python slides用法_openslide-python使用心得

全扫描(whole slide image)图像非常的大，处理起来比较麻烦，openslide提供了一个很好的接口，具体参考openslide官网http://openslide.org/api/python/

首先先导入模块，这里是openslide-matlab的安装 http://www.linuxidc.com/Linux/2017-09/147187.htm

安装openslide-python下面两个命令就可以了

sudo apt-get install openslide-tools

sudo apt-get install python-openslide

import openslide

(1)、opensilde.OpenSlide(filename)——读取图像

slide = openslide.OpenSlide(‘/media/xhj/LENOVO/data/Metastasis/Tumor_005.tif’)

slide = openslide.OpenSlide('/media/xhj/LENOVO/data/Metastasis/Tumor_005.tif')

(2)、close()——关闭图像

slide.close()

slide.close()

level_count——这里没理解slide级别数是什么意思，代码返回为10,可能应该是slide的层数，比如40倍，20倍，10倍等有多少层

level_count = slide.level_count

print ‘level_count = ‘,level_count

level_count = slide.level_count

print 'level_count = ',level_count

上述代码得到 level_count = 10

(3)、dimensions (width， height)在0级别下，也就是最高分辨率的情况下slide的宽和高(元组)

[m,n] = slide.dimensions #得出高倍下的(宽，高)(97792,219648)

print (m,n)

[m,n] = slide.dimensions #得出高倍下的(宽，高)(97792,219648)

print (m,n)

上述代码得到 (97792, 219648)，图像够大的

(4)、level_dimensions[k] 得到(width， height)元组，k下级别k，是指在k水平下的下面举例就知道k的意思，每张全扫描最高级别是0，也就是最高分辨率，这个分辨率在不同的全扫描图片中是不一样的，有的第0层是40倍，第二层是10倍，而有的第0层是20倍，第二层是10倍，k指对应的层数

[m1,n1] = slide.level_dimensions[1] #级别k，且k必须是整数，下采样因子和k有关

print (m1,n1) # m1 = m/下采样因子 此时k为1

[m1,n1] = slide.level_dimensions[1] #级别k，且k必须是整数，下采样因子和k有关

print (m1,n1) # m1 = m/下采样因子 此时k为1

上述代码得到 (49152, 110080) 如果k为2 得到 (24576, 55296) k为3得到 (12288, 27648)

(5)、level_downsamples 每一个级别K的对应的下采样因子，下采样因子应该对应一个倍率

slide_level_downsamples = slide.level_downsamples[2]

print slide_level_downsamples

slide_level_downsamples = slide.level_downsamples[2]

print slide_level_downsamples

上述代码得到 3.97569444444

(6)、get_best_level_for_sownsample(downsample) 对给定的下采样因子返回一个下采样级别，downsamples必须是浮点数

slide_downsamples = slide.get_best_level_for_downsample(5.0)

print slide_downsamples

slide_downsamples = slide.get_best_level_for_downsample(5.0)

print slide_downsamples

上述代码得到 2

(7)、read_region(location, level, size) 返回一个RGBA图像，包含指定区域的内容。location指0级别下左上角位置的坐标，元组，level指级别，整数，size是(width， height)是元组，

tile = numpy.array(slide.read_region((0,0),6, (1528,3432)))

plt.figure()

plt.imshow(tile)

pylab.show()

上述代码可以得到左上角坐标(0,0),6级别下，大小是(1528，3432)的图

(8)、get_thumbnail(size) 返回一个缩略图的RGB图像，size为(width，height)元组

slide_thumbnail = slide.get_thumbnail((1528,3432))

tile = numpy.array(slide_thumbnail)

# scipy.misc.imsave(‘/home/xhj/PycharmProjects/openslide-experiment/save/thumbnail.jpg’, tile)

plt.imshow(slide_thumbnail)

plt.imshow(tile)

pylab.show()

：http://www.linuxidc.com/Linux/2017-09/147188.htm