VASP 系列001. 高通量计算 Python 库 pymatgen 安装和一些使用(用 pymatgen 画 HSE 能带的细节和输出图片字体的简单调整)

本文介绍如何使用pymatgen库在Windows环境下进行材料科学计算中的能带结构与态密度图绘制。从软件安装配置到具体代码实现,包括Anaconda与Visual Studio的安装、KPOINTS文件编辑及Python脚本编写等步骤。

一、安装

0. 作者
  • Author: Zhi-Yong Chen
  • Source: Experience of failure
  • date: 09.25.2020
  • 注意: 截至今天,可以安装日期前的最新版

1. 系统

windows 7


2. 环境
  1. anaconda 3.7

安装最新版即可,网址: https://www.anaconda.com

  • 注意: 需要设置添加到系统路径

  1. C++14 或以上

安装 Visual Studio 2015 或以上
Windows 10 系统建议直接安装官网最新的 Visual Studio 2019+,网址:

https://visualstudio.microsoft.com/zh-hans/downloads/

可能是 Windows 7 的原因,我的电脑无法安装 Visual Studio 2019+ 版本。
Visual Studio 2015 安装:

百度网盘-链接:https://pan.baidu.com/s/14Hk72X2vNObBFspc23Tnqg 
提取码:fzpu

备注:文件为压缩包,没有设密码
  • 注意:安装好 Visual Studio 后,要测试一个简单的 C++ 程序,确保C++14 已被安装

3. 安装 pymatgen
  1. 打开 Python 命令行
  2. 安装依赖库 ase:
pip install ase
  1. 安装 pymatgen
pip install pymatgen
  1. 进入 ipython 测试 pymatgen
In [1]: import pymatgen





二、使用

  1. 准备输入文件 (vasp 结果文件,注意:最好 INCAR 设置 LORBIT=11, 全部文件放置在同一个文件夹,我记为 HSE_example) 。下面是计算 HSE 能带的一个例子:

KPOINTS
POTCAR
vasprun.xml

  • 如图:
    在这里插入图片描述

  • 其中 KPOINTS 需要修改
# KPOINTS Parameters to Generate KPOINTS (Don't Edit This Line):   0.040  0.040    8   59   3  22  12  25
    67
Reciprocal lattice
    0.00000000000000    0.00000000000000    0.00000000000000     1
    0.14285714285714    0.00000000000000    0.00000000000000     6
    0.28571428571429    0.00000000000000    0.00000000000000     6
    0.42857142857143    0.00000000000000    0.00000000000000     6
    0.14285714285714    0.14285714285714    0.00000000000000     6
    0.28571428571429    0.14285714285714    0.00000000000000    12
    0.42857142857143    0.14285714285714    0.00000000000000     6
    0.28571428571429    0.28571428571429    0.00000000000000     6
    0.00000000000000    0.00000000000000    0.00000000000000     0      G
    0.02380952380952    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.04761904761905    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.07142857142857    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.09523809523810    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.11904761904762    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.14285714285714    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.16666666666667    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.19047619047619    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.21428571428571    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.23809523809524    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.26190476190476    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.28571428571429    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.30952380952381    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.33333333333333    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.35714285714286    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.38095238095238    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    
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