weixin_56860330的博客

随着计算技术的不断进步和算法的不断完善，相信基于分子对接的虚拟筛选将在未来药物研发中发挥更加重要的作用。分子对接是计算机辅助药物设计中的重要方法，它通过预测小分子配体与大分子受体之间的相互作用，帮助研究人员筛选和优化潜在的药物分子。对初步筛选出的小分子进行药代动力学预测和毒性分析，为后续的药物优化和临床试验提供有力的数据支持，减少候选化合物因不良的药代动力学特征和毒性问题而导致的研发失败；选择合适的分子对接算法及打分函数，根据打分结果、小分子结合姿势以及配体-受体相互作用，筛选出最优的小分子用于后续研究

PROTAC技术，凭借其在攻克传统上被视为"不可成药"靶点及克服现有药物靶点耐药突变方面的非凡潜力与显著优势，已经赢得了众多科研机构和制药企业的广泛关注与大力投入。同时，该技术也受到了资本市场的热烈追捧，被视为药物研发领域中的一个重要突破口和新兴增长点。此前，我们已经简要概述了PROTAC的基本原理、结构特征及其作用机制。本文将进一步深化对PROTAC技术的理解，集中探讨其在药物研发领域的进展。

近日，普美瑞生物科技研发团队联合江苏理工学院、创健医疗、珀莱雅共同完成的重磅研究成果《Discovery and Functional Characterization of a Recombinant Fragment of Human Collagen Type XVII》正式刊登于国际权威期刊《Journal of Agricultural and Food Chemistry》（SCI一区）。

在分子对接中，打分函数用于评估配体与受体结合的亲和力。不同类型的打分函数有各自的优势和应用场景。

在分子对接中，对接结果的分析是评估配体与受体之间相互作用和结合模式的关键环节。通过全面分析对接结果，可以了解配体的结合位点、结合能、相互作用方式等信息，为后续的药物设计、分子机制解析提供支持。

通过深入研究蛋白质的结构、功能、相互作用及其调控机制，科学家们能够揭示生物体复杂的生理过程，如细胞分裂、信号传递、代谢调控等，为疾病诊断、治疗和新药开发提供理论基础和潜在靶点。这些蛋白质通常表现为纤维状或片状，具有稳定的结构，赋予细胞和组织以强度和弹性，如胶原蛋白，人体中最常见的结构蛋白，广泛存在于皮肤、骨骼、韧带和结缔组织中，提供强度和弹性。：蛋白质分子中肽链并非直链状，而是按一定的规律卷曲（α螺旋结构）或折叠（β折叠结构）形成特定的空间结构，即蛋白质的二级结构（确定主链）。

近年来，随着计算能力的提升以及机器学习算法的发展，分子对接的精确度和效率显著提高，在苗头分子发现与先导分子优化方面获得了广泛的应用，进一步巩固了其在现代药物研发中的重要地位。：最为精确的一种方法，它允许配体和受体的结构都是柔性的，在对接过程中可以进行充分的构象调整，以寻找最佳的结合模式。分子对接常用的方法主要包括刚性对接、半柔性对接和全柔性对接，这三种对接方法因对精度的要求不同，所需的计算量和耗时也呈现出明显的差异。这两种理论为分子对接技术的发展提供了重要的理论基础，因此也催生了不同的分子对接方法。

是药物研发中的一种方法，主要依赖于已知的配体（通常是具有活性的小分子化合物或药物）来指导新药的发现与设计。相似性原理指出，结构类似的化合物具有相似的物化性质和生理活性，通过分析已知活性配体的结构特征，寻找与之结构相似的分子，这些相似分子可能具有类似的生物学效应。通过比较不同化合物的分子指纹，可以评估它们之间的相似性，并预测新化合物的潜在活性。它们通过分析药物分子周围的作用势场分布，把势场与药物分子的生物活性定量地联系起来，用以推测靶点的某些性质，并可依此建立作用模型来设计新的化合物，定量地预测其活性强度。

通过利用结构生物学、计算化学和分子建模等技术，研究人员能够解析出更高精度的受体晶体结构，更精确地识别靶标的结合位点，优化药物分子的结合亲和力和选择性，设计出更具靶向性的药物分子。此外，与传统的实验方法相比，MD模拟无需昂贵的实验设备、大量的试剂以及专业的实验人员，从而大幅度降低了研究成本。通过预测药物分子与靶标之间的相互作用，进而优化药物的结合亲和力和选择性。分子对接需要借助专业的软件自动完成，一般过程包括受体配体结构的准备，受体的活性位点（结合口袋）的确定，对接算法和打分函数的选取，对接结果分析等。

本届CASP比赛，国内外各参赛团队在不同赛道上展示了各自的成果与进步，下面附国内外各课题组的成绩总结。国内课题组：课题组CASP16 成绩汇总郑伟蛋白质单体单结构域预测(z-score>-2.0)课题组排名第二蛋白质复合物 hard 蛋白预测排名第一核酸多聚体预测(z-score>-2.0)服务器组排名第一蛋白质核酸复合物预测排名第一复合物整体折叠精度估计排名第一复合物整体界面精度估计排名第二单体模型筛选排名第三多构象预测 TM-score排名第一杨建益。

动脉粥样硬化与多种心血管疾病相关联，血管平滑肌细胞异常和凝血酶促进其发展。丝氨酸蛋白酶抑制剂通过抑制凝血酶影响关键生理过程，但其在动脉粥样硬化中的具体作用尚需深入研究。

分子对接（Molecular Docking）是分子模拟研究中的重要方法之一，旨在预测小分子与靶蛋白之间的结合模式及相互作用，广泛应用于药物发现和设计。