肺癌单细胞文献阅读1

写在前面

看点肺癌生信文献吧，只写点不了解的部分和觉得我认为有必要的部分，其余略过

文献

Single-cell RNA sequencing reveals distinct tumor
microenvironmental patterns in lung adenocarcinoma
IF:8.0 中科院分区:1区 医学 WOS分区:Q1

结论

1.heterogeneous carcinoma cell transcriptomes reflecting histological grade and oncogenic pathway activities, and two distinct microenvironmental patterns

introduction

癌由恶性上皮细胞、非恶性免疫细胞 、非恶性基质细胞。

result

1.肺腺癌的细胞多样性

b、c看数据有没有去除批次效应，d看临床和病理信息，和分为上皮、免疫、基质细胞的比例关系，bd一起看，可看到癌样本大多是上皮细胞，且上皮细胞的比例占比差异还很大。正常大多为免疫细胞。

2.看肿瘤上皮细胞概况

1.只提取上皮细胞，看肿瘤纯度>90%，根据拷贝数变异，拷贝数方法：For copy-number assignmen