Uniport数据库介绍与使用

最新推荐文章于 2025-10-25 22:40:59 发布
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Uniprot是一个整合EBI、SIB和PIR资源的全球蛋白质数据库，提供蛋白质序列、功能信息和研究论文索引。EBI位于英国剑桥，SIB在瑞士日内瓦维护ExPASy服务器，PIR则由NBRF创立，专注于蛋白质序列解析。该数据库是生物学研究的重要工具，支持蛋白质家族信息爬取、蛋白描述符计算和API访问。

  Uniprot （Universal Protein ）是包含蛋白质序列，功能信息，研究论文索引的蛋白质数据库，整合了包括EBI（ European Bioinformatics Institute），SIB（the Swiss Institute of Bioinformatics），PIR（Protein Information Resource）三大数据库的资源。

  • EBI（ European Bioinformatics Institute）：欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）是欧洲生命科学旗舰实验室EMBL的一部分。位于英国剑桥欣克斯顿的惠康基因组校园内，是世界上基因组学领域最强地带之一。
  • SIB（the Swiss Institute of Bioinformatics）：瑞士日内瓦的SIB维护着ExPASy（专家蛋白质分析系统）服务器，这里包含有蛋白质组学工具和数据库的主要资源。
  • PIR（Protein Information Resource）：PIR由美国国家生物医学研究基金会（NBRF）于1984年成立，旨在协助研究人员识别和解释蛋白质序列信息。

参考文献

[1]从uniprot网站上爬取蛋白质家族信息
[2]计算蛋白描述符——uniprot 批量下载蛋白fasta文件
[3]初识Uniprot API
[4]一文极速读懂 Uniprot 蛋白质数据库

uniprot蛋白序列数据库，蛋白质结构数据库PDB；pymol pse格式
weixin_42357472的博客
01-05 2299
很多时候，蛋白晶体结构中不只是蛋白，还可能有核酸、多肽、辅酶、小分子化合物（抑制剂、拮抗剂、激动剂、底物）、助溶剂、表面活性剂、金属离子和水分子以及其他分子；在PDB数据库的蛋白详情页内有详细记录，我们需要了解各组分是什么物质，各自的作用是什么，哪个是共晶配体。一些很小的分子，数量很多的分子，结合在很浅的蛋白表面的分子，通常不会是配体分子（但也有例外）。还有一些名称非常常见的，比如：GOL、ACT、PEG、SO4等等，这些只是蛋白结晶所需要的或者在溶液中存在的分子，不是真正意义上的配体分子。
蛋白质数据库UniProt介绍
qq_27390023的博客
04-30 1687
UniProt 是全球最权威、最广泛使用的蛋白质序列与功能信息数据库。
如何批量获取蛋白质序列的所有结构域（domain）数据-2
最新发布
weixin_62528784的博客
10-25 1004
蛋白质结构域脚本获取，上一篇博客的下半部分，其实就是同一篇博客分开成两篇，不然图片就失效了
一文读懂 UniProt 数据库（2025 最新版）
Baimoc
01-17 2万+
Uniprot （*Universal Protein* ）是包含蛋白质序列，功能信息，研究论文索引的蛋白质数据库，整合了包括EBI（ European Bioinformatics Institute），SIB（the Swiss Institute of Bioinformatics），PIR（Protein Information Resource）三大数据库的资源。
Uniprot数据库
weixin_30847939的博客
04-13 8657
Uniprot数据库是Universal Protein的英文缩写，是信息最丰富、资源最广的蛋白质数据库。 UniprotKB由两部分组成： UniProtKB/Swiss-Prot 高质量的、手工注释的、非冗余的数据集，这些数据都是由质量保证的。 UniProtKB/TrEMBL 该数据集包含高质量的计算分析结果，需要我们手工注释。 当我们搜索蛋白质时，就会如下...
解析Uniprot数据库数据|Python
weixin_42038527的博客
02-19 1611
UniProtKB提供蛋白质序列、物种来源、功能等注释，并引 入注释评分来表示蛋白质注释完备程度和研究的丰富程度。
一文极速读懂UniProt数据库
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生信蛋白分析数据库与ID转换
aiia18的博客
09-01 3450
蛋白质常用数据库提供了蛋白分析的许多极为重要的参数，也有助于药物的开发。
生信数据库ID总结及转换方法
weixin_54199212的博客
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生信数据库ID总结及转换方法（待补充）
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m0_46431488的博客
11-08 3997
一文学会UniProt数据库（新版/附图文）
全球蛋白资源数据库UniProt
microbiology的专栏
03-15 2万+
    UniProt 是一个集中收录蛋白质资源并能与其它资源相 互联系的数据库 ， 也是目前为止收录蛋白质序列目录最广泛 、 功能注释最全面的一个数据库 。 UniProt 是由欧洲生物信息学研究所（European Bioinformatics Institute）、美国蛋白质信息资源（Prontein Information Resource）以及瑞士生物信息研究所（Swiss Instit
uniprot-rest-api:UniProt网站开发的后端服务
03-18
UniProt REST API UniProt网站开发的后端服务
get-uniprot:使用Uniprot API捕获查询蛋白序列的简单Python CLI
04-13
Get-Uniprot：用于获取蛋白质序列的简单Python CLI。 :dna: 先决条件： Python> = 3.6 快速开始： pip install get-uniprot 用法： Usage: uniprot [OPTIONS] QUERY Arguments: QUERY The Protein Name. Options: -o, --organism TEXT Name of organism. -f, --file Output sequence to .fasta file. --help Show this message and exit. 例如 uniprot -q eEF1A -o 'S. cerevisiae' > eEF1A.fasta 输出： 如果提供-f，命令将向外壳输出序列，
Uniprot 数据库-最常用的蛋白质数据库
weixin_34200628的博客
05-15 7965
Uniprot 数据库是收录信息最全面的蛋白质数据库，包含swissport, uniparc, TrEMBL 3个子数据库； 其中swiss-prot 是手工核对过的 ，非冗余， 有详细注释信息的蛋白数据库，也是最常用的数据库； 该数据库收录了不同物种的蛋白信息，以人类为例， 数据库中可以看到如下的信息： http://www.uniprot.org/uniprot/?query=*&f...
【生物医学】蛋白数据库UniProt综述及结构图谱
黑符石笔记集
10-27 2754
本文主要分享蛋白数据库UniProt的基本综述的图谱，包含数据库的基本介绍以及组成部分两大块内容，方便大家对这个库能够快速了解。图谱来源主要出自博客【全球蛋白资源数据库UniProt】一文，在此表示感谢。 关于本图谱，请从此【传送门】进入下载。 ...
uniprot数据库转换ID功能
hgz2020的博客
08-16 2665
uniprot
uniPort: A unified computational framework for single-cell data integration with optimal transport
土豆大叔的博客
10-01 1411
UniPort算法用于集成单细胞RNA和ATAC数据，然后用集成的数据进行下游分析和应用
初识Uniprot API
weixin_30879169的博客
07-11 2487
Uniprot，全名Universal Protein，其整合了Swissprot、TrEMBL和PRI-PSD三大数据库，是目前使用非常广泛的蛋白质数据库 常规物种的蛋白质组学研究一般会使用Uniprot数据库的蛋白序列作为查库序列，因此蛋白组学的结果常以uniprot ID作为识别ID，而且Uniprot数据库还与其他公共库进行了关联，丰富了蛋白相关的信息 这里主要是对Unipr...
UniportAPI学习笔记
whython的博客
04-14 2028
Uniport的API是一种Result类API，这类API的特点是利用URL进行数据与信息的专递，返回信息通常为json或者XML等信息。uniport的API也继承了这个特点。在Uniport的API中我们尽量只对json类信息进行操作，因此接下来只会讲解json类信息的特点和如何使用及访问。以下的所有代码中都默认有库。
uniport id转化gene name
05-12
<think>好的，我现在需要帮用户将UniProt ID转换为基因名称。首先，我得回想一下常用的生物信息学工具和数据库，可能涉及到的资源有UniProt自身、BioMart、DAVID、R包或是Python库等等。用户可能是在处理组学数据，比如蛋白质组学结果，需要将UniProt的条目对应到基因名称，以便后续分析，比如富集分析或可视化。 首先，UniProt官网肯定是最直接的途径，用户可以直接搜索UniProt ID，然后在条目中找到对应的基因名称。不过如果用户需要批量转换，手动操作就不现实了，这时候可能需要用编程方法或者工具。比如，使用Biopython的UniProt模块，或者通过API批量获取数据。例如，用Python写个脚本，读取ID列表，然后调用UniProt的接口获取信息，提取基因名称。 另外，BioMart也是一个常用的工具，特别是整合了Ensembl的数据，用户可以选择数据集，比如UniProtKB，然后输入ID列表，选择输出基因名称，然后导出结果。这个方法适合不熟悉编程的用户，通过网页界面操作。 还有DAVID这样的注释工具，可能用户之前用来做功能分析，它同样支持ID转换，上传ID列表后选择对应的数据库进行转换。不过DAVID有时候需要注册，可能会有访问限制。 另外，R语言中的org.Hs.eg.db这样的注释包，如果用户习惯用R的话，可以使用mapIds函数来转换。这对于已经在R环境中处理数据的用户比较方便，无需切换工具。 需要注意的问题可能有ID的版本问题，比如有些UniProt ID可能带有版本号，需要去除。另外，不同物种的数据要选择正确的数据库，比如人类和小鼠的基因名称不同。此外，有些UniProt ID可能对应多个基因名称，或者存在过时的情况，需要确认数据库的更新状态。 用户可能的深层需求是批量处理，或者整合到自动化流程中，因此提供多种方法，包括在线工具和编程脚本会更全面。另外，可能需要提醒用户注意数据更新和ID的对应准确性，避免后续分析出错。</think>### UniProt ID转换基因名称方法详解 #### 一、通过UniProt官网直接查询 1. 访问[UniProt数据库](https://www.uniprot.org/) 2. 在搜索栏输入UniProt ID（如P04637） 3. 在条目页面的"Gene Names"字段即可获取基因名称（如TP53） 4. 支持批量查询（每次最多100个ID）[^1] #### 二、使用BioMart工具 ```python # 安装biomart包 from biomart import BiomartServer server = BiomartServer("http://www.ensembl.org/biomart") mart = server.datasets['hsapiens_gene_ensembl'] response = mart.search({ 'filters': { 'uniprotswissprot': ['P04637', 'Q9Y6K9'] }, 'attributes': [ 'uniprotswissprot', 'external_gene_name' ] }) for line in response.iter_lines(): print(line.decode('utf-8')) ``` #### 三、使用DAVID数据库 1. 访问[DAVID官网](https://david.ncifcrf.gov/) 2. 选择"Gene ID Conversion"工具 3. 上传UniProt ID列表 4. 选择UNIPROT_ACCESSION为输入类型 5. 输出选择OFFICIAL_GENE_SYMBOL[^2] #### 四、R语言实现方案 ```r # 安装必要包 if (!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("org.Hs.eg.db") library(org.Hs.eg.db) # 输入UniProt ID uniprot_ids <- c("P04637", "Q9Y6K9") # 转换操作 mapIds(org.Hs.eg.db, keys = uniprot_ids, column = "SYMBOL", keytype = "UNIPROT", multiVals = "first") ``` #### 注意事项 1. 注意ID版本差异（如含有"-1"后缀的ID需去除） 2. 不同物种需选择对应数据库（人类/小鼠/大鼠等） 3. 约5%的条目可能存在多个基因名称[^3] 4. 建议定期更新本地数据库（至少每季度更新）
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