07单细胞分析2025-bam文件通过velocyto生成loom文件

lsxybe

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分类专栏：单细胞分析文章标签： python velocity velocyto singlecell 单细胞

于 2025-03-13 22:40:34 首次发布

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Welcome to velocyto.py! — velocyto 0.17.16 documentation

Installation Guide — velocyto 0.17.16 documentation

0.创建新的conda环境安装velocyto 0.17和python=3.7 等依赖

conda create -n velocytoloom37 python=3.7

conda activate velocytoloom37

conda install -c bioconda velocyto.py

velocyto --help

1.下载物种的特殊的gtf文件

Mask文件到UCSC官网下载

https//genome.ucsc.edu/

具体下载地址：

https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

http://velocyto.org/velocyto.py/tutorial/cli.html
https://www.gencodegenes.org/human/
https://www.gencodegenes.org/mouse/

https://useast.ensembl.org/info/data/ftp/index.html

https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?hgsid=2483220707_fwCDacuRpqgNpZSgyK1IyAxumLE5&clade=mammal&org=&db=hs1&hgta_group=genes&hgta_track=knownGene&hgta_table=knownGene&hgta_regionType=genome&position=&hgta_outputType=primaryTable&hgta_outFileName=

https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables
https://useast.ensembl.org/info/data/ftp/index.html

2.运行velocyto run10x 并设置

msk gtf文件的地址

/home/be/besinglecell/OA/gtf/hg38_rmsk.gtf

fastq输出文件的output地址

/home/be/besinglecell/OA/bcoaneiD201/

参考基因的genes的地址

/home/be/besinglecell/referdata/refdata-gex-GRCh38-2020-A/genes/genes.gtf

velocyto run10x -m /home/be/besinglecell/OA/gtf/hg38_rmsk.gtf /home/be/besinglecell/OA/bcoaneiD201/ /home/be/besinglecell/referdata/refdata-gex-GRCh38-2020-A/genes/genes.gtf

velocyto run10x -m /home/be/besinglecell/OA/gtf/hg38_rmsk.gtf /home/be/besinglecell/OA/bcoaneiD201/ /home/be/besinglecell/referdata/refdata-gex-GRCh38-2020-A/genes/genes.gtf

运行20分钟左右会报错 samtools 版本低

conda install -c bioconda samtools=1.6

再次运行后成功

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