linux系统部署miniconda环境

最新推荐文章于 2025-06-06 20:40:03 发布

小风-Protocal

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文章标签： linux conda

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/wzdnbawkwhwnzz/article/details/132360420

本文详细介绍了如何在Linux系统中下载、安装Miniconda，配置环境变量，添加国内镜像源，创建并激活conda工作环境，以满足Python版本需求，如bwa等软件的安装和使用。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

linux系统部署miniconda环境

miniconda下载

清华大学开源软件镜像站|Tsinghua Open Source Mirror

miniconda安装与环境部署

下载最新miniconda-linuxX86-64位版本，或复制链接，使用终端wget方法下载

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh

终端运行命令安装miniconda

bash Miniconda3-py39_23.5.2-0-linux-x86_64.sh

为安装好的miniconda配置环境变量

vi ~/.bashrc   # 编辑环境变量文件，添加如下代码，路径为miniconda的安装路径
export PATH="/home/xxx/miniconda/bin:$PATH"

此时进入终端，conda命令已经可以自动补全
查看conda环境配置

conda config --show

发现没有国内下载源，也没有bioconda源

配置国内源

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/clouconda config --add channels 

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

conda config --set show_channel_urls yes

创建conda工作环境
本人使用的环境对python版本有要求，可根据自己需求安装不同版本的python

conda create -n ran-seq python=2 bwa
用于转录组分析的软件大部分为python2版本，如bwa

环境安装好之后，命令行输入bwa，没有该命令，是因为现在还在linux基本环境，不在新创建的环境里

激活新创建的环境

conda activate rna-seq

此时输入bwa，命令行已经可以自动补全

miniconda环境已经搭建好了。