Multiple comparison

这篇博客介绍了多重比较的方法,包括Bonferroni校正、Sidak校正、Hochberg校正和FDR校正,特别关注了FDR校正中的BH加权校正法,这些统计方法在数据分析中用于控制假阳性错误。

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Introduction

      在做多重比较(multiple comparison)时,由于要在同一个数据集上检验多个结论,会导致犯第一类错误的概率大大增加。假设只做一次检验时的显著性水平为0.05,即接受备择假设的允许犯错概率为5%,那么保留原假设的犯错概率就是95%. 如果在同一个数据集上做了n次独立检验,那么n次都不犯第一类错误的概率是(0.95)^n,于是这n次中至少有一次犯了第一类错误的概率是1-(0.95)^n. 当n增大时,显然1-(0.95)^n也会增大,例如当n=10,1-(0.95)^10=0.40(约等于), 即对同一数据集做10次检验假设的犯错概率上升为40%,远远大于实际可以忍受的5%的犯错概率。

Methods

(1)Bonferronni校正

            α'≈α/c;
       在这一修正下,单次检验的显著性水平设定为总体的显著性水平(如0.05)的1/n (如n=10,则单次检验的接受概率变为0.005)。在各次检验独立的情况下。Bonferroni修正实际上是更一般的Sidak修正的Taylor展开式的第一项,因而更保。Bonferroni correction 在概率论上的一个理论基础是Boole's inequality, 即布尔不等式。这是说,假定一些事件组成了一个可数的集合,那么这集合中的至
列联表(观察频数): education 1.0 2.0 3.0 4.0 age_group 20-29 3 10 2 0 30-39 30 50 19 6 40-49 80 116 15 6 50-59 208 149 18 2 60-69 166 127 25 4 70-79 176 49 12 0 80-91 34 9 3 1 卡方检验结果: 卡方值 = 136.9927 P值 = 0.00000000 自由度 = 18 ▶ 结论:不同年龄组的学历分布存在显著差异 (p < 0.05) Cramer's V效应量 = 0.1860 年龄组间两两比较结果(Tukey HSD): Multiple Comparison of Means - Tukey HSD, FWER=0.05 ==================================================== group1 group2 meandiff p-adj lower upper reject ---------------------------------------------------- 20-29 30-39 0.0762 0.9996 -0.4636 0.616 False 20-29 40-49 -0.1776 0.9531 -0.6997 0.3445 False 20-29 50-59 -0.4267 0.18 -0.9416 0.0882 False 20-29 60-69 -0.3464 0.4279 -0.863 0.1702 False 20-29 70-79 -0.6253 0.0074 -1.146 -0.1046 True 20-29 80-91 -0.5504 0.0759 -1.1303 0.0296 False 30-39 40-49 -0.2538 0.022 -0.4862 -0.0213 True 30-39 50-59 -0.5029 0.0 -0.7187 -0.2871 True 30-39 60-69 -0.4226 0.0 -0.6423 -0.2028 True 30-39 70-79 -0.7015 0.0 -0.9308 -0.4722 True 30-39 80-91 -0.6265 0.0 -0.9698 -0.2833 True 40-49 50-59 -0.2491 0.0002 -0.4158 -0.0825 True 40-49 60-69 -0.1688 0.0577 -0.3406 0.003 False 40-49 70-79 -0.4477 0.0 -0.6315 -0.264 True 40-49 80-91 -0.3728 0.0087 -0.6874 -0.0581 True 50-59 60-69 0.0803 0.6835 -0.0681 0.2287 False 50-59 70-79 -0.1986 0.0057 -0.3607 -0.0365 True 50-59 80-91 -0.1237 0.8916 -0.4262 0.1789 False 60-69 70-79 -0.2789 0.0 -0.4463 -0.1116 True 60-69 80-91 -0.204 0.4328 -0.5093 0.1014 False 70-79 80-91 0.075 0.9921 -0.2373 0.3872 False什么意思
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06-13
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