全尺寸病理图像读取方法

全扫描（whole slide image）图像非常的大，处理起来比较麻烦，openslide提供了一个很好的接口，具体参考openslide官网http://openslide.org/api/python/

• 安装openslide-python，过程参考openslide python的安装及遇到的问题（Win10）

import openslide

• opensilde.OpenSlide(filename)——读取图像

slide = openslide.OpenSlide('path/to/img/1.tif')

或者

img_path = 'path/to/img/1.tif'
slide1 = openslide.OpenSlide(img_path)

• 图像的尺寸

print(slide.level_dimensions[0])

level_count是幻灯片中的级别数。级别从0（最高分辨率）到 level_count - 1（最低分辨率）编号。dimensions[0] 就表示在0级别下，也就是最高分辨率的情况下slide的宽和高（元组）

downsamples代表的将原始WSI图像进行缩放的倍数，与level_dimentions是相对应的：

# 原始图像经各个level水平缩放后的长和宽
In [10]: slide.level_dimensions
Out[10]:
((97792, 221184),
 (48896, 110592),
 (24448, 55296),
 (12224, 27648),
 (6112, 13824),
 (3056, 6912),
 (1528, 3456),
 (764, 1728),
 (382, 864),
 (191, 432))

# downsamples，下采样因子，将原始WSI图像进行缩放的倍数，与level_dimentions是相对应的
In [12]: slide.level_downsamples
Out[12]: (1.0, 2.0, 4.0, 8.0, 16.0, 32.0, 64.0, 128.0, 256.0, 512.0)
 
# level_dimentions图像的长宽乘以对应的level_downsamples的缩放倍数，可以得到原始图像大小
In [16]: np.array(slide.level_dimensions[-1])*slide.level_downsamples[-1]
Out[16]: array([ 97792., 221184.])

get_best_level_for_downsample(downsample) ：对给定的下采样因子返回一个下采样级别，参数downsamples必须是浮点数

slide_downsamples = slide.get_best_level_for_downsample(5.0)
print slide_downsamples
上述代码得到  2 

• patch = numpy.array(slide.read_region(起始点坐标, 选取的图像等级, 选取的图像等级下的宽高))，
  read_region(location, level, size) 返回一个RGBA图像，包含指定区域的内容。

tile = numpy.array(slide.read_region((0,0),6,slide.level_dimensions[6]))

• get_thumbnail(size) 返回一个缩略图的RGB图像，size为（width，height）元组

slide_thumbnail = slide.get_thumbnail(slide.level_dimensions[6])