R语言【GIFT】——GIFT_traits_tax()：分类水平上的性状

Package GIFT version 1.3.2

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Usage

GIFT_traits_tax(
  trait_IDs = "",
  agreement = 0.66,
  bias_ref = TRUE,
  bias_deriv = TRUE,
  api = "https://gift.uni-goettingen.de/api/extended/",
  GIFT_version = "latest"
)

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Arguments

参数【trait_IDs】：一个字符串，指示要检索的特性。性状必须属于可用性状列表。

参数【agreement】：同意聚合特征值的资源百分比，低于此阈值的条目将被省略。

参数【bias_ref】：当为FALSE时，排除仅基于可能引入偏见的资源的条目(例如，仅包含树的资源)。

参数【bias_deriv】：当为FALSE时，排除仅基于可能引入偏见的衍生的条目(例如，所有显生植物都是木质的，但一些生命形式是模糊的)。

参数【api】：定义从哪个API检索数据的字符串。

参数【GIFT_version】：定义要使用的GIFT数据库版本的字符串。该函数默认检索最新的稳定版本。如果设置为测试版，则使用最新的版本，该版本仍然可以进行更改和编辑。

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Details

以下是每一栏的详细信息：

taxon_ID：分类群的识别号

taxon_name：分类群的名称

agreement：不同来源对该性状值的一致性得分，只针对分类性状

references：特征值的来源(ref ID)

negative：记录是否表明taxon_ID中没有trait值

然后每一列都有各自的性状值

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Value

包含7列的长格式数据帧:taxon_ID、taxon_name、trait_value、agreement、references和negative。

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Example

ex <- GIFT_traits_tax(trait_IDs = c("1.2.1", "1.4.1"),
bias_ref = FALSE, bias_deriv = FALSE)