05单细胞分析2025-scanpy分析流程-01示例文件下载和基本配置

scanpy分析流程-01示例文件下载和基本配置：

1.下载实例文件并设置相关分析的文件目录

pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar ：
http://cf.10xgenomics.com/samples/cell-exp/1.1.0/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz
https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/datasets/1.1.0/pbmc3k

或

mkdir -p data
curl https://cf.10xgenomics.com/samples/cell-exp/1.1.0/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz -o data/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz
cd data; tar -xzf pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz
mkdir -p write

mkdir -p write -p 参数
如果 write 目录已存在，不会报错（静默成功）
如果 write 不存在，会创建它

2.导入包及设置相关基本设置

import pandas as pd
import scanpy as sc

设置输出的详细程度为最高，帮助调试与分析

sc.settings. verbosity = 3

verbosity [ vəˈbɑsətɪ] 冗长赘述

配置 Scanpy一些基本设置

这行代码设置了Scanpy的详细程度（verbosity level）
详细程度决定了代码运行时输出信息的量。具体级别如下：
0: 输出错误信息（errors）
1: 输出警告信息（warnings）
2: 输出一般信息（info）
3: 输出提示信息（hints）
sc.settings.verbosity = 3
表示输出提示信息，也就是说Scanpy在运行时会给出错误、警告、一般信息以及一些建议性的提示。这在调试和分析数据时比较有帮助

打印当前环境的版本信息，便于确认配置 打印出Scanpy库的头信息

sc.logging.print_header()
包括当前使用的Scanpy版本、依赖库的版本
（如 numpy, pandas, matplotlib 等） 以及操作环境的相关信息
通过打印这些信息，可以帮助用户确认运行环境，并确保所使用的软件版本
与项目需求一致，有助于调试和结果的可复现性

设置图像分辨率和背景颜色，优化图像显示效果 设置绘图的参数，特别是用于调整Scanpy生成图像时的显示效果

sc.settings.set_figure_params(dpi=300, facecolor="white")
dpi=300：设置图像的分辨率，即“每英寸点数（dots per inch）”

值越高图像越清晰，但文件也会更大 这里将分辨率设置为300
facecolor="white"：设置图像背景的颜色为白色，

这在很多情况下有助于使图像的视觉效果更好，特别是在出版和展示时
这些设置会影响通过 scanpy 绘制图像时的默认显示效果

sc.settings.verbosity = 3  # verbosity: errors (0), warnings (1), info (2), hints (3)
sc.logging.print_header()
sc.settings.set_figure_params(dpi=300, facecolor="white")

保存分析结果

results_file = "write/pbmc3k.h5ad"  # the file that will store the analysis results

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