邓飞----育种数据分析之放飞自我

这里，记录一下vcftools的安装教程。https://vcftools.github.io/examples.html下载到本地，上传到服务器中。2. 解压缩 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip cd vcftools-vcftools-581c231/3. 安装 bash autogen.sh./configure makemake install安装完成日志： /usr/bin/mkdir -p

事情是这个样子的：今天，我像往常一样提取基因组的样本，我有一堆样本的ID，需要从所有的基因型的文件中提取出来。以前我都是使用R语言，将基因型数据读进去，将所要提取的ID文件读进去，然后，我就有很多方法提取了 ，比如用match匹配位置，然后提取写出。比如用merge或者left_join提取写出。比如用%in%提取写出。我有很多方法处理它，但是我今天想用grep函数，因为我知道grep -f file1 file2可以根据file1的内容提取筛选file2.为什么我今天不用R语言处理了呢？因

寻找py的脚本find ./ -name "*py"寻找R脚本find ./ -name "*R"即寻找py脚本又寻找R脚本注意，这里用-o表示或 find . -name "*py" -o -name "*.R"

报错类型解决方案：1，再打开一个vscode窗口2，快捷键：ctrl + shift + p3，键入Remote-SSH:Open打开config文件，配置文件：4，打开链接的服务器，查看hostname,ip和你的用户名配置如下：这里，我的信息：Host： nyHostName ： ip地址User： 用户名不用纠结为何服务器文件不在左边显示vscode应该是升级了，点击ctrl + o选择文件夹，不香么？？？...

尝鲜一时爽，回头火葬场前几天尝试了zsh，风格很炫酷，但是目录切换以及目录提示太过温馨，让我怀念起bash的简朴，我就想回到bash。虽然我知道，bash直接就可以回到，但是我不想默认zsh了。1. 卸载zsh离别的话：和平分手！Oh My Zsh isn’t for everyone. We’ll miss you, but we want to make this an easy breakup.If you want to uninstall oh-my-zsh, just run uni

问题描述现有几个文件和一个文件夹，想把这几个文件，放到文件夹中。常规操作(base) [dengfei@ny01 a]$ mv * testmv: 无法将目录"test" 移动至自身的子目录"test/test" 下结果也成功了，但是出现报错：mv: 无法将目录"test" 移动至自身的子目录"test/test" 下将test排除mv `ls|grep -v "test"` ...

命令top cPID, 任务的ID号，可以用于killUSER，用户名，这里dengfei是我的用户名PR ：优先级NI ：负值表示高优先级，正值表示低优先级。VIRT ：虚拟内存RES ： 真实内存SHR ：共享内存S ：进程状态 D=不可中断的睡眠状态； R=运行； S=睡眠 ；T=跟踪/停止； Z=僵尸进程虚拟内存，真实内存，共享内存的关系VIRT=RES+SH...

报错信息：Failed to start Install ABRT coredump hookFailed to start Login Service解决方案：使用U盘系统，进入系统文件，找到服务器的硬盘新建一个文件夹new（如果没有权限，使用sudo mkdir new），将文件挂载到new上mount /dev/mapper/centos-root new，进入new修改...

1. cygwin软件下载download cygwin下载到本地：2. 软件安装2.1 双击软件：2.2 点击下一步2.3 点击下一步2.4 在D盘新建一个文件夹cygwin-download用来储存下载的文件2.5 选择镜像镜像地址：http://mirrors.163.com/cygwin/2.6 一直点击下一步，安装完成3 测试...

1. 安装插件：macros2. 设置setting.json添加如下代码： "macros": { // update: requires macros extension by publisher:"geddski" "pythonExecSelectionAndCursorDown": [ "python.execSelectionI...

0. 学习文档市面上很多Julia的书籍，都是旧版本的，Julia要到1.0以后语法才算稳定，所以最好的资料是官方文档，幸运的是[Julia有中文社区]：(https://docs.juliacn.com/latest/)：https://docs.juliacn.com/latest/，里面有很多东西可以学习。1. hello world记得我初学习Perl语言时, 要打印Hello w...

报错类型there was a problem importing one of the Python modules required to run yum. The error leading to this problem was: /root/anaconda3/lib/liblzma.so.5: version `XZ_5.1.2alpha' not found (required b...

示例代码想要实现的目标:1, 有0-9, 10个文件夹2, 依次进入文件夹, 执行run.sh脚本, 因为运行时间长, 想用nohup run.sh &放到后台, 同时保存运行日志nohup.outfor i in [0-9]*; #1 do cd $i; #2 nohup run.sh &; #2 cd ../;done报错因为...

问题描述curl: (77) error setting certificate verify locations: CAfile: /root/anaconda3/ssl/cacert.pem CApath: nonecurl: (77) error setting certificate verify locations: CAfile: /root/anaconda3/ssl...

背景现在有6个文件夹，每个文件夹中有一些文件，想把这些文件提取到一个新的文件夹中。1. ls 与xargs1.1 ls结果(base) [dengfei@localhost f90]$ ls y[1-6]/y[1-6]_f90_blup_ggp.csvy1/y1_f90_blup_ggp.csv y4/y4_f90_blup_ggp.csvy2/y2_f90_blup_ggp.csv...

模拟一套数据, 5个世代, 最后三代有基因型数据, 每个世代400个个体, SNP为50K1. blupf90构建G矩阵的PCAblupf90如果想要进行GBLUP分析, 不写系谱信息即可, 示例par文件:DATAFILEdat_f90.txtTRAITS10 # This is column 10 (phenotype) from QMSim data fileF...

软件介绍基因组选择中， 有时候测量了很多家系，如果想看一下这些家系的分类情况，可以使用软件对其进行分群。一般使用的软件就是STRUCTURE，但是STREUTURE运行速度极慢，admixture凭借其运算速度，成为了主流的分析软件。下面介绍一下admixture的使用方法。官方网址Admixturehttp://software.genetics.ucla.edu/admixture/d...

GCTA介绍在群体遗传中，GCTA中做PCA非常方便, 下面介绍一下GCTA的安装方法.安装命令使用conda进行安装conda install -c biobuilds gcta 安装成功测试这里, 应该键入gcta64, 而不是gcta(base) [dengfei@localhost bin]$ gcta64********************************...

Windows和Linux系统，升级R语言后利用之前R包。永久性的修改。

运行下面命令:R -e "rmarkdown::render('script.Rmd',output_file='output.html')"例子文件: script.Rmd### 我是谁?> dengfei### 来干嘛> 演示如何通过命令行调用rmarkdwon脚本,并生产html### 来个例子 ```{r} example(plot) ...

需要安装Java在windows10系统上, 记录安装过程.主要包括:下载软件安装配置环境变量测试是否安装成功1. 下载链接Java_JDK:https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk12-downloads-5295953.html点击: Accept License...

admixture 运行示例数据报错：dengfei@DESKTOP-PJ6RTVA:~/admixture_linux-1.3.0$ ./admixture hapmap3.bed 3**** ADMIXTURE Version 1.3.0 ******** Copyright 20...

PIBLUP软件github地址PIBLUP下载安装MKLMKL是Intel的库,需要注册, 下载安装 下载软件, 解压, 进入路径:cd l_mkl_2018.3.222/然后键入下面命令进行安装./install.sh安装MPIyum install mpich动物模型(带系谱)模型 yijk=sexi+birtthMonj+birt...

记录一下安装流程, 参考官方文档1. 打开powershell, 使用管理员权限运行2. 运行命令Enable-WindowsOptionalFeature -Online -FeatureName Microsoft-Windows-Subsystem-Linux然后重启电脑....

插件crx文件:以markhere.crx插件为例, 下载:http://blog.sciencenet.cn/blog-2577109-1137128.html报错类型:解决方法:1, 将crx后缀改为zip后缀2, 解压文件夹文件内容:3, 回到更多工具–扩展程序(E)选择加载已解压的扩展程序4, 安装成功...

两者都可以调用系统命令，1. 单独调用两者结果完全一样。[root@izwz91rruliuj88pj4zsw0z ~]# echo `pwd`/root[root@izwz91rruliuj88pj4zsw0z ~]# echo $(pwd)/root2. 嵌套调用$()结果正确, 反引号结果不正确当前目录:root@iZhtbq9i9lb77uZ:/home/dengfe...