【生物信息学-单细胞】基因转录调控网络&转录因子调控网络分析

最新推荐文章于 2025-02-15 18:14:10 发布
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#单细胞 #生物信息

博客提供了关于转录调控网络的参考文献，涉及基因转录调控网络及转录因子调控网络分析。
【转录调控网络】基因转录调控网络——转录因子调控网络分析
小哲的博客
10-24 1万+
基因转录调控网络——转录因子调控网络分析 转录因子(Transcription Factors, TFs)是指能够以序列特异性方式结合DNA并且调节转录的蛋白质。 转录因子通过识别特定的DNA序列来控制染色质和转录，以形成指导基因组表达的复杂系统。 转录水平的调控是基因调控的重要环节，其中转录因子(Transcription Factor，TF)和转录因子结合位点(Transcription Factor Binding Site，TFBS)是转录调控的重要组成部分。 基因转录调控网络由于其可以直观地显示基
【转录调控网络】典型的基因转录调控网络推导方法——网络成分分析法
小哲的博客
10-29 1107
基因转录调控网络推导方法——网络成分分析法 网络成分分析法（NCA）是由Liao等最早提出的结合基因表达数据和Chip-chip数据来推导基因调控网络和调控因子活性的方法。此方法充分利用基因调控关系的部分先验知识，具有准确度更高的优点。 在模型中，基因表达数据用n×mn\times mn×m阶矩阵X来表示，这里n表示基因个数，m表示时间点或样本点。基因表达值与调控关系和调控因子活性的关系可以用下面的矩阵方程来表示，即： X=JAX=JAX=JA 式中，J为n×cn\times cn×c阶矩阵，表示转录层与输
RNA 42. 基于转录组及转录因子库构建转录因子调控网络 (NetAct)
weixin_41368414的博客
07-19 1840
简 介系统生物学的一个主要问题是如何识别控制生物过程决策的核心基因调控回路。一个名为NetAct的计算平台，用于使用转录组学数据和基于文献的转录因子目标数据库构建核心转录因子调控网络。NetAct使用目标表达稳健地推断调控因子的活性，基于转录活性构建网络，并集成数学模型进行验证。我们的计算机基准测试表明，NetAct在推断转录活性和基因网络方面优于 现有算法。我们演示了应用NetAct来模...
转录因子调控网络分析
aganlala的博客
04-07 4142
简介 转录因子(Transcription Factors, TFs)是指能够以序列特异性方式结合DNA并且调节转录的蛋白质。转录因子通过识别特定的DNA序列来控制染色质和转录，以形成指导基因组表达的复杂系统。转录水平的调控是基因调控的重要环节，其中转录因子(Transcription Factor，TF)和转录因子结合位点(Transcription Factor Binding Site，TFBS)是转录调控的重要组成部分。基因转录调控网络由于其可以直观地显示基因表达调控关系，已成为生物学研究的热点之一
Single Cell——转录因子调控网络分析（SCENIC）
热门推荐
anyinglengtong的博客
01-04 1万+
SCENIC (Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering) 是从单细胞RNA数据推断基因调控网络及其相关细胞状态的工具。原作者将SCENIC应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据，证明了顺式调控网络分析能够有助于深入挖掘细胞异质性背后的生物学意义，并为疾病的诊断、治疗以及发育分化的研究提供有价值的线索。SCENIC在2017年首先发表于nature methods，2020年又将流程整理后发表于nature protocls。有R版和pyth
【单细胞转录组】基因调控网络分析基本方法-背景介绍
jianyangmaodemie的博客
11-21 571
基因表达的调控是通过基因调控系统实现的，这是一个复杂的系统，它是由基因、蛋白质、小分子信号和其他分子组成的，这些分子相互作用，并通过转录因子、miRNA等介导，影响基因表达。
基于scRNA-seq数据的转录调控网络推断方法比较
本项目“源于胚胎干细胞单细胞RNA测量的转录调控网络推断”聚焦于当前生物信息学与计算生物学中的前沿问题——如何从高度稀疏、技术噪声显著的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中准确推断基因之间的转录调控关系。...
基于GENIE3的转录因子调控网络分析与实现
GENIE3（GEne Network Inference with Ensemble of trees）是一种基于集成学习方法的基因调控网络推断算法，广泛应用于生物信息学、转录组分析和系统生物学领域。该算法的核心目标是从高通量基因表达数据（如RNA-seq...
GRN前沿：GNNLink：使用图神经网络从单细胞RNA-seq数据预测基因调控链
最新发布
qq_64411728的博客
02-15 779
简单介绍论文主体
MicroRNA与转录因子调控网络综述 (2014年)
04-25
MicroRNA是一类长度约为18-24nt的非编码小RNA，它在转录后水平通过调控靶基因来行使多种生物学功能，例如：细胞周期、分化、细胞增殖和凋亡等。在转录水平，转录因子作为一种重要的调控因子参与调控多种基因的表达。近些年研究表明转录因子可以直接调控miRNA的表达，并且参与了包括肿瘤疾病发生等多种生物学进程。转录因子与miRNA形成的调控网络已被广泛地研究，文中就目前已有的研究成果进行综述，以期为今后转录因子与miRNA调控通路的研究提供一定的理论基础。
基于单细胞多组学数据无监督构建基因调控网络
白景屹的博客
03-08 1633
结直肠癌是威胁人类生命健康的主要癌症之一，在所有癌症中排名前五，发病率和死亡率仍在增长。然而，阐明生物分子之间复杂的调控关系对结直肠癌的治疗具有重要的研究意义。基因调控网络GRN由调控因子（regulatory factors）和靶基因（target genes）组成。最常见的调控因子是转录因子（transcription factors），它可以通过控制复杂的细胞内相互作用来决定细胞的表型和命运。一旦调节过程发生变化，就会导致疾病出现。
TRRUST:人和小鼠的转录因子调控网络数据库
庐州月光的博客
11-04 1688
欢迎关注”生信修炼手册”!TRRUST数据库是一个记录转录因子调控关系的数据库，不仅包含转录因子对应的靶基因，也包含了转录因子间的调控关系。目前该数据库只存储了人和小鼠相关的调控信息，而...
【转录调控网络】典型的基因转录调控网络推导方法——贝叶斯网络
小哲的博客
10-24 3500
基因转录调控网络推导方法——贝叶斯网络 贝叶斯网络是一种因果关系网络，被认为是现今构建基因调控网络最有效的方法之一。 贝叶斯网络是指用图形来表示随机向量X=(X1,...,Xn)X=(X_1,...,X_n)X=(X1​,...,Xn​)的联合概率，其中变量表示基因。贝叶斯网络可以将基因调控关系用图表示出来，如图所示： 其中节点表示基因，边表示调控关系，从图中可以看出基因A和基因B共同调控基因C，基因C又协同基因D调控基因E，从而可以根据基因A和基因B的状态推导基因C的状态，再根据基因C的状态并结合基因D
【转录调控网络】典型的基因转录调控网络推导方法——布尔网络
小哲的博客
10-30 2167
基因转录调控网络推导方法——布尔网络 基因网络是由细胞中参与基因调控作用的DNA、RNA、蛋白质以及代谢中间物所形成的相互作用的网络。 基因网络是从分子层次上对生物系统进行研究的，其研究目标是通过基因之间的相互作用从系统的角度全面说明基因组的功能和行为以揭示复杂的生命现象。 基因网络有助于从基因组层次对生命过程进行详细的解释，从而达到系统地解释细胞活动、生命活动、解释疾病的发生、发展和治疗等目标。 基因网络是基因组学研究的重要内容，也是当前生物学研究的前沿，因此在研究生物体的生长、发育以及疾病等过程方面受
RNA 27 SCI文章中转录因子结合motif富集到调控网络 (RcisTarget)
weixin_41368414的博客
09-29 3231
转录因子结合motif富集到调控网络 (RcisTarget)
单细胞调控网路分析
aganlala的博客
04-09 1051
简介 组织内细胞异质性的基础是细胞转录状态的差异，转录状态的特异性又是由转录因子主导的基因调控网络（GRNs）决定并维持稳定的。因此分析单细胞的GRNs有助于深入挖掘细胞异质性背后的生物学意义，并为疾病的诊断、治疗以及发育分化的研究提供有价值的线索。然而单细胞转录组数据具有背景噪音高、基因检出率低和表达矩阵稀疏性的特点，给传统统计学和生物信息学方法推断高质量的GRNs带来了挑战。随着生物信息学的发展，研发了不少软件用于单细胞调控网络的分析，如软件SCENIC( Single-cell regulatory
SCS【14】单细胞调节网络推理和聚类 (SCENIC)
weixin_41368414的博客
11-30 2235
点击关注，桓峰基因桓峰基因公众号推出单细胞系列教程，有需要生信分析的老师可以联系我们！单细胞系列分析教程整理如下:Topic 6. 克隆进化之 CanopyTopic 7. 克隆进化之 CardelinoTopic 8. 克隆进化之 RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生SCS【2】单细胞转录组 之 cellrangerSCS【3】单细胞转录组数据 G...
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