Nature Methods | 空间组学数据库推荐：SODB

最新推荐文章于 2025-05-16 14:20:22 发布
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分类专栏： 空间转录组 文章标签： 信息可视化
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SODB是一个综合性的空间组学数据库，旨在解决大量空间组学数据处理的挑战。它提供超过5000万细胞的数据，支持26种技术，数据已转化为Anndata格式，兼容多种分析工具。SODB具备快速浏览、可视化和处理数据的功能，包括基因空间表达分析、细胞类型注释等。此外，它还提供Python工具包pysodb，显著提高数据读取效率。尽管目前不支持用户直接上传数据，但开发团队计划每两周更新数据库并优化大规模数据处理能力。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

此前小编已经为大家介绍过两个空间组数据库SpatialDB和STomicsDB。2023年2月，《Nature Methods》发表了一个综合性的空间组学数据库：SODB。

为什么要搭建S

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sodb：单对象数据库
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单对象数据库 安装 npm install sodb --save 用法 import db from 'sodb' interface Record { name : string gender : string } const { add , findOne } = db < Record> ( ) add ( { name : 'bob' , gender : 'm...
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06-01
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不同空间技术的信息，包括轮廓分子的类型、分子特征的数量和空间分辨率。以及不同平台之间包含的空间技术的比较：SODB、STomicsDB、SpatialDB 和 SOAR。SODB还提供了一个独特的数据探索模块，称为空间组学视图（SOView）。， SODB的整体设计。六个六边形总结了SODB的六个特点。SODB包含各种类型的空间组学数据（），这些数据被处理并呈现为统一的Anndata格式（对于每个组，以不同颜色的标题显示更详细的信息。SODB支持交互式探索（）和自定义数据统计模块（）和交互式数据分析（
精准医疗、空间组学、细胞图谱，腾讯AI Lab用深度学习助力生命科学研究
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腾讯在医疗及生命科学领域已有多项探索。在临床诊断方面，许多疾病的分型无法通过免疫细胞和肿瘤细胞的各亚类的数量比例完成，SOTIP 前景是可以从微环境层面而不单单是细胞层面，识别不同肿瘤亚类的标志性微环境，从而对病人进行针对性治疗。据论文作者介绍，基于空间转录组的细胞类型注释对单个细胞中基因的特异性表达和细胞所处空间微环境展开研究，系统性地分类组织中的细胞类型，并统一描绘每一种细胞类型的分子特征以及它们在组织内的位置，这将改变我们对生物学和疾病的理解，并可能带来疾病诊断和治疗方式的重大突破。
空间转录组数据库汇总
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06-02 935
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2023年度“中国生物信息学十大进展”公布
悟道西方
03-30 1440
2023年度中医药十大学术进展发布 IMP 入选为推动我国生物信息学的学科发展和创新研究，充分展示和宣传我国生物信息学领域的重大研究成果，《基因组蛋白质组与生物信息学报（英文）》（Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 简称GPB）组织评选了2018年度、2019年度、2020年度、2021年度和2022年度“中国生物信息学十大进展”。在此基础上，GP...
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资源摘要信息:"SODB 南大洋数据库工具箱是一个专门为MATLAB环境开发的软件工具，旨在访问、内插和绘制南大洋数据库（Southern Ocean Data Base, SODB）中的数据。该工具箱由 David Gwyther 和 Chad Greene 开发，它...
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Python之三大基本库——Matplotlib
m0_61746796的博客
05-16 662
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描述性统计工具 - AxureMost 落葵网
2403_89245059的博客
05-13 949
描述性统计工具是用于汇总和分析数据，以更好地理解数据特征的工具。常见的工具包括Excel、Python、R语言、SPSS和Tableau等。Excel提供了基本统计函数和数据分析工具包，可以计算均值、中位数、标准差等，并生成统计报告和可视化图表。Python的Pandas和NumPy库支持高效的数据处理和数值计算，结合Matplotlib和Seaborn库可创建高质量的统计图表。R语言提供丰富的统计函数和ggplot2包，适合统计模型探索和数据可视化。SPSS具有用户友好的图形界面，适用于多种数据类型的描述
18.Excel数据透视表：第1部分创建数据透视表
weixin_74727170的博客
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单页字段的透视表，报表筛选区域用项1，2，3命名不同的数据源，不方便，所以创建自定义字段的数据透视表。表示报表筛选区域有1个字段，合并的数据透视表中报表筛选里面的字段叫页。页字段数目为0，所有合并的数据区域会被视为无分类的统一数据源，无法通过筛选器区分不同区域来源的原始数据。透视表仅显示“项1”“项2”等默认标签。页字段数目为1，允许为每个合并的区域自定义一个分类标签。例如，合并不同月份的数据时，可将每个区域标记为“1月”“2月”等。添加第一个区域后，在“字段1”输入“一组”。
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jieba库是一个高效的中文分词工具，广泛应用于中文自然语言处理（NLP）任务。它支持多种功能，包括分词、自定义词典、关键词提取、词性标注和并行分词。jieba库的核心函数包括jieba.cut()、jieba.lcut()、jieba.cut_for_search()等，用于精确模式、全模式和搜索引擎模式的分词。此外，jieba还支持通过jieba.load_userdict()加载自定义词典，以及通过jieba.add_word()和jieba.del_word()动态调整词典。关键词提取功能基于TF-
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酷教程
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简约风格，黑白灰主色调，大标题“SIMPLE”和英文短句，多页缩略图展示，目录页，螺旋楼梯、黑胶唱片等图标，文字多为英文占位符，部分中文示例，布局简洁。202X极简画册，灰白主色调，黑白摄影图片（船只、古建筑），标题框，占位文字如“TITLE HERE”，进度数据“99%”商务通用模板，淡绿色森林背景，中英文标题，几何三角形装饰，图表页、人物页、花卉装饰，色调浅灰、白、淡绿。黑白极简，标题“201X 黑白极简简约”，目录，章节内容，讨论图片和流程图，黑色三角形装饰。
基于Java的不固定长度字符集在指定宽度和自适应模型下图片绘制生成实战
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在当今数字化与信息化飞速发展的时代，图像的生成与处理技术正日益成为众多领域关注的焦点。从创意设计到数据可视化，从游戏开发到人工智能辅助创作，高效、精准且具有高度适应性的图像生成方案有着广泛而迫切的需求。Java 作为一种强大、稳定且广泛应用的编程语言，在图像绘制领域也发挥着不可忽视的作用。在GIS领域，比如图例的生成就会面对以上的问题。由于在进行字符标注时无法预测文本的长度，因此我们需要能有一种自适应文本长度的生成方法，但是同时，也有可能我们需要指定一种宽度从而对字符文本进行绘制的需要。
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一款完整的消防监控大屏HTML源码，基于ECharts实现专业级大数据可视化效果，包含多种图表类型和响应式设计，适合开发者直接使用或二次开发。
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输出结果五、数据可视化表：可视化方法操作/方法功能输入参数输出参数.plot()快速可视化（等值线图、色阶图）xy: 维度名；: 颜色条参数；transform: 投影转换对象散点图可视化xy: 维度名；c: 颜色变量；size: 点大小对象示例代码# 绘制等值线图# 绘制散点图读取数据→ 2.访问变量→ 3.选择/切片→ 4.计算/分析→ 5.保存/可视化。
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