R绘制分组热图

效果图

数据准备

表达矩阵：data

行为基因，列为样本

分组数据：annotation_col

代码

library(pheatmap)#加载R包
pheatmap(data,scale ="row") #scale行归一化

#添加分组，并上色
rownames(annotation_col) = colnames(data)
ann_colors = list(group = c(Sepsis = "#9EC1D4", Normal = "#E87651")) 
pheatmap(data,scale ="row" , 
         annotation_col = annotation_col,annotation_colors = ann_colors) 
dev.off()

# 选择data的前20行  
data_subset <- data[1:40, ]  
# 使用pheatmap绘制热图，但只使用data_subset  
pheatmap(data_subset,  
         scale = "row", # 行归一化  
         cluster_rows = TRUE, cluster_cols = FALSE, # 行聚类，列不进行聚类  
         clustering_method = "complete", # 聚类的方法  
         display_numbers = FALSE, number_color = "purple", number_format = "%.2f", # 是否显示每个单元格数值，数字形式  
         cellwidth = 5, cellheight = 8, # 设置单元格的长、宽  
         annotation_col = annotation_col, annotation_colors = ann_colors, # 样本标记  
         border_color = "white", # 样本边框颜色  
         fontsize = 6, # 设置字体大小  
         show_rownames = TRUE, show_colnames = TRUE # 是否显示行名和列名  
)
dev.off()