linux系统部署miniconda环境

linux系统部署miniconda环境

miniconda下载

清华大学开源软件镜像站|Tsinghua Open Source Mirror

miniconda安装与环境部署

1. 下载最新miniconda-linuxX86-64位版本，或复制链接，使用终端wget方法下载

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh 

2. 终端运行命令安装miniconda

bash Miniconda3-py39_23.5.2-0-linux-x86_64.sh

3. 为安装好的miniconda配置环境变量

vi ~/.bashrc   # 编辑环境变量文件，添加如下代码，路径为miniconda的安装路径
export PATH="/home/xxx/miniconda/bin:$PATH"

4. 此时进入终端，conda命令已经可以自动补全

5. 查看conda环境配置

conda config --show

发现没有国内下载源，也没有bioconda源

6. 配置国内源

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/clouconda config --add channels 

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

conda config --set show_channel_urls yes

7. 创建conda工作环境
   本人使用的环境对python版本有要求，可根据自己需求安装不同版本的python

conda create -n ran-seq python=2 bwa
用于转录组分析的软件大部分为python2版本，如bwa

环境安装好之后，命令行输入bwa，没有该命令，是因为现在还在linux基本环境，不在新创建的环境里

8. 激活新创建的环境

conda activate rna-seq

此时输入bwa，命令行已经可以自动补全

miniconda环境已经搭建好了。