R语言 生物分析 CEL 文件是 **Affymetrix 基因芯片的原始扫描文件**，全称 **Cell Intensity File**。

CEL 文件是 Affymetrix 基因芯片的原始扫描文件，全称 Cell Intensity File。

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🔍 一句话理解

它保存了 芯片上每一个探针的荧光强度值，是 最原始、未经过任何处理 的数据。

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📁 CEL 文件里有什么？

内容	说明
探针坐标	芯片上每个探针的 X, Y 位置
荧光强度值	对应探针的原始像素强度（通常是 16-bit 灰度）
标准差	该探针区域内像素强度的标准差
像素数	用于计算该探针强度的像素个数

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🧪 常见场景

• 平台：Affymetrix HG-U133_Plus_2、HG-U133A、Gene 1.0 ST、Clariom S 等；
• 下载地：GEO → Supplemenary file → *.CEL 或 CEL.tar；
• 用途：
  • 用 affy 包 justRMA() → 直接得到 RMA 标准化表达矩阵；
  • 用 oligo 包 → 支持更新一代芯片（Gene/ST/Clariom）；
  • 用 Affymetrix Power Tools → 命令行级别处理。

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🧩 与其他文件区别

文件	级别	是否原始	是否可直接用
CEL	探针级	✅ 原始	✅ 推荐
CHP	探针组级	❌ 已分析	❌ 不常用
TXT	表达矩阵	❌ 已标准化	⚠️ 可能用旧算法

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✅ 总结一句话

CEL = Affymetrix 芯片的“底片”，拿到它才能用 RMA/MAS5/PLIER 等算法重新标准化，保证不同数据集间可比。