装过程，并将其引入到当前的工作环境中。 #### 基本功能介绍 `biomaRt` 可以帮助研究者轻松获取不同物种之间的同源关系以及其他重要的注释信息。例如，可以通过此工具实现如下目标： - 查询特定基因在其他物种中的直系同源基因； - 将 Ensembl ID 转换成 RefSeq 或 UniProtKB 记录号等不同的标识符体系； - 获取有关某个基因的功能描述及其所在染色体位置的信息。 下面是一个简单的例子，演示了如何使用 `biomaRt` 进行基因ID转换的任务： ```r # 创建连接至ENSEMBL数据库的对象实例 ensembl <- useMart("ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl") # 执行实际的映射工作 gene_ids <- c('ENSG00000139618', 'ENSG00000157764') results <- getBM(attributes=c('external_gene_name','description'), filters='ensembl_gene_id', values=gene_ids, mart=ensembl) print(results) ``` 这段脚本首先定义了一个指向人类基因集合 (Homo sapiens gene set) 的 Mart 对象，接着指定了希望提取出来的属性列表（这里是外部名称和描述），最后给出了过滤条件即输入的一系列 ENSG 形式的 Gene IDs 来得到对应的结果表单。 #### 学习资源推荐 对于初学者来说，除了官方文档外还可以参考一些在线课程或者书籍加深理解。如果担心自己缺乏必要的数理背景，则不必过分担忧，因为正如之前提到过的那样，“兴趣是最好的老师”，随着不断解决问题积累经验，自然会对相关领域产生更深的兴趣[^2]。 ---
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