GWAS分析中显著位点如何注释基因：excel？？？

大家好，我是邓飞。

今天星球的小伙伴问了一个问题：

我现在在做GWAS分析，现在已经找到性状关联的SNP位点，下一步我如何根据position 找到基因呢？

关于基因注释，之前写过一些博客，可以用到的软件有：ANNOVAR、Bedtools，今天回答了这个问题，感觉excel也可以做基因注释了。

下面，对我的回答进行进一步的阐述。

1. GWAS分析

GWAS分析，之前写过一个Cookbook，包括方方面面的内容了，如果是小白，推荐一遍看配套的视频，一遍敲代码学习：

录制了配套的视频教程，前面的数据下载、软件安装、环境配置等相关视频免费观看，后面的付费观看。对于想要快速学习的小白，视频+代码+数据+实操+技术支持，是比较快的一条路。 

                                          （扫码查看视频教程）

2，显著SNP位点

做完GWAS分析后，确定阈值，然后小于阈值的位点都是显著性位点，显著性位点最重要的两个信息：

• 染色体

• 物理位置

有时候还包括snp的名称，但是不是必填项，只需要上面两个信息，就可以知道显著snp在基因组上的位置了。

3，配套基因组的gff文件

一般，有基因组数据的物种，有基因组的版本，还有配套的gff或者gff3格式的文件，文件的内容里面有：

• 染色体

• 基因起始位置

• 基因终止位置

• 基因功能描述

• ……