单细胞转录组测序数据的可变剪接(alternative splicing)分析方法总结

可变剪接（alternative splicing）,在真核生物中是一种非常基本的生物学事件。即基因转录后，先产生初始RNA或称作RNA前体，然后再通过可变剪接方式，选择性的把不同的外显子进行重连，从而产生不同的剪接异构体（isoform）。这种方式，使得一个基因可产生多个不同的转录本，这些转录本分别在细胞/个体分化发育的不同阶段，在不同的组织中有各自特异的表达和功能，从而极大地丰富了编码RNA和非编码RNA种类和数量，进而增加了转录组和蛋白质组的复杂性。


可变剪接主要有以下五种常见的形式：

1、外显子跳跃，英文Exon Skipping, 或者叫做cassette exon；

2、内含子保留，英文Intron Retention；

3、互斥外显子，英文Mutually Exclusive Exons；

4、外显子5’端的选择性剪接，Alternative 5’ splice site，A5SS

5、外显子3’端的选择性剪接，Alternative 3’ splice site，A3SS

具体如下图所示：

五种不同类型的可变剪接形式（Dlamini et al. Journal of Molecular Endocrinology, 2017）


因为单细胞转录组测序（single-cell RNA-seq）目前还有一定的技术局限性，所以其数据中通常含有较高的噪音。传统针对多细胞转录组测序数据开发的可变剪接分析软件，因主要考虑了多细胞测序数据的特点，所以可能不完全适用于单细胞转录组测序数据（更多精彩请关注微信公众号：AIPuFuBi