【GEO Database - 1】用Bionconductor的affy包处理.cel文件

背景介绍：Affymetrix的探针（probe）一般是长为25碱基的寡聚核苷酸；探针总是以perfect match 和mismatch成对出现，其信号值称为PM和MM，成对的perfect match 和mismatch有一个共同的affyID。

CEL文件：信号值和定位信息。
CDF文件：探针对在芯片上的定位信息

affy包是R语言的bioconductor系列包的一个，就一个功能，读取affymetix的基因表达芯片数据-CEL格式数据，处理成表达矩阵！！！（转）

一、从GEO查询GSE65496,并下载GSE65496_family.soft和原始数据（.cel格式）

我直接进入NCBI官网->GEO Database -> 搜索GSE65496后下拉至页面底部进行下载
但是 不推荐！！！
建议直接安装GEOquery包进行下载

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
    BiocManager::install("GEOquery")
library("GEOquery")
getGEOSuppFiles("GSE65496")
##解压
untar("GSE46106_RAW.tar")

二、仔细研读soft格式文件

#是对平台的描述
数据从ID那一行开始

我们要用到标绿的那三列（ID，GeneSymbol，ENTREZ_GENE_ID）

三、用Bionconductor下的affy包下函数处理.cel文件，得到探针表达值

1.用Bioconductor中的相应包对表达谱数据做质量分析

首先，安装affy包，读取.cel文件

if (!requireNamesp