基于numpy的基因序列比对算法NeedlemanWunsch

Q.1

于 2020-01-09 16:16:42 发布

阅读量1.2k

点赞数 3

分类专栏：生物信息

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/yuqiuwang929/article/details/103910522

版权

这是基于动态规划的一种文本比对算法，常用于基因组序列的比对。

比如基因组上有一段序列为ATCGATCTGT，我需要比对的序列为ATCCATCAG，那么首先需要构建一个初始的打分矩阵：

               A.   T.   C.   G.   A.   T.   C.   T.   G.   T.   
      [[  0.  -1.  -2.  -3.  -4.  -5.  -6.  -7.  -8.  -9. -10.]
A.     [ -1.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.]
T.     [ -2.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.]
C.     [ -3.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.]
C.     [ -4.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.]
A.     [ -5.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.]
T.     [ -6.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.]
C.     [ -7.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.]
A.     [ -8.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.]
G.     [ -9.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.]]

然后从第二列第二行开始遍历矩阵，分别从左边，上面，斜上角往该格子进行计算。match则加1，mismatch则减1，左边和上边过来的数都为gap减1，然后这个格子取三个方向