The Study Manager_2_研究参数-输入参数(Input parameters)

可通过以下两种方式在参数模式仿真模式下访问研究参数:

  1. 菜单路径:
    Configure > Study parameters
  2. 快捷操作:
    点击当前模式上下文工具栏中的Study parameters按钮
    image.png|600
    该窗口分为三个部分:
  3. 输入参数(Input parameters)
  4. 简单输出
  5. 复合输出

输入参数

本部分重点说明输入参数
所有输入参数的属性将以表格形式集中展示(如下图所示),主要包含以下字段:
image.png|600

添加输入参数

添加输入参数意味着您可以在运行时通过ASCII文件指定其值。输入参数可能具有以下不同来源:

  1. 子模型参数
  2. 全局参数
  3. 用户自定义参数(与Simcenter Amesim模型无任何关联)
    参数添加方式依其来源而定,但均需先完成以下操作:
  4. 确保处于参数模式
  5. 通过以下任一方式打开研究管理器:
    • 菜单路径:配置 > 研究参数
    • 点击模式上下文工具栏中的研究参数按钮
  6. 将参数添加至输入参数选区
  7. 按照输入参数属性中的说明修改名称及参数属性。

添加输入参数的操作指南

1. 子模型参数
  • 步骤
    1. 双击包含目标参数的组件,打开 “修改参数” 对话框。
    2. 选中目标参数,拖放至 “参数” 选项卡 的 “输入参数” 表格中。
2. 全局参数
  • 步骤
    1. 从 “配置” 菜单打开 “全局参数设置” 对话框。
    2. 选中目标全局参数,拖放至 “参数” 选项卡 的 “输入参数” 表格中。
3. 用户自定义输入
  • 步骤
    1. 右键单击 “参数” 选项卡 中的 “输入参数” 表格。
    2. 选择 “添加”,即可创建自定义输入。
  • 用途
    • 主要用于 格式化字符串输入(详细说明请参阅 “格式化字符串输入参数” 部分)。
      您也可以直接从研究(Studies) 选项卡,将子模型参数和全局参数添加到当前活动研究的输入/控制(Inputs/Controls) 列表中。添加后的参数将对
<think>好的,我现在需要帮助用户了解picrust2_pipeline.py脚本的参数要求,特别是-s、-i和-o是否必须提供。首先,我应该先回忆一下Picrust2的文档或者之前的引用内容。 用户提供的引用中,引用[1]给出了一个示例命令:picrust2_pipeline.py -s asv-sequences.fasta -i asv_table.txt -o picrust2_result -p 10。这里明确用到了-s、-i和-o参数。引用[2]和[3]主要讲安装方法,可能对参数说明帮助不大。 接下来,我需要确认这些参数是否是必须的。通常在命令行工具中,如果没有参数标记为可选(比如用方括号[]表示),那么它们就是必须的。例如,如果用户不提供-s,脚本可能无法运行,因为它需要输入ASV的序列文件。同样,-i是输入表格,-o是输出目录,这些都是运行所必需的核心参数。 此外,可能需要检查是否有默认值。例如,某些工具可能会为输出目录设置默认名称,但根据示例中的命令,用户必须指定-o参数,否则脚本可能报错。因此,这三个参数应该是必须提供的。 另外,用户可能还想知道这些参数的具体作用。-s对应的是ASV或OTU的FASTA文件,-i是丰度表,-o是输出目录。需要详细说明每个参数的意义,以帮助用户正确使用。 最后,用户可能还会有其他参数的问题,比如-p(线程数)是否可选,但当前问题主要关注必须提供的参数,所以应集中在-s、-i和-o上。确保回答明确这三个参数的必要性,并参考用户提供的引用中的示例来支持说明。</think>### Picrust2_pipeline.py 参数说明 **必须提供的参数**如下: 1. `-s` 或 `--study_fasta`: - **作用**:指定 ASV/OTU 序列的 FASTA 文件路径,例如 `asv-sequences.fasta`[^1]。 - **必要性**:必须提供。此文件包含待分析的特征序列,是功能预测的基础输入2. `-i`: - **作用**:指定 ASV/OTU 丰度表格文件路径,例如 `asv_table.txt`[^1]。 - **必要性**:必须提供。该表格描述了不同样本中特征序列的分布情况,直接影响代谢功能的丰度计算。 3. `-o`: - **作用**:指定输出目录路径,例如 `picrust2_result`。 - **必要性**:必须提供。脚本会将所有结果文件(如功能预测表、中间文件)写入此目录。 --- **其他常见参数**(非必须,但常用): - `-p`:并行计算的线程数,例如 `-p 10` 表示使用10个线程加速计算。 - `--stratified`:是否生成分层预测结果(默认关闭)。 - `--verbose`:输出详细运行日志。 --- ### 使用示例 ```bash picrust2_pipeline.py -s asv-sequences.fasta -i asv_table.txt -o picrust2_result -p 10 ``` 此命令中,`-s`、`-i`、`-o` **均不可省略**,否则程序会报错并提示缺少参数---
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